0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.
там же где и bam файлы смотрите Sample accession > Attributes
Цитата: Шад от 10 Июнь 2015, 14:37:43Есть даже файлы в формате BAMhttp://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021что радует - не надо опять лезть в линукс и обрабатывать данные 3-4 инструментами)запустил первого (2.6 гига), ув. Srkz - шестого (1.2 гига)
Есть даже файлы в формате BAMhttp://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021
Y там есть?
А сколько по времени занимает определение гаплогруппы из Bam файла ? Может статья выйдет раньше в случае трудоемкости процесса.. Надеюсь что все 101 геном будут мужскими так как с женскими и так всё ясно..
Цитата: FenriR от 10 Июнь 2015, 16:37:16вытащим все, что есть в BAM-файлах, используем этот инструмент: http://www.y-str.org/2014/04/bam-analysis-kit.htmlтам ничего сложного нет, благо не нужно переводить файлы в BAM.А сколько по времени занимает определение гаплогруппы из Bam файла ? Может статья выйдет раньше в случае трудоемкости процесса.. Надеюсь что все 101 геном будут мужскими так как с женскими и так всё ясно..- Late Neolithic, Bronze and Iron Age remains from Germany, Poland and/or Scandinavia- Copper, Bronze and Iron Age remains from Bulgaria- Bronze and/or Iron Age remains from Hungary- Sintashta from Kazakhstan- Maikop from Russia- Yamnaya from Russia- Afanasevo from Russia Allentoft 2015 samples - https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HuNPykGuq2PbHkUOL5dCiwrveIy-OGO2qOklwfsayW8/edit?pli=1#gid=0
вытащим все, что есть в BAM-файлах, используем этот инструмент: http://www.y-str.org/2014/04/bam-analysis-kit.htmlтам ничего сложного нет, благо не нужно переводить файлы в BAM.
Цитата: Yurgan от 10 Июнь 2015, 16:32:05Y там есть?вытащим все, что есть в BAM-файлах, используем этот инструмент:http://www.y-str.org/2014/04/bam-analysis-kit.htmlтам ничего сложного нет,благо не нужно переводить файлы в BAM.
Пожалуйста, дайте точную ссылку на БАМы
Цитата: Yurgan от 10 Июнь 2015, 19:21:37Пожалуйста, дайте точную ссылку на БАМыhttp://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021вкладка "read files"; потом столбец "Submitted files (ftp)"; BAM File 1 (названия в столбце идентичны для каждого образца)ЗЫ если кто-нибудь захочет самостоятельно обработать файлы, напишите какие сэмплы берете, чтобы не дублировать работу.