мтДНК: гаплогруппа HV

[Tusya84]

посмотрите например здесь снипы непосредственных потомков HV, но скорее всего наиболее крупные ветви уже проверены автоматическим классификатором

По этой ссылке:
HV19 T4823C, С16260Е, A16399G, у меня есть i702992 MT4823T и i3001762 MT16260  и i3001905 MT16399
HV4 T7094C, у меня есть  i4001378   MT7094
HV5 A13105G, у меня  rs2853501   MT13105
HV12 G13889A , у меня  i6001082   MT13889
HV1 16067T, у меня  i6001082   MT13889
HV21 C16169T, у меня  i4000787   MT16169
HV1a1     C150T  G15927A  C16355T, у меня есть i3001876 MT16354T
HV12b1a     A337G  C594T  T13572C  G14569A , у меня есть i3001306 MT14569C

[Valery]

HV19 T4823C, С16260Е, A16399G, у меня есть i702992 MT4823T и i3001762 MT16260  и i3001905 MT16399
HV4 T7094C, у меня есть  i4001378   MT7094
HV5 A13105G, у меня  rs2853501   MT13105
HV12 G13889A , у меня  i6001082 MT13889
HV1 16067T, у меня  i6001082 MT13889
HV21 C16169T, у меня  i4000787   MT16169
HV1a1     C150T  G15927A  C16355T, у меня есть i3001876 MT16354T
HV12b1a     A337G  C594T  T13572C  G14569A , у меня есть i3001306 MT14569C

обратите внимание на нуклеотидные буквы
на дереве переходы записываются в виде тройки "ancestral_state position derived_state"
derived state (производный аллель) мутации на дереве должен совпасть с буквой в вашем отчете
разумеется, если совпадение есть, то практически наверняка только с одной гаплогруппой
проставьте плз недостающие буквы

красным выделил отрицательный результат
синим - более надежные для классификации признаки (можно ставить сразу диагноз соотв гаплогруппы, если совпадают аллели), коричневым - менее надежные
бирюзовым - где повторились с предыдущим
розовым - увы не в кассу тк по номеру rs это 16354
если в списке замен, обязательных для какой-то гг более 1 мутации, и у вас в отчете тоже есть более 1 позиции оттуда, то должно быть совпадение с производным аллелем во всех случаях когда у вас типирована позиция (частичное совпадение менее вероятно, но коли так, в этом случае классификацию можно сделать только с полным сиквенсом под рукой). То есть тест на HV19 уже отрицательный из-за MT4823T, и скорее всего обе другие позиции, где вы не указали нуклеотиды, у вас в предковом состоянии

то есть по существу помочь могут только буквы позиций, выделенных синим

ЗЫ. На на самые попсовые линии H, HV0 и V вы уже проверили себя? практически наверняка соответств позиции есть в отчете

[Tusya84]

Добрый день, загрузила я данные на сайт dna.jameslick и вот он мне выдал такой результат по гаплогруппе. Подскажите, как правильно интерпретировать результат? У меня больше подходит на HVCR?

[AleksG]

Да этот кажется сайт давно сломался. Он мне с U5a1a1 выдает H2a2a

[grimsvotn]

Вспомнил тут, что мой дед по матери - HV:

16114T 16187T 16274A 16278T 16311C
93G 95C 263G 315.1C

Наверное, надо заказать фулл (двоюродная тетка и троюродный брат - носители этой мито-линии))))

[Tusya84]

HVR2 / L3e2b1a1, а другие предикторы не смотрели?

Подскажите, что такое предикторы?
А то я пытаюсь понять, можно ли как-то дальше предположить по субкладу. А то генотек определил только как HV.

[AleksG]

А то я пытаюсь понять, можно ли как-то дальше предположить по субкладу. А то генотек определил только как HV.

Вы думаете что генотек нашел у вас какие-то снипы под HV, но не идентифировал их ?

[Tusya84]

Возможно... А может просто не смог определиться. Смотрю, у кого то в гаплогруппе есть субклад, а у кого-то генотек не определил, как и у меня. Возможно это связано с тем, что не смог определиться? Потому как не тогда не понимаю, как одним определяют дальше, а другим нет. Вот выше по просмотренным в ручную снипам я попыталась на глаз определить
Вышло криво, но как я писала уже выше, я предположила HVR, но далее вручную разобраться со стольким количеством снипов очень тяжело.

[Tusya84]

Подскажите, что такое предикторы?
А то я пытаюсь понять, можно ли как-то дальше предположить по субкладу. А то генотек определил только как HV.

смотрите ссылки выше, китайский сайт попробуйте.

Это первая ссылка? Я там нашла только по У, по мито нет.
А HVR2 что за гаплогруппа, что-то яндекс не выдает.

[Tusya84]

Это первая ссылка? Я там нашла только по У, по мито нет.
А HVR2 что за гаплогруппа, что-то яндекс не выдает.

Вегене мито хорошо определяет, а HVR2 возможно ошибка.

Спасибо, а он платный? Пытаюсь в нем разобраться.

[Tusya84]

Я сейчас выгрузила свою ДНК  из ФТДНА и перекодировала в формат 23иЯ. Загрузила на сайт, что выше и вот такой результат он мне выдал.

[AleksG]

Я ж говорю - он сломан, мне тоже самое выдает

[Tusya84]

Жалко( А вегене я поняла, что платный.

[Tusya84]

Спасибо, а он платный? Пытаюсь в нем разобраться.

Был бесплатный, пробовали загрузить файл?

Cпасибо, загрузила, жду результат.

[Tusya84]

Наверное все таки платный или я что-то загружаю не так. Пишет:
Ожидающий оплаты пожалуйста, завершите платеж до 2022-10-31 22:06