FTDNA начала принимать более новые файлы 23andme и AncestryDNA

[Mich Glitch]

А теперь про 22%.
Вспомнил!
У меня в голове часто застревают цифры, но в памяти теряется их источник.
Данная цифирь ползёт из тех времён, когда создавали сайт HIRsearch. Ровесник, если не предтеча ГедМатч.
Можно в теме форума посмотреть, какие там панели сранивались и какой точно процент ноу-коллов был.

[Mich Glitch]

Кстати, по 37 сборке можно сделать архичистый эксперимент.
Посмотреть, какой процент ноу-коллов там. Да, возможно речь идёт о единицах процентов.

Проверить это очень просто. Посчитать количество ноу-коллов для образцов, взятых у одного и того же человека с интервалом в один час.

Всем кто хочет повозиться - могу закинуть данные.

Сейчас сам, быстренько посчитаю на коленке.

[gecube_ru]

Всем кто хочет повозиться - могу закинуть данные.

закидывайте. Почта есть.

[gecube_ru]

Mich Glitch

Mich Glitch
А можно попросить Вас сравнить эти два FF от одной персоны? Интересно, если из них собрать один кит с меньшим кол-вом ноу коллов, это поможет делу? Интересен вопрос цена/качество. А то реально придется ждать дешевого WGS такими темпами...

Проблема в том, что Вы проигнорировали это мое сообщение. И я в здравой памяти и крепком здравии  думал, что Вы привели пример FF от одной персоны с интервалом час. И вообще непонятно, что Вы так болезненно реагируете на критику  К тому же FF - это только FTDNA, у 23andMe тест в принципе тот же, только немного другой набор SNP, и будем называть его по-другому, чтобы не путать.

На самом деле вопрос конвертации ОЧЕНЬ интересен и актуален. Но его надо решать по-другому. Нужно привести все данные к единому виду (один билд, один формат) и сравнить.

[Mich Glitch]

На коленке не выходит. Не могу найти опцию для подсчёта --.     

Кстати, остаются сомнения по поводу того, чем является -- в выходном файле 37 сборки. Ноу-коллом, или же позицией отсутствующего значения.
Трактую её как ноу-колл.

[Mich Glitch]

И вообще непонятно, что Вы так болезненно реагируете на критику 

Болезненно?
Реагирую?!   
Честно сказать, на Вас я вообще никак не реагирую.

Уже знаю, что разговоры с определённым типом людей - пустая трата времени.

[Srkz]

В файле 23andMe примерно 2010 года (вторая панель) доля снипов со значением "--" составила 0,72%

[Mich Glitch]

Уже вижу перед своим носом, что количество -- в 37 сборке никак не тянет на 1/5, а составляет единицы, если не доли процентов.

Сейчас посмотрю по одной и той же позиции в двух разных файлах идёт ли речь о ноу-колле, или же об отсутствии данных в геноме.

[Mich Glitch]

В файле 23andMe примерно 2010 года (вторая панель) доля снипов со значением "--" составила 0,72%

Похоже, что -- соответствует именно отсутствующей позиции, а не ноу-коллу.

Обосновываю двумя файлами 37 сборки:

[Mich Glitch]

Когда мудрили с HIRopractor, так он назывался, сравнивали два файла от двух людей (иначе не получалось). И утилитой выводили разнящиеся значения, исключая сочетания типа --, АА, АС, ТТ и т.д.
Короче говоря, проверяли позиции.
Или же проверяли позиции с исходником панели.

Ноу-коллы, кажется, высвечивались в файле статистики.

Собственно, меня интересует вопрос не типа кто умный, а кто дурак, как наивно предположил gecube_ru. А именно конкретные цифры.   

[Mich Glitch]

Посмотрите на размеры зазипованных файлов:




Что до количества ноу-коллов, то логичнее найти родную спецификацию и ссылаться на неё.
Если кто-то выложит - будет очень хорошо.
А так не понятно, кто считал, что считал и как считал.   

[gecube_ru]

Итак, сравнил два набора данных - b36 и b37 для одного кита сконвертированного в  FT-DNA. Отличие только в том, что в b36 есть rs11089263 в позиции 15467656 на chr22.
В остальном - набор SNP полностью идентичен, за исключением позиции (она нас в принципе пока не очень волнует).

Далее. Файл исходный (23andMe) - 596868 SNP согласно b37 (видно по позициям в файле). Сконвертированный в FTDNA путем аутосомного переноса - 312393 (или 312392 SNP - для b37), т.е. чуть более половины. А вы там что-то про ноу-коллы рассказываете...

А теперь я беру, свой, родной файл FF (FTDNA) b36 - 702457 строчек SNP; в b37 - 702442. И похоже, что из них ~15391 no-call (т.е. "--" в исходном файле b37)

Следующий этап - хочу сравнить два родных кита FF. Желательно для одной и той же персоны. Очень жду "сырых" данных от Mich Glitch

[Mich Glitch]

Вернусь к тому, что -- не обязательно обозначает ноу-колл. Оно может соответствовать отсутствующим значениям (и скорее всего соответствует).
В качестве примера приведу данные отца. Надеюсь никто всполошно не будет вскидывать руки и говорить, что не ожидал от меня непонимания разницы между мито и аутосомами.   
Просто мито - наиточнейший из возможных тест (опуская сравнение с CODIS аутосомными СТРами).

[Mich Glitch]

Идём дальше.
Если полагать зипун по 277812, размером в 7448 КБ за 100%, то 6200 КБ по 277811 составят 83%.
Да, надо смотреть размеры выходных файлов. Сравнивать их. И т.д. И т.п.
Но, повторюсь, лучше сравнить со спецификацией.

[gecube_ru]

С мито вообще темный лес, т.к. в "сыром файле" от 23andMe есть такое

i3002604   MT   14212   T
i5049848   MT   14212   --

и как это понимать ? 

Кстати, "--" в аутосомном тесте на GEDMATCH 100% диагностируется как no-call

Если полагать зипун по 277812, размером в 7448 КБ за 100%, то 6200 КБ по 277811 составят 83%.

зипуны лучше не сравнивать. Если есть эксель или либреофис - лучше сравнивать кол-во строчек, соответствующих исследуемому вопросу (аутосомы, Y или мито).