Компании в сфере генетической генеалогии. Промежуточный итог.

[agryz]

http://dnk-nasledie.ru
В перспективе - сложные биоматериалы, объективно необходимо

дорого! лучше в YSEQ

YSEQ не сделает анализ по зубу прадедушки или платку с пятнами крови...

скоро сделают я имел ввиду обычное тестирование по маркерам Y хромосомы и mtДНК

[TK]

http://dnk-nasledie.ru
В перспективе - сложные биоматериалы, объективно необходимо

дорого! лучше в YSEQ

YSEQ не сделает анализ по зубу прадедушки или платку с пятнами крови...

Я бы не утверждал так категорично. Вы у них просто спросите, описав Ваши образцы. Они - частная компания и открыты для диалога.
П.С. Примечание: в любом случае, есть риск, что частные образцы могут просто не позволить выделить ДНК достаточного качества для анализа иного, чем STR - но это хоть что-то.

[Шад]

http://thednageek.com/23andme-breaks-two-million/

AncestryDNA - более 3 млн. протестированных... Но у нас вообще непопулярна.
23&Me - доскочила до 2 млн. Но у нас - на спаде из-за неконкурентной цены и проблемами с пересылкой (которые решаемы, но всё же не стимулируют)

[Шад]

Интересная бизнес-модель: Sequence once. Discover again and again.
https://www.technologyreview.com/s/608313/a-dna-app-store-is-here-but-proceed-with-caution/

С Helix люди смогут выбирать вещи, о которых они хотят узнать. За начальные $80 Helix секвенирует наиболее важную часть генома - около 20 000 генов плюс некоторые другие участки ДНК, называемые ExoMe. Эта информация оцифровывается и хранится Helix, которая предоставляет часть информации компаниям, продающим интепретирующие приложения через Helix

https://www.helix.com/

Пока внешних приложений не так много и они по сути повторяют функционал 23&Me
https://www.helix.com/shop
Хотя экзом дает существенно большую базу для анализа.

[gecube_ru]

Helix как раз сейчас база для NG Geno2.0 NG

[Шад]

Обратил сегодня внимание на проект Дэвида Миттельмана, который был главным исследователем ФТДНА после Томаса Крана. Ко-фаундером кроме него является Разиб Хан.
DNAGeeks
Купон на скидку 15% - dnaexplained17
Пока продают сувенирные маечки и чашки

[karwiso]

Проблема в том, что они секвенсируют экзом - гены, которые отвечают за работу нашего тела. Если нет генетических заболеваний, то гены у нас всех будут практически одинаковыми. Я делал полное секвенсирование экзома с покрытием в 100х и загрузил в Gedmatch Genesis - пользы мало, перекрывание с наборами с FTDNA или Ancestry около 40 000 пар. Любой генеалогический тест за 50-60$ даст больше результатов, чем секвенсировние экзома.

Я также делал секвенсирование полного генома (всей ДНК), даже там Gedcom Genesis дает пока сомнительные результаты. Для анализа Y-хромосомы, лучше, чем BigY у FTDNA. Полный геном дает до 2-3 миллионов общих мутаций с теми, кто делал полный геном (WGS), но с наборами от FTDNA и Ancestry идет совпадение только по 140 000 - 250 000 пар. Пока Gedmatch Genesis не доработают, то WGS только для энтузиастов. Для тех, кто хочет максимум, полное секвенсирование генома WGS и любой генеалогический тест - просто супер. Секвенсирование экзома - бесполезно для генеалогических целей (спрашивал CeCe). Или копите на полный геном WGS, или просто делайте любой дешёвый аутосомальный тест ДНК.

Интересная бизнес-модель: Sequence once. Discover again and again.
https://www.technologyreview.com/s/608313/a-dna-app-store-is-here-but-proceed-with-caution/

С Helix люди смогут выбирать вещи, о которых они хотят узнать. За начальные $80 Helix секвенирует наиболее важную часть генома - около 20 000 генов плюс некоторые другие участки ДНК, называемые ExoMe. Эта информация оцифровывается и хранится Helix, которая предоставляет часть информации компаниям, продающим интепретирующие приложения через Helix

https://www.helix.com/

Пока внешних приложений не так много и они по сути повторяют функционал 23&Me
https://www.helix.com/shop
Хотя экзом дает существенно большую базу для анализа.

[Шад]

Проблема в том, что они секвенсируют экзом - гены, которые отвечают за работу нашего тела. Если нет генетических заболеваний, то гены у нас всех будут практически одинаковыми. Я делал полное секвенсирование экзома с покрытием в 100х и загрузил в Gedmatch Genesis - пользы мало, перекрывание с наборами с FTDNA или Ancestry около 40 000 пар. Любой генеалогический тест за 50-60$ даст больше результатов, чем секвенсировние экзома.

Я также делал секвенсирование полного генома (всей ДНК), даже там Gedcom Genesis дает пока сомнительные результаты. Для анализа Y-хромосомы, лучше, чем BigY у FTDNA. Полный геном дает до 2-3 миллионов общих мутаций с теми, кто делал полный геном (WGS), но с наборами от FTDNA и Ancestry идет совпадение только по 140 000 - 250 000 пар. Пока Gedmatch Genesis не доработают, то WGS только для энтузиастов. Для тех, кто хочет максимум, полное секвенсирование генома WGS и любой генеалогический тест - просто супер. Секвенсирование экзома - бесполезно для генеалогических целей (спрашивал CeCe). Или копите на полный геном WGS, или просто делайте любой дешёвый аутосомальный тест ДНК.

Интересная бизнес-модель: Sequence once. Discover again and again.
https://www.technologyreview.com/s/608313/a-dna-app-store-is-here-but-proceed-with-caution/

С Helix люди смогут выбирать вещи, о которых они хотят узнать. За начальные $80 Helix секвенирует наиболее важную часть генома - около 20 000 генов плюс некоторые другие участки ДНК, называемые ExoMe. Эта информация оцифровывается и хранится Helix, которая предоставляет часть информации компаниям, продающим интепретирующие приложения через Helix

https://www.helix.com/

Пока внешних приложений не так много и они по сути повторяют функционал 23&Me
https://www.helix.com/shop
Хотя экзом дает существенно большую базу для анализа.

Согласен. Экзом - это не про генеалогию, а про медицину. WGS - пока что дорогое, но комплексное решение. Правда делать его в низком покрытии - это скорее баловство. Не могу найти ссылку, но кажется FDA установил, что для клинических целей покрытие должно быть не менее 120х (могу ошибаться).
Кстати, при таком покрытии будет и высококачественный игрек.

[AlexanderK]

Пока внешних приложений не так много и они по сути повторяют функционал 23&Me
https://www.helix.com/shop
Хотя экзом дает существенно большую базу для анализа.

А ещё у них можно заказать носки соответсвующие вашему генетическому коду. 23&Me до такого не додумались

https://www.helix.com/shop/dot-one-personalized-socks/

[Шад]

[R1a-Stolin]

23&me явно недооценена. Во-первых, мито тестируют хорошо, выборочно тестируются мутации, включая контрольный регион, так что это лучше чем HVR1 +HVR2, но хуже Full Sequence. Во-вторых, 23иЯ тестирует снипы Y хромосомы - не Биг, но лучше маркеров.

[Шад]

23&me явно недооценена. Во-первых, мито тестируют хорошо, выборочно тестируются мутации, включая контрольный регион, так что это лучше чем HVR1 +HVR2, но хуже Full Sequence. Во-вторых, 23иЯ тестирует снипы Y хромосомы - не Биг, но лучше маркеров.

Согласен. Но 23 - это слепок на текущий момент. Для большинства возможно большего и не нужно. Но для исследователя отсутствие возможности апрейда - это минус. Хотя все зависит от целей исследования и текущей степени проработки конкретного субклада. Где-то действительно "конец истории" уже наступил или близок.

[Шад]

Решил сопоставить цены на тесты, данные по которым принимаются YFull (кроме широко известных)

YSEQ WGS 740 долларов (48200 рублей)
WeGene WGS 3999 юаней (38160 рублей) - https://www.wegene.com/shop/item/13
Yoogene Patrollage source (Y+Mt) 1469 юаней (14017 рублей) - https://www.yoogene.com/goods/goodsdetail/goods_id/9
Enlighten - не нашел данных
23mofang - https://www.23mofang.com/, но цена подозрительно низкая (449 юаней) или не разобрался где тот самый продукт:)


UPD Enlighten нашлось, но без цен. Хотя услуга по игреку описана http://www.eltbio.com/ysstfx

[Михаил Петров]

Подскажите пожалуйста, я не в курсе, вот наткнулся на FamilySpace и предлагаемые тесты - это что-то новое или хорошо забытое старое?

[mdn]

Подскажите пожалуйста, я не в курсе, FamilySpace и предлагаемые тесты

Там если тыкать, описание есть.
Мт - только hvs-1
Y - только 20 маркеров