АвторТема: Polako/Davidski Eurogenes plots  (Прочитано 205618 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1110 : 08 Май 2014, 21:12:45 »
т.е. я среди восточных русских и волжских финов (здесь: эрзя, мокша)
судя по общему расположению точек в сравнении с другими его PCA: выше меня северные русские, голубые точи - чуваши, марийцы + видимо, татары.
Так это PCA на другой основе, тут может быть совсем другая структура. По разделяемым общим сегментам северные русские вовсе не обязаны быть неподалеку от тех же эрзян. Непонятно, "near the Volga" относится только к Volga Finns, или к Russians тоже? И кто вообще такие "восточные русские" в его понимании? Кто люди из левого нижнего угла? Я это пишу не чтобы поспорить с "поволжской" гипотезой, по-моему, на нее есть и этнокалькуляторах некоторые намеки. Однако смысл последнего PCA остается непонятен  :D  Видно, что вы с размытой стороны группы черных точек, а дальше идут голубые точки. Дальняя часть голубых точек, вероятно, представляет марийцев и чувашей, а ближняя, может, тоже их, а может, и нет.
« Последнее редактирование: 08 Май 2014, 21:34:08 от Srkz »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1111 : 08 Май 2014, 21:43:06 »
Так это PCA на другой основе, тут может быть совсем другая структура. По разделяемым общим сегментам северные русские вовсе не обязаны быть неподалеку от тех же эрзян. Непонятно, "near the Volga" относится только к Volga Finns, или к Russians тоже? И кто вообще такие "восточные русские" в его понимании? Кто люди из левого нижнего угла? Я это пишу не чтобы поспорить с "поволжской" гипотезой, по-моему, на нее есть и этнокалькуляторах некоторые намеки. Однако смысл последнего PCA остается непонятен  :D
PCA, имхо, построен, как уже писал, именно на двух компонентах: Northern-European и Volga-Ural/Siberian, т.е. без привязки к IBD, и т.к. Поляко говорит о "main European cluster", видимо, в нижнем левом углы западные европейцы - он почти все свои "публикуемые" PCA выстраивает подобным образом
Восточные русские - русские живущие "near Volga".
А что в этом плохого - поспорить с поволжской гипотезой? я ведь не настаиваю на ней, т.к. мне самому интересно. Смысл PCA, насколько я понимаю, показать, что по значениям одного из предковых компонентов меня перетягивает к Поволжью, что должно или дать дополнительный весь ранжированию по IBD, относительно небольших адмиксов, или не дать: если нет сноса то, общие участки - случайность или следствие влияния основной предковой популяции тестируемого на сэмл из другой группы (в моем случае: русских на чуваша), если есть снос - повышается вероятность того, что его популяция повлияла на меня.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1112 : 08 Май 2014, 21:58:20 »
PCA, имхо, построен, как уже писал, именно на двух компонентах: Northern-European и Volga-Ural/Siberian, т.е. без привязки к IBD, и т.к. Поляко говорит о "main European cluster", видимо, в нижнем левом углы западные европейцы - он почти все свои "публикуемые" PCA выстраивает подобным образом
Я понял из цитаты, что именно на базе IBD, ведь PCA можно строить по любым матрицам данных. Но может, это и обычный PCA по снипам имеется в виду:
Цитировать
No, it just means you share relatively a lot of IBD with Volga-Ural groups. Relatively is the key word here.

The reason this has such a massive effect on the PCA is because these groups have experienced more founder effects than most other Europeans, certainly more than Poles.

That's why it's a very useful method for detecting minor admixture from certain groups, like Chuvash, Finns and Jews. But it's totally out of whack with overall ancestry. You can see that in your own results because in terms of overall genome structure you cluster in Belarus.
Как-то обидно  ;D Вроде есть PCA, но расшифровать его способен только Поляко, потому что лишь он знает, что скрывается за отдельными точками  ;D
Цитировать
Восточные русские - русские живущие "near Volga".
Ну я как сибирский русский тоже могу быть отнесен к East Russian . Что к этому относит Поляко, вопрос.
Цитировать
А что в этом плохого - поспорить с поволжской гипотезой? я ведь не настаиваю на ней, т.к. мне самому интересно. Смысл PCA, насколько я понимаю, показать, что по значениям одного из предковых компонентов меня перетягивает к Поволжью, что должно или дать дополнительный весь ранжированию по IBD, относительно небольших адмиксов, или не дать: если нет сноса то, общие участки - случайность или следствие влияния основной предковой популяции тестируемого на сэмл из другой группы (в моем случае: русских на чуваша), если есть снос - повышается вероятность того, что его популяция повлияла на меня.
Не хочу с ней спорить, поскольку мне тоже кажется, что вас туда немножко тянет. Но я столько уже навидался случайных отклонений, что перестал делать выводы из слабых сигналов.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1113 : 08 Май 2014, 22:16:51 »
Я понял из цитаты, что именно на базе IBD, ведь PCA можно строить по любым матрицам данных. Но может, это и обычный PCA по снипам имеется в виду:
Цитировать
No, it just means you share relatively a lot of IBD with Volga-Ural groups. Relatively is the key word here.

The reason this has such a massive effect on the PCA is because these groups have experienced more founder effects than most other Europeans, certainly more than Poles.

That's why it's a very useful method for detecting minor admixture from certain groups, like Chuvash, Finns and Jews. But it's totally out of whack with overall ancestry. You can see that in your own results because in terms of overall genome structure you cluster in Belarus.
я так понимаю, что Component 1 очень четко выделен и любое изменение сильно влияет на расположение, т.к. если это не так, то точки в нижнем правом углу не поволжцы, а орочоны, к примеру. Так что, может и по IBD.
Вероятно, это популяции близкие к восточной стороне Урала.
Цитировать
Как-то обидно  ;D Вроде есть PCA, но расшифровать его способен только Поляко, потому что лишь он знает, что скрывается за отдельными точками  ;D
да, написано: "Volga-Ural", видимо, посчитал, что достаточно)
Цитировать
Ну я как сибирский русский тоже могу быть отнесен к East Russian . Что к этому относит Поляко, вопрос.
он же, относительно русских, вроде, дает названия, ориентируясь на популяции Европейской части России? видимо, "восточные русские" - русские с волжско-уральским адмиксом, т.е. от популяций, живущих "near the Volga", с которыми и смешивались русские, переселяясь на эти земли.
Цитировать
Не хочу с ней спорить, поскольку мне тоже кажется, что вас туда немножко тянет. Но я столько уже навидался случайных отклонений, что перестал делать выводы из слабых сигналов.
ну, дык, оттого и была надежда на IBD))

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1114 : 08 Май 2014, 22:24:44 »
я так понимаю, что Component 1 очень четко выделен и любое изменение сильно влияет на расположение, т.к. если это не так, то точки в нижнем правом углу не поволжцы, а орочоны, к примеру. Так что, может и по IBD.
Вероятно, это популяции близкие к восточной стороне Урала.
Чуваши с марийцами и должны четко выделяться, тут все нормально. Генетически они более "северо-восточные", чем татары. Финнов Поляко наверняка выкинул, чтобы не стягивали все на себя.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1115 : 08 Май 2014, 22:30:22 »
Чуваши с марийцами и должны четко выделяться, тут все нормально. Генетически они более "восточные", чем татары. Финнов Поляко наверняка выкинул, чтобы не стягивали все на себя.
я тоже так думал, если бы не его слова, что я оказываюсь среди русских и волжских финнов: синие точки от меня далеко, поэтому я подумал, что это - чуваши и марийцы, а кто, в таком случае, самые дальние справа, я не знаю.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1116 : 08 Май 2014, 22:36:38 »
Чуваши с марийцами и должны четко выделяться, тут все нормально. Генетически они более "восточные", чем татары. Финнов Поляко наверняка выкинул, чтобы не стягивали все на себя.
я тоже так думал, если бы не его слова, что я оказываюсь среди русских и волжских финнов: синие точки от меня далеко, поэтому я подумал, что это - чуваши и марийцы, а кто, в таком случае, самые дальние справа, я не знаю.
Мне кажется, вокруг вас русские и эрзя/мокша, дальние справа - чуваши или марийцы. Поближе к вам могут быть другие чуваши, их вполне может так растянуть на плоте. Или же другие народы из категории Volga-Ural, те же татары. Манси и башкир (то есть жителей восточного Урала) я у него не видел в используемых выборках. Выкинуты должны были быть балтийские финны (кроме, возможно, эстонцев), так как иначе они сформируют свой полюс, бесполезный для вас.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1117 : 08 Май 2014, 22:45:29 »
Мне кажется, вокруг вас русские и эрзя/мокша, дальние справа - чуваши или марийцы. Поближе к вам могут быть другие чуваши, их вполне может так растянуть на плоте. Или же другие народы из категории Volga-Ural, те же татары. Манси и башкир (то есть жителей восточного Урала) я у него не видел в используемых выборках.
да, тоже думаю, что русские и эрзя/мокша. Но относительно чувашей, не уверен: это могло бы быть правдой, если бы не их упомянутый эффект основателя, засчет которого на плоту никогда бы не образовался такой разрыв, какой мы можем наблюдать между двумя кластерами голубых точек, даже учитывая "чувствительность" PCA по этому компоненту, имхо, справа более "восточные" группы.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1118 : 08 Май 2014, 22:47:21 »
Ну может быть, Поляко потом напишет, на основе чего строился плот и какие группы использованы  :)

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1119 : 15 Май 2014, 19:50:01 »
Ну может быть, Поляко потом напишет, на основе чего строился плот и какие группы использованы  :)
я уже сам спросил у него, кто скрывается за крайними правыми точками)

UPD: вообщем, ближайшие к кластеру черных точек - татары, те, что в правом углу - чуваши и удмурты. PCA основан на IBD и поэтому не отражает общей структуры генома, но показывает наиболее очевидный эффект основателя, в этом случае Волжско-Уральский адмикс. Если бы тест, к примеру, проходил на еврейские корни, то ашкенази сформировали бы наиболее отдаленный кластер.
Т.е. если я правильно понял, плот хоть и не построен на привычных предковых компонентах, но при этом присутствует очень четкое выделение некоторых структур внутри генома, в этом случае связанных с эффектом основателя у чувашей, поэтому они и оказываются дальше всех - т.к. по тестированному компоненту они более всего похожи друг на друга и четко отделаются от других популяций, что, собственно, и является следствием этого "founder effect".

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1120 : 15 Май 2014, 20:15:07 »
UPD: вообщем, ближайшие к кластеру черных точек - татары, те, что в правом углу - чуваши и удмурты. PCA основан на IBD и поэтому не отражает общей структуры генома, но показывает наиболее очевидный эффект основателя, в этом случае Волжско-Уральский адмикс. Если бы тест, к примеру, проходил на еврейские корни, то ашкенази сформировали бы наиболее отделенный кластер.
Спасибо. Значит, моя реконструкция была правильной. Осталось непонятным, кого представляют черные точки, но уже неохота ломать над этим голову.
Цитировать
Т.е. если я правильно понял, плот хоть и не построен на привычных предковых компонентах, но при этом присутствует очень четкое выделение некоторых структур внутри генома, в этом случае связанных с эффектом основателя у чувашей, поэтому они и оказываются дальше всех - т.к. по тестированному компоненту они более всего похожи друг на друга и четко отделаются от других популяций, что, собственно, и является следствием этого "founder effect".
Иными словами, оказываются дальше всех, поскольку у них наиболее ярко выражена общность по IBD-сегментам, и это проявляется на главной оси PCA, как основная закономерность.
« Последнее редактирование: 15 Май 2014, 20:23:20 от Srkz »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1121 : 15 Май 2014, 20:38:50 »
UPD: вообщем, ближайшие к кластеру черных точек - татары, те, что в правом углу - чуваши и удмурты. PCA основан на IBD и поэтому не отражает общей структуры генома, но показывает наиболее очевидный эффект основателя, в этом случае Волжско-Уральский адмикс. Если бы тест, к примеру, проходил на еврейские корни, то ашкенази сформировали бы наиболее отделенный кластер.
Спасибо. Значит, моя реконструкция была правильной. Осталось непонятным, кого представляют черные точки, но уже неохота ломать над этим голову.
те, среди которых я на этом PCA - поволжские русские и волжские финны)

Цитировать
Иными словами, оказываются дальше всех, поскольку у них наиболее ярко выражена общность по IBD-сегментам, и это проявляется на главной оси PCA, как основная закономерность.
да.

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1122 : 16 Июль 2014, 17:41:22 »
Поляко составил .txt-файл Оракла для K15v2  с результатами некоторых дДНК: La_Brana-1 (испанский мезолит); StoraFörvar11 (шведский мезолит с небольшого острова западнее Готланда); Ajvide58, Ajvide70 (шведская культару ямочной керамики времен неолита); Gokhem2, Gokhem7 (шведская культура воронковидных кубков); MA-1 (сибирский мезолит); Anzick-1 (северо-американская культура кловис)

Мои результаты:
Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 La_Brana-1 @ 14,982075
2 StoraFörvar11 @ 15,346603
3 Ajvide58 @ 16,720624
4 Ajvide70 @ 21,348604
5 Gokhem2 @ 50,228725
6 Gokhem7 @ 51,412522
7 MA-1 @ 51,681801
8 Lezgin @ 53,035138
9 Sardinian @ 61,140954
10 Yemenite_Jewish @ 75,143431
11 Australian_Aboriginal @ 84,354978
12 Ethiopian_Ari_cultivator @ 89,824859
13 Evens @ 91,454142
14 Sakilli @ 91,686289
15 Dai @ 100,734418
16 Anzick-1 @ 101,296701
17 Papuan @ 105,116373
18 Yoruban @ 106,201765
18 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 11,473084
2 Ajvide58+StoraFörvar11 @ 14,254404
3 Ajvide58+La_Brana-1 @ 14,491158
4 La_Brana-1+La_Brana-1 @ 14,982075
5 StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,346603
6 Ajvide70+La_Brana-1 @ 16,341203
7 Ajvide70+StoraFörvar11 @ 16,488063
8 Ajvide58+Ajvide58 @ 16,720624
9 Ajvide58+Ajvide70 @ 18,875558
10 Ajvide70+Ajvide70 @ 21,348604
11 Gokhem2+StoraFörvar11 @ 24,577961
12 La_Brana-1+MA-1 @ 26,23746
13 Gokhem7+StoraFörvar11 @ 26,772324
14 La_Brana-1+Lezgin @ 27,321394
15 Ajvide58+Gokhem2 @ 27,557907
16 Lezgin+StoraFörvar11 @ 27,743347
17 Ajvide58+Lezgin @ 28,046186
18 Ajvide58+MA-1 @ 28,171256
171 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% La_Brana-1 +25% StoraFörvar11 +25% StoraFörvar11 @ 11,473084
2 50% La_Brana-1 +25% La_Brana-1 +25% StoraFörvar11 @ 12,387794
3 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide58 +25% La_Brana-1 @ 12,526094
4 50% La_Brana-1 +25% Ajvide58 +25% StoraFörvar11 @ 12,538839
5 50% StoraFörvar11 +25% La_Brana-1 +25% StoraFörvar11 @ 12,608936
6 50% La_Brana-1 +25% Ajvide70 +25% StoraFörvar11 @ 13,449431
7 50% Ajvide58 +25% La_Brana-1 +25% StoraFörvar11 @ 13,490781
8 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide70 +25% La_Brana-1 @ 13,545275
9 50% Ajvide58 +25% StoraFörvar11 +25% StoraFörvar11 @ 14,254404
10 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide58 +25% StoraFörvar11 @ 14,34444
11 50% La_Brana-1 +25% Ajvide58 +25% La_Brana-1 @ 14,377806
12 50% Ajvide58 +25% La_Brana-1 +25% La_Brana-1 @ 14,491158
13 50% StoraFörvar11 +25% Gokhem2 +25% La_Brana-1 @ 15,010495
14 50% StoraFörvar11 +25% Gokhem2 +25% StoraFörvar11 @ 15,033657
15 50% La_Brana-1 +25% Ajvide70 +25% La_Brana-1 @ 15,082416
16 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% StoraFörvar11 @ 15,092829
17 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% La_Brana-1 @ 15,306196
18 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide58 +25% Ajvide70 @ 15,319139
1710 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 La_Brana-1+La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 11,473084
2 La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 12,387794
3 Ajvide58+La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 12,526094
4 Ajvide58+La_Brana-1+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 12,538839
5 La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 12,608936
6 Ajvide70+La_Brana-1+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 13,449431
7 Ajvide58+Ajvide58+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 13,490781
8 Ajvide70+La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 13,545275
9 Ajvide58+Ajvide58+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 14,254404
10 Ajvide58+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 14,34444
11 Ajvide58+La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 14,377806
12 Ajvide58+Ajvide58+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 14,491158
13 Ajvide58+Ajvide70+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 14,511458
14 La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 14,982075
15 Gokhem2+La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,010495
16 Gokhem2+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,033657
17 Ajvide70+La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 15,082416
18 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+StoraFörvar11 @ 15,092829
19 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+La_Brana-1 @ 15,306196
20 Ajvide58+Ajvide70+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,319139
21 Ajvide70+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,337573
22 StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,346603
23 Ajvide58+Ajvide70+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 15,351488
24 Ajvide58+Gokhem2+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 15,594187
25 Ajvide70+Ajvide70+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 15,647871
26 La_Brana-1+La_Brana-1+Lezgin+StoraFörvar11 @ 15,825231
27 La_Brana-1+Lezgin+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 16,050813
28 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+StoraFörvar11 @ 16,164507
29 La_Brana-1+Sardinian+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 16,184471
30 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+La_Brana-1 @ 16,274849
31 Sardinian+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 16,299432
32 La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1+MA-1 @ 16,32791
33 Ajvide70+Ajvide70+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 16,341203
34 Gokhem7+La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 16,359247
35 Ajvide58+La_Brana-1+Lezgin+StoraFörvar11 @ 16,366207
36 Ajvide58+Gokhem2+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 16,436417
1567 iterations.


Gaussian method.
Noise dispersion set to 0,33296

Using 1 population approximation:
1 Ajvide58 @ 11,993709
2 La_Brana-1 @ 14,505577
3 Ajvide70 @ 15,332684
4 StoraFörvar11 @ 15,488826
5 Lezgin @ 21,172912
6 Sardinian @ 54,284188
7 MA-1 @ 56,220181
8 Sakilli @ 64,373976
9 Gokhem7 @ 64,708315
10 Evens @ 64,787484
11 Gokhem2 @ 68,686613
12 Ethiopian_Ari_cultivator @ 79,484678
13 Yemenite_Jewish @ 91,712137
14 Dai @ 94,702711
15 Anzick-1 @ 121,473451
16 Yoruban @ 129,38398
17 Papuan @ 131,17242
18 Australian_Aboriginal @ 133,018737
18 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 Gokhem7+StoraFörvar11 @ 11,91041
2 Ajvide58+Ajvide58 @ 11,993709
3 Ajvide58+Gokhem7 @ 12,378258
4 Ajvide58+La_Brana-1 @ 12,524654
5 Sardinian+StoraFörvar11 @ 12,552395
6 Gokhem7+La_Brana-1 @ 12,610586
7 Ajvide58+Lezgin @ 12,696826
8 Ajvide58+StoraFörvar11 @ 12,829376
9 La_Brana-1+Lezgin @ 12,868395
10 Ajvide58+Ajvide70 @ 13,178344
11 Ajvide58+Sardinian @ 13,451627
12 Ajvide70+Lezgin @ 13,586241
13 Ajvide70+Gokhem7 @ 13,749145
14 Gokhem2+StoraFörvar11 @ 13,88636
15 Lezgin+StoraFörvar11 @ 13,902128
16 La_Brana-1+Sardinian @ 13,969076
17 La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 14,275044
18 La_Brana-1+La_Brana-1 @ 14,505577
171 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% StoraFörvar11 +25% Gokhem7 +25% La_Brana-1 @ 9,112103
2 50% La_Brana-1 +25% Gokhem7 +25% StoraFörvar11 @ 9,117726
3 50% Ajvide58 +25% Gokhem7 +25% La_Brana-1 @ 9,4195
4 50% Ajvide58 +25% Gokhem7 +25% StoraFörvar11 @ 9,433847
5 50% La_Brana-1 +25% Ajvide58 +25% Gokhem7 @ 9,464692
6 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% Gokhem7 @ 9,504298
7 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide58 +25% Gokhem7 @ 9,516714
8 50% La_Brana-1 +25% Gokhem7 +25% La_Brana-1 @ 9,635228
9 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide70 +25% Gokhem7 @ 9,876405
10 50% La_Brana-1 +25% Ajvide70 +25% Gokhem7 @ 9,922171
11 50% Ajvide58 +25% Ajvide70 +25% Gokhem7 @ 10,048191
12 50% StoraFörvar11 +25% Gokhem7 +25% StoraFörvar11 @ 10,081709
13 50% Ajvide70 +25% Gokhem7 +25% StoraFörvar11 @ 10,194403
14 50% StoraFörvar11 +25% La_Brana-1 +25% Sardinian @ 10,361605
15 50% Ajvide70 +25% Gokhem7 +25% La_Brana-1 @ 10,386951
16 50% StoraFörvar11 +25% Ajvide58 +25% Sardinian @ 10,439938
17 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% Lezgin @ 10,465342
18 50% Ajvide70 +25% Ajvide58 +25% Gokhem7 @ 10,498937
2907 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 Gokhem7+La_Brana-1+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 9,112103
2 Gokhem7+La_Brana-1+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 9,117726
3 Ajvide58+Gokhem7+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 9,208881
4 Ajvide58+Ajvide58+Gokhem7+La_Brana-1 @ 9,4195
5 Ajvide58+Ajvide58+Gokhem7+StoraFörvar11 @ 9,433847
6 Ajvide58+Gokhem7+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 9,464692
7 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+Gokhem7 @ 9,504298
8 Ajvide58+Gokhem7+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 9,516714
9 Ajvide70+Gokhem7+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 9,542331
10 Gokhem7+La_Brana-1+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 9,635228
11 Ajvide58+Ajvide70+Gokhem7+StoraFörvar11 @ 9,798591
12 Ajvide70+Gokhem7+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 9,876405
13 Ajvide70+Gokhem7+La_Brana-1+La_Brana-1 @ 9,922171
14 Ajvide58+Ajvide70+Gokhem7+La_Brana-1 @ 9,934001
15 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+Gokhem7 @ 10,048191
16 Gokhem7+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 10,081709
17 Ajvide70+Ajvide70+Gokhem7+StoraFörvar11 @ 10,194403
18 La_Brana-1+Sardinian+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 10,361605
19 Ajvide70+Ajvide70+Gokhem7+La_Brana-1 @ 10,386951
20 Ajvide58+Sardinian+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 10,439938
21 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+Lezgin @ 10,465342
22 Ajvide58+Ajvide70+Ajvide70+Gokhem7 @ 10,498937
23 Ajvide58+La_Brana-1+Sardinian+StoraFörvar11 @ 10,532521
24 Ajvide58+Ajvide58+Sardinian+StoraFörvar11 @ 10,54608
25 Ajvide58+Ajvide58+La_Brana-1+Lezgin @ 10,577576
26 La_Brana-1+La_Brana-1+Sardinian+StoraFörvar11 @ 10,591846
27 Sardinian+StoraFörvar11+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 10,610719
28 Ajvide70+Sardinian+StoraFörvar11+StoraFörvar11 @ 10,671341
29 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+Sardinian @ 10,710963
30 Ajvide58+Ajvide58+Lezgin+StoraFörvar11 @ 10,729065
31 Ajvide58+Ajvide58+La_Brana-1+Sardinian @ 10,762021
32 Ajvide70+La_Brana-1+Sardinian+StoraFörvar11 @ 10,785479
33 Ajvide58+Ajvide70+Sardinian+StoraFörvar11 @ 10,813038
34 Ajvide58+La_Brana-1+Lezgin+StoraFörvar11 @ 10,834973
35 Ajvide58+La_Brana-1+La_Brana-1+Sardinian @ 10,887765
36 Gokhem7+La_Brana-1+La_Brana-1+MA-1 @ 10,898134
5985 iterations.


Результаты одного финна: 8,417979 - весьма близко от Ajvide58
Here is mine, topten of each result

15 components mode.
Population data has been read. 18 populations found.
Personal data has been read. 18 approximations mode.
Person: Test2.txt
Threshold of components set to 0,4%


Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Ajvide58 @ 8,417979
2 Ajvide70 @ 11,261266
3 La_Brana-1 @ 15,812488
4 StoraFörvar11 @ 18,066734
5 Gokhem7 @ 46,251162
6 Gokhem2 @ 48,738795
7 MA-1 @ 53,505292
8 Lezgin @ 55,055818
9 Sardinian @ 61,251891
10 Yemenite_Jewish @ 76,463982


Using 2 populations approximation:
1 Ajvide58+Ajvide58 @ 8,417979
2 Ajvide58+Ajvide70 @ 9,35173
3 Ajvide70+La_Brana-1 @ 10,740001
4 Ajvide58+La_Brana-1 @ 10,882155
5 Ajvide70+Ajvide70 @ 11,261266
6 Ajvide58+StoraFörvar11 @ 12,011408
7 Ajvide70+StoraFörvar11 @ 12,362328
8 La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 13,779045
9 La_Brana-1+La_Brana-1 @ 15,812488

171 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% Ajvide70 @ 8,735703
2 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% La_Brana-1 @ 9,172514
3 50% Ajvide58 +25% Ajvide70 +25% La_Brana-1 @ 9,201555
4 50% Ajvide58 +25% Ajvide70 +25% Ajvide70 @ 9,35173
5 50% Ajvide70 +25% Ajvide58 +25% La_Brana-1 @ 9,533856
6 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% StoraFörvar11 @ 9,694224
7 50% Ajvide58 +25% Ajvide70 +25% StoraFörvar11 @ 9,870071
8 50% Ajvide70 +25% Ajvide70 +25% La_Brana-1 @ 10,139645
9 50% Ajvide70 +25% Ajvide58 +25% Ajvide70 @ 10,212217
10 50% Ajvide70 +25% Ajvide58 +25% StoraFörvar11 @ 10,322346

1519 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58 @ 8,417979
2 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70 @ 8,735703
3 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+La_Brana-1 @ 9,172514
4 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+La_Brana-1 @ 9,201555
5 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+Ajvide70 @ 9,35173
6 Ajvide58+Ajvide70+Ajvide70+La_Brana-1 @ 9,533856
7 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+StoraFörvar11 @ 9,694224
8 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+StoraFörvar11 @ 9,870071
9 Ajvide70+Ajvide70+Ajvide70+La_Brana-1 @ 10,139645
10 Ajvide58+Ajvide70+Ajvide70+Ajvide70 @ 10,212217

1094 iterations.


Gaussian method.
Noise dispersion set to 0,33296

Using 1 population approximation:
1 Ajvide58 @ 8,613696
2 Ajvide70 @ 13,554646
3 La_Brana-1 @ 13,728098
4 StoraFörvar11 @ 15,245983
5 Lezgin @ 20,299007
6 Sardinian @ 47,338778
7 MA-1 @ 52,335722
8 Gokhem7 @ 54,532163
9 Gokhem2 @ 57,276393
10 Evens @ 64,653149

18 iterations.

Using 2 populations approximation:
1 Ajvide58+Ajvide58 @ 8,613696
2 Ajvide58+Ajvide70 @ 9,97702
3 Ajvide58+La_Brana-1 @ 10,161061
4 Ajvide58+StoraFörvar11 @ 10,396587
5 Ajvide58+Gokhem7 @ 10,636507
6 Gokhem2+StoraFörvar11 @ 10,792686
7 Ajvide58+Gokhem2 @ 11,143504
8 Gokhem7+La_Brana-1 @ 11,237122
9 Ajvide70+Gokhem7 @ 11,449984
10 Ajvide70+Gokhem2 @ 11,689646

171 iterations.

Using 3 populations approximation:
1 50% Ajvide58 +25% Gokhem7 +25% StoraFörvar11 @ 7,925534
2 50% Ajvide58 +25% Ajvide70 +25% Gokhem7 @ 7,956927
3 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% Gokhem7 @ 8,013966
4 50% Ajvide58 +25% Gokhem2 +25% StoraFörvar11 @ 8,108943
5 50% Ajvide58 +25% Gokhem7 +25% La_Brana-1 @ 8,140026
6 50% Ajvide58 +25% Ajvide70 +25% Gokhem2 @ 8,230184
7 50% La_Brana-1 +25% Gokhem7 +25% StoraFörvar11 @ 8,260476
8 50% Ajvide70 +25% Ajvide58 +25% Gokhem7 @ 8,331914
9 50% La_Brana-1 +25% Ajvide70 +25% Gokhem7 @ 8,34358
10 50% Ajvide58 +25% Ajvide58 +25% Gokhem2 @ 8,351778

2907 iterations.

Using 4 populations approximation:
1 Ajvide58+Ajvide58+Gokhem7+StoraFörvar11 @ 7,925534
2 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+Gokhem7 @ 7,956927
3 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide58+Gokhem7 @ 8,013966
4 Ajvide58+Gokhem7+La_Brana-1+StoraFörvar11 @ 8,014098
5 Ajvide58+Ajvide70+Gokhem7+La_Brana-1 @ 8,094134
6 Ajvide58+Ajvide58+Gokhem2+StoraFörvar11 @ 8,108943
7 Ajvide58+Ajvide58+Gokhem7+La_Brana-1 @ 8,140026
8 Ajvide58+Ajvide58+Ajvide70+Gokhem2 @ 8,230184
9 Ajvide58+Ajvide70+Gokhem7+StoraFörvar11 @ 8,243846

5985 iterations.
« Последнее редактирование: 16 Июль 2014, 17:48:28 от FenriR »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4813/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1123 : 16 Июль 2014, 18:40:11 »
Результаты одного финна: 8,417979 - весьма близко от Ajvide58
По сути, у финнов от них два небольших отличия:
1) Появился вклад земледельцев (West Med и увеличение Atlantic)
2) Разрозненные восточноазиатские компоненты стали показываться как единый Siberian ( и возможно, Amerindian и кое-какие другие частично перешли в Eastern Euro? ). А может, эти компоненты надо просто отнести на шум
« Последнее редактирование: 16 Июль 2014, 19:00:58 от Srkz »

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6777
  • Страна: th
  • Рейтинг +1081/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Re: Polako/Davidski Eurogenes plots
« Ответ #1124 : 16 Июль 2014, 18:43:42 »
А есть какой-то график наглядный?
Ну вроде по каждому состав и добавить для сравнения русских, финнов, немцев, китайцев, индейцев и т.д.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.