посмотрите в отчете снипы u5b1, u5b2 и u5b3 (список позиций найдете на phylotree.org или yfull)
только референс уточните, с какой сборкой они работают
если не ошибаюсь, они подменили йорубу на rCRS, то есть проблем с номерами позиций не должно быть
если есть только одна базальная ветвь, ни один из корневых снипов которой не типируется генотеком, то это скорее всего и есть истинная гаплогруппа, тк пока еще неразрешенные клады U5b* сомнительны, как вы сами и предположили. Если в списке снипов генотека нет более чем одной базальной ветви из трех, то соответственно истинная гг может быть любой из них.
Если же все ветви попали хотя бы одним снипом в список того что типирует генотек, и все отрицательны, то надо делать полный сэнгеровский сиквенс мтднк.