АвторТема: BAM vs VCF  (Прочитано 441 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17543
  • Страна: az
  • Рейтинг +6197/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
BAM vs VCF
« : 26 Март 2024, 17:21:08 »
Любой прошедший тест BigY в FTDNA перед загрузкой результата на Yfull сталкивается с простой (на первый взгляд) дилеммой. Что лучше залить - бесплатный VCF или платный (~100$) BAM?

Преимущество BAM перед VCF проявилось бы в ситуации, подобной этому примеру с гаплогруппой T-FTD73651:



Возраст гаплогруппы порядка 1200 лет, есть 4 разных базальных VCF-образца из разных регионов, не образующие нисходящих субкладов. При этом в случае BAM-образцов Yfull удавалось найти нисходящий даже между отцом и сыном! А тут на VCF даже 4 весьма дальних однородца, разнесённые более чем на 30 поколений, не могут выявить более глубоких нисходящих.

Вывод: для внутриклановой филогении BAM необходим. Для прочих случаев VCF достаточен.

(Можно отметить, что здесь также проявляется преимущество WGS-теста перед BigY, где человек сразу получает BAM без дополнительной платы).

Оффлайн Daniil

  • Сообщений: 83
  • Страна: ru
  • Рейтинг +65/-0
  • Yfull: YF097436 GEDmatch: NL2024446
  • Y-ДНК: T-FTB28475
  • мтДНК: X2e2a3b2
Re: BAM vs VCF
« Ответ #1 : 26 Март 2024, 17:37:10 »
А почему тогда на ftdna не образовалось нового субклада? Ведь все образцы оттуда.

Здесь же у них это получилось сделать.
https://radikal.host/i/djeGmB
https://discover.familytreedna.com/y-dna/T-BY56042/tree

https://radikal.host/i/djtFVm
https://discover.familytreedna.com/y-dna/T-BY73657/tree
« Последнее редактирование: 26 Март 2024, 17:48:39 от Daniil »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17543
  • Страна: az
  • Рейтинг +6197/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: BAM vs VCF
« Ответ #2 : 26 Март 2024, 17:55:39 »
Думаю, дело в их алгоритме. Упомянутые мною отец и сын тоже не образуют в FTDNA свой субклад.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17543
  • Страна: az
  • Рейтинг +6197/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: BAM vs VCF
« Ответ #3 : 26 Март 2024, 18:22:34 »
Цитировать
Здесь же у них это получилось сделать.
У них встречались ветви возрастом в 300 лет. Неясно, то ли они фантомные и неустойчивые снипы наделяют ветвеобразующим свойством, то ли там алгоритм обработки снипов какой-то не такой, то ли что-то ещё...
Можно задать вопрос им в техподдержку, но чётких ответов на подобные вопросы они не дают. Отвечают что-то вроде "Мы не нашли никаких новых нисходящих линий среди этих образцов. Возможно, в будущем появятся новые, которые позволят нам сделать это".

По идее, ребятам из T-FTD73651 можно было бы рекомендовать залить BAM700 с обработкой под T2T.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.