Ну по самой статье так:
A1b:Z11900:6788449:T->C; BT:M9117:14839376:T->C; CT:CTS9555:18961511:G->C; R1a1a1b1a2b3a3a1a:L1280:18405605:A->G;
Я так понимаю, это значит, что они как-то обнаружили, или "обнаружили" три снипа самых верхних уровней, и L1280, на основании чего вывод и сделали. Версия, что промежуточные снипы просто не указали, не катит, поскольку рядом в таблице есть образцы с гораздо более длинными списками )) "Пол по антропологии" стоит прочерк.
Меня больше интересовало каким образом
в FTDNA нарисовали ему гаплогруппу R-L1280.
Грешил на кривой BAM от авторов статьи, там реально нет мито. Как кстати не покрыт и снип L1280. Подумал что FTDNA собрали свой BAM файл из FASTQ. Потратил несколько часов на эксперименты, пересобрал BAM из исходников разными способами. Но результат примерно одинаков: в R1a всего 4 несвязанных положительных SNP с глубиной прочтения в 1 рид. L1280 среди них нет. Выходит что в FTDNA другие исходники или не тот семпл или они не проверяли его, а разместили на дереве по данным авторов статьи)))
Кстати, мито получилось достать после сборки из исходников.
Я думаю что это женский образец.