Что-то меня смущает 10%-примесь CHG в украинских и латышском образце.
она должна быть, учитывая относительную близость Кавказа, но большинство инструментов ее не видят:
PCA Поляко основан на всех снипах - не видит ее
PCA EastPole основан на результатах в этно-калкуляторе Basal rich k7 - не видит ее, но видит сдвиг в сторону EHG/ANE
D-статистика не видит ее, но видит явное усиление связи с MA1
Модель Поляко:
Davidski said...
My qpAdm model suggests that there may be some CHG in Ukraine HG/N. But keep in mind I'm only using 9,000 SNPs here. So take from this what you will.
Ukraine_HG/N
Caucasus_HG 0.177±0.081
Eastern_HG 0.576±0.110
Western_HG 0.247±0.120
chisq 6.574 tail_prob 0.832496
On the other hand, there's no need for CHG when modeling Latvia HG. In fact, the model fails if I try it. Using almost 35,000 SNPs for this though.
Latvia_HG
Eastern_HG 0.288±0.040
Western_HG 0.712±0.040
chisq 6.886 tail_prob 0.865047
помещает ее в пределы примеси EHG у CHG, согласно Лазаридису.
на бОльшем числе снипов (9k<35k) CHG-примесь пропадает у латышских охотоников-собирателей.
Во второй моделис 11k снипов:
Davidski said...
Swapping Satsurblia with Iran_Neolithic in the right pops, and adding Satsurblia to CHG, just to make sure, and trying two different models, with and without CHG. The fit is better with CHG, but not much better, so I'd say Ukraine HG/N probably has minor CHG. This is based on 11,000 SNPs.
In any case, I wouldn't dismiss the notion that Ukraine HG/N has CHG ancestry based on some D-stats, because D-stats are a really chunky way to look for admixture signals and often miss a lot of stuff.
Ukraine_HG/N
Caucasus_HG 0.125±0.094
Eastern_HG 0.588±0.108
Western_HG 0.288±0.103
chisq 4.933 tail_prob 0.895611
Ukraine_HG/N
Eastern_HG 0.659±0.096
Western_HG 0.341±0.096
chisq 6.690 tail_prob 0.823614
Иранский неолит немногим хуже CHG, что долно говорить о, скорее, "южном" характере примеси, а не об общем ANE-источнике.
Но опять же, она попадает в пределы примеси восточных охотников-собирателей у кавказских.
Немного странно...
Возможно, влияние CHG было "опосредованным", через движение какой-то степной-лесостепной популяции, происходящей с территории между Предкавказьем и Уралом. Это могло бы объяснить и появление Y-hg у еще одного мезолитического "карела". Если бы движение CHG было "прямым" (значительная миграция с Кавказа), то их примесь была бы намного более явной, вроде той, которая есть у самих кавказских HG или в степном энеолите/латышском неолите.