мтДНК: гаплогруппа HV

[grimsvotn]

Вот эту утилиту пробовали?
http://vps1.jameslick.com/dna/mthap/
Нужно скачать файл с ФТДНА в формате FASTA и загрузить в нее для анализа.

Да, спасибо, знакомая утилитка.
Но у меня к сожалению не FMS для этой линии

[dimm]

Но у меня к сожалению не FMS для этой линии

так вроде бы не обязательно FASTA файл нужен.
http://forum.molgen.org/index.php/topic,1856.msg137150.html#msg137150
можно вручную текстовый файл создать из закинуть в предиктор.

[grimsvotn]

Спасибо!

Сейчас попробуем!

[grimsvotn]

Загружаете сюда обычный текстовый файл со строкой отличий от референса, и получаете:

Так а как правильно записывать гаплотип в .txt?

Подсобите разобраться, а то мне, как гуманитарию, сходу не понять.

Напомню:

HVR1: C16114T, A16129G, C16189T, T16223C, G16230A, G16274A, C16519T
HVR2: G73A, A93G, A95c, C146T, C152T, C195T, A247G, 522.1A, 522.2C, 315.1C

И rCRS:

[dimm]

Так а как правильно записывать гаплотип в .txt?

возможно как-то так:

Код: [Выделить]

93G 95C 263G 315.1C 16114T 16187T 16274A 16278T 16311Chttp://dna.jameslick.com/mthap/rCRSdiff.html
ну и получилось

Код: [Выделить]

mthap version 0.19a (2013-04-08); haplogroup data version PhyloTree Build 16 (2014-02-19)
raw data source mthap.txt (54B)

rCRSdiff format was uploaded. Based on the markers found, assuming the following regions were completely sequenced: HVR1 (16001~16569) HVR2 (1~574).

Found 1152 markers at 1152 positions covering 7.0% of mtDNA.

Markers found (shown as differences to rCRS):

HVR2: 93G 95C 263G (315.1C)
CR:
HVR1: 16114T 16187T 16274A 16278T 16311C

Best mtDNA Haplogroup Matches:

1) HV7

Defining Markers for haplogroup HV7:
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4769G 5471A 7028T 8860G 14560A 15326G
HVR1: 16278T 16311C

Marker path from rCRS to haplogroup HV7 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 16311C ⇨ HV(T16311C) ⇨ 5471A 14560A 16278T ⇨ HV7 ⇨ 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16274A

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(3): 263G 16278T 16311C
Extras(5): 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16274A
Untested(9): 750 1438 2706 4769 5471 7028 8860 14560 15326

2) H13a1a2a

Defining Markers for haplogroup H13a1a2a:
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2259T 4745G 4769G 8860G 9449T 13542G 13680T 14872T 15326G 15712G
HVR1: 16278T 16311C

Marker path from rCRS to haplogroup H13a1a2a (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 14872T ⇨ H13 ⇨ 2259T ⇨ H13a ⇨ 4745G ⇨ H13a1 ⇨ 13680T ⇨ H13a1a ⇨ 13542G ⇨ H13a1a2 ⇨ 16311C ⇨ H13a1a2(T16311C) ⇨ 9449T 15712G 16278T ⇨ H13a1a2a ⇨ 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16274A

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(3): 263G 16278T 16311C
Extras(5): 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16274A
Untested(12): 750 1438 2259 4745 4769 8860 9449 13542 13680 14872 15326 15712

3) H2a3

Defining Markers for haplogroup H2a3:
HVR2: 263G
CR: 750G 8860G 10810C 15326G
HVR1: 16274A

Marker path from rCRS to haplogroup H2a3 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 10810C 16274A ⇨ H2a3 ⇨ 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16278T 16311C

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(2): 263G 16274A
Extras(6): 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16278T 16311C
Untested(4): 750 8860 10810 15326

3) H2a3b

Defining Markers for haplogroup H2a3b:
HVR2: 263G
CR: 750G 8860G 10810C 14693G 15326G
HVR1: 16274A

Marker path from rCRS to haplogroup H2a3b (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 10810C 16274A ⇨ H2a3 ⇨ 14693G ⇨ H2a3b ⇨ 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16278T 16311C

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(2): 263G 16274A
Extras(6): 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16278T 16311C
Untested(5): 750 8860 10810 14693 15326

3) H2a3a

Defining Markers for haplogroup H2a3a:
HVR2: 263G
CR: 750G 1462A 8860G 10810C 15326G
HVR1: 16274A

Marker path from rCRS to haplogroup H2a3a (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 10810C 16274A ⇨ H2a3 ⇨ 1462A ⇨ H2a3a ⇨ 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16278T 16311C

Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(2): 263G 16274A
Extras(6): 93G 95C (315.1C) 16114T 16187T 16278T 16311C
Untested(5): 750 1462 8860 10810 15326

[grimsvotn]

Спасибо!

Значит есть вероятность, что это HV7*?

[dimm]

попробуйте добавиться в https://www.familytreedna.com/public/H%20mtDNA%20Haplogroup/default.aspx

[grimsvotn]

попробуйте добавиться в https://www.familytreedna.com/public/H%20mtDNA%20Haplogroup/default.aspx

Ок, спасибо!

[grimsvotn]

Раз уже тема давно не обновлялась новыми материалами, добавлю кое-какую новую общую информацию:

Карта распространения HV*:



Субсклады:

HV1 : found in Ukraine, Italy, Israel, Armenia, North Africa, Yemen, Ethiopia and Somalia
HV1a'b'c
HV1a
HV1a1
HV1a1a
HV1a1b
HV1a2
HV1a2a
HV1a3
HV1b
HV1b1
HV1b1a
HV1b1b
HV1b2
HV1b3
HV1c
HV1d
HV2 : found in the Middle East and Slovakia
HV2a
HV4 : found in Mesopotamia, Jordan, Egypt, Bulgaria, Russia, Italy, Germany and northern Spain.
HV4a
HV4a1
HV4a1a
HV4a2
HV4a2a
HV4a2b
HV4b
HV4c
HV4c1
HV5 : found around Lithuania, Belarus and Poland
T16311C! (formerly HV3)
HV6 : found in Iran, Russia, Slovakia and Britain
HV7 : found in Russia, Ukraine and Sicily
HV8 : found in southern Russia and Slovakia
HV9 : found in Italy, the Czech Republic, Poland, Russia, Scandinavia and Britain
HV9a
HV9b
HV9c
HV10 : found around the Alps
HV11 : found in Italy
HV11a
HV14 : found in Lebanon and China
HV15 :
HV16 : found in Germany, Hungary and the British Isles
HV17 : found in the Czech Republic
HV12 : found in Iran
HV12a
HV12a1
HV12b
HV12b1
HV13 : found in Iran

[grimsvotn]

Спасибо!

Значит есть вероятность, что это HV7*?

Действительно, похоже на то:

http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=36&t=1904

[grimsvotn]

В двух проектах по HV в этой гаплогруппе одни и те же люди с maternal ancestor:
- Тернополь, Украина;
- Палермо, Италия;
- Мэриленд, США (вероятно тоже итальянские корни).

Карта HV7:

[митохондрия]

У родственника: Гаплогруппа HV0a1. FullmitoFTDNA  совпаденцы Германия, Швеция.

[Ухряб]

Товарищи, что можно узнать про HV9 ?
Протестировали бабулю с нижегородскими, вроде бы, корнями.
Волнуемся... 

[Шад]

Товарищи, что можно узнать про HV9 ?
Протестировали бабулю с нижегородскими, вроде бы, корнями.
Волнуемся... 

1) Идете по ссылке: http://phylotree.org/tree/R0.htm
2) Вбиваете в поиск - HV9
3) На сегменте дерева смотрите его структуру (есть HV9*, HV9a и тп). Если кликнуть по образцам, то можно посмотреть в какой научной работе они исследовались. Там же может быть (но не обязательно) географическая информация.

[Nicola_Canadian]

На https://dna.jameslick.com
мою Mt-DNA предпологают как HV9 или даже HV9b.



Markers found (shown as differences to rCRS):

HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4769G 5585A 7028T 8994A 13708A 15326G
HVR1: 16129A 16151G 16199A 16249C 16311C
IMPORTANT NOTE: The above marker list is almost certainly incomplete due to limitations of genotyping technology and is not comparable to mtDNA sequencing results. It should not be used with services or tools that expect sequencing results, such as mitosearch.

Best mtDNA Haplogroup Matches:
1) HV9b
Defining Markers for haplogroup HV9b:
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8860G 8994A 15326G
HVR1: 16249C 16311C
Marker path from rCRS to haplogroup HV9b (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 16311C ⇨ HV(T16311C) ⇨8994A ⇨ HV9 ⇨ 16249C ⇨ HV9b ⇨ 5585A 13708A 16129A 16151G 16199A
Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(10): 263G 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8994A 15326G 16249C 16311C
Extras(5): 5585A 13708A 16129A 16151G 16199A
Untested(1): 8860

2) HV9
Defining Markers for haplogroup HV9:
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8860G 8994A 15326G
HVR1: 16311C
Marker path from rCRS to haplogroup HV9 (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 16311C ⇨ HV(T16311C) ⇨8994A ⇨ HV9 ⇨ 5585A 13708A 16129A 16151G 16199A 16249C
Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(9): 263G 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8994A 15326G 16311C
Extras(6): 5585A 13708A 16129A 16151G 16199A 16249C
Untested(1): 8860

3) HV(T16311C)
Defining Markers for haplogroup HV(T16311C):
HVR2: 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8860G 15326G
HVR1: 16311C
Marker path from rCRS to haplogroup HV(T16311C) (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 16311C ⇨ HV(T16311C) ⇨5585A 8994A 13708A 16129A 16151G 16199A 16249C
Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(: 263G 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 15326G 16311C
Extras(7): 5585A 8994A 13708A 16129A 16151G 16199A 16249C
Untested(1): 8860

3) HV9(T152C)
Defining Markers for haplogroup HV9(T152C):
HVR2: 152C 263G
CR: 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8860G 8994A 15326G
HVR1: 16311C
Marker path from rCRS to haplogroup HV9(T152C) (plus extra markers):
H2a2a1(rCRS) ⇨ 263G ⇨ H2a2a ⇨ 8860G 15326G ⇨ H2a2 ⇨ 750G ⇨ H2a ⇨ 4769G ⇨ H2 ⇨ 1438G ⇨ H ⇨ 2706G 7028T ⇨ HV ⇨ 16311C ⇨ HV(T16311C) ⇨8994A ⇨ HV9 ⇨ 152C ⇨ HV9(T152C) ⇨ 5585A 13708A 16129A 16151G 16199A 16249C
Imperfect Match. Your results contained differences with this haplogroup:
Matches(9): 263G 750G 1438G 2706G 4769G 7028T 8994A 15326G 16311C
Mismatches(1): 152T
Extras(6): 5585A 13708A 16129A 16151G 16199A 16249C
Untested(1): 8860