мтДНК: гаплогруппа HV

[Clavis]

На mitosearch.org  вручную вводятся все мутации, отличающие Ваш гаплотип от стандартной Кембриджской последовательности, никакого файла система не принимает. Дело в том, что я ни разу не пользовался 23andMe и не знаю их систему обозначения  мутаций, может более опытные товарищи разъяснят?

[Шад]

A substantial prehistoric European ancestry amongst Ashkenazi maternal lineages
Marta D. Costa,    Joana B. Pereira,    Maria Pala,    Verónica Fernandes,    Anna Olivieri,    Alessandro Achilli,    Ugo A. Perego,    Sergei Rychkov, Oksana Naumova,    Jiři Hatina,    Scott R. Woodward,    Ken Khong Eng,    Vincent Macaulay,    Martin Carr,    Pedro Soares,    Luísa Pereira    & Martin B. Richards
Nature Communications 4, Article number: 2543 doi:10.1038/ncomms3543
См.: http://forum.molgen.org/index.php/topic,6156.0.html

[Ya-nina]

Очень хорошая схема. А нет ли такой же по HV2. У моего отца по только что полученным результатам такая ГГ.

[Шад]

Очень хорошая схема. А нет ли такой же по HV2. У моего отца по только что полученным результатам такая ГГ.

К сожалению, нет. Это была схема из конкретного исследования.
А Вы по базе Valery смотрели? Это требует некоторого напряжения (в смысле - разобраться), но можно получить определенное представление о ближайших совпаденцах.

[Ya-nina]

А Вы по базе Valery смотрели? Это требует некоторого напряжения (в смысле - разобраться), но можно получить определенное представление о ближайших совпаденцах.

Нет, не смотрела. А где ее можно увидеть?

[Шад]

А Вы по базе Valery смотрели? Это требует некоторого напряжения (в смысле - разобраться), но можно получить определенное представление о ближайших совпаденцах.

Нет, не смотрела. А где ее можно увидеть?

Вот например HV2 - http://forensicdna.ru/db/the_tree/tx/hg/H/tx_HV2_423453.htm
Идёте ниже по ссылкам Child taxa и далее до конкретных гаплотипов.

[Ya-nina]

Спасибо, Шад,
попробую разобраться.

[Шад]

Origin and of the Prehistoric Hunter-Gatherers on the Mediterranean Island of Favignana (Ègadi Islands, Sicily)
Quote from: Mannino.et.al.2012

Hunter-gatherers living in Europe during the transition from the late Pleistocene to the Holocene intensified food acquisition by broadening the range of resources exploited to include marine taxa. However, little is known on the nature of this dietary change in the Mediterranean Basin. A key area to investigate this issue is the archipelago of the Ègadi Islands, most of which were connected to Sicily until the early Holocene. The site of Grotta d’Oriente, on the present-day island of Favignana, was occupied by hunter-gatherers when Postglacial environmental changes were taking place (14,000-7,500 cal BP). Here we present the results of AMS radiocarbon dating, palaeogenetic and isotopic analyses undertaken on skeletal remains of the humans buried at Grotta d’Oriente. Analyses of the mitochondrial hypervariable first region of individual Oriente B, which belongs to the HV-1 haplogroup, suggest for the first time on genetic grounds that humans living in Sicily during the early Holocene could have originated from groups that migrated from the Italian Peninsula around the Last Glacial Maximum. Carbon and nitrogen isotope analyses show that the Upper Palaeolithic and Mesolithic hunter-gatherers of Favignana consumed almost exclusively protein from terrestrial game and that there was only a slight increase in marine food consumption from the late Pleistocene to the early Holocene. This dietary change was similar in scale to that at sites on mainland Sicily and in the rest of the Mediterranean, suggesting that the hunter-gatherers of Grotta d’Oriente did not modify their subsistence strategies specifically to adapt to the progressive isolation of Favignana. The limited development of technologies for intensively exploiting marine resources was probably a consequence both of Mediterranean oligotrophy and of the small effective population size of these increasingly isolated human groups, which made innovation less likely and prevented transmission of fitness-enhancing adaptations.


This pearl from the paper: “The HV-1 haplogroup, which belongs to the HV-family, is absent in most of Europe and India and it seems to have an epicentre of frequency and diversity in the Trans-Caucasus area. This suggests that the ancestors of the hunter-gatherers of Favignana might ultimately have originated from the Near East and Caucasus region” (p. 6).
Evidently in Italian University the pupils of Cavalli Sforza and Barbujani are numerous.
Of course Hg. HV1 is overwhelmingly Italian (and European). These haplotypes on Ian Logan spreadsheet, but the same from SMGF and Mitosearch:

HV1 8014T 15218 16067
21. AY738943(Italy) Achilli HV1 13-APR-2007 A263G 309.1C 315.1C A1438G A2706G A4769G C7028T A7569G A8014T T8376C A8860G G9755A A13535G A15218G A15326G C16067T T16519C
22. EF660936(Italy) Gasparre HV1 04-JUL-2007 A263G 309.1C 315.1C A750G A1438G A2706G T3906C A4769G T5483C T6956C C7028T A8014T A8860G T9018C G15140A A15218G A15326G A15805G C16067T G16129A C16242T
23. JF320654(Armenian) FTDNA HV1 05-MAR-2011 A263G 315.1C 523.1C 523.2A A750G A1438G A2706G A4766G A4769G C7028T A8014T A8860G G9548A A15326G C16067T

HV1a 8277
24. JF316743(Armenian) FTDNA HV1a 05-MAR-2011 A93G A263G 309.1C 309.2C 315.1C A508G A750G A1438G A2706G G4596A A4769G C7028T A8014T T8277C 8278.1C 8278.2C A8860G A15218G A15326G C16067T T16249C

HV1b 12696
34. AY738942(Italy) Achilli HV1b 13-APR-2007 C150T A263G 309.1C 309.2C 315.1C A750G A1438G A2706G T3290C A4769G A5134G C6263T C7028T A8014T A8860G C9585T T12696C A15218G A15326G C16067T
35. EF657609 mtDNA44(Europe) Herrnstadt HV1b 14-JUL-2007 A750G A1438G A2706G A3547G A4769G G6023A C7028T A8014T A8860G T12696C A15218G A15326G
36. EF657676 mtDNA50(Europe) Herrnstadt HV1b 14-JUL-2007 A750G A1438G A2706G A3547G A4769G G6023A C7028T A8014T A8860G T12696C A15218G A15326G

http://eng.molgen.org/viewtopic.php?f=160&t=741

[Andrew]

Попадался ли здесь кто-то с HV6 в последние время?
У меня отец HV6 белоруссия/польша.

[grimsvotn]

Всем доброго вечера!

Готовы результаты MtPlus для деда по матери - HV. Номер кита - 356610

Гаплотип:
HVR1: C16114T, A16129G, C16189T, T16223C, G16230A, G16274A, C16519T
HVR2: G73A, A93G, A95c, C146T, C152T, C195T, A247G, 522.1A, 522.2C, 315.1C

Матчей - ноль

Первый известный предок - прапрабабушка Матрена Петровна Дымова (в девичестве), однодворка с. Требунки Данковского уезда Рязанской губернии (Липецкая область ныне).

[grimsvotn]

Позже внесу в MitoSearch.

[grimsvotn]

Хм... Даже на Митосёрч нет ни одного кузена.
Не такая уж и редкая гаплогруппа - и на-те раз В принципе я давно смирился с тем, что все предковые линии редкие (кроме мито деда по отцу)
Помогите пож-та разобраться с субскладом.

[Lesla]

Хм... Даже на Митосёрч нет ни одного кузена.
Не такая уж и редкая гаплогруппа - и на-те раз

Думаю, под этим названием, HV, скрывается куча как неразобранных ветвей, так и отдельных гаплотипов. А разбирать они еще долго будут, это не Y.

[grimsvotn]

Да, и я того же мнения Что ни гаплотип - отдельная новая парагаплогруппа.

Апгрейдить до полного митосиквенса, пожалуй, не буду.
Впрочем... постараюсь найти какую-нибудь additional information, чтобы попытаться распознать субсклад.

[Шад]

Да, и я того же мнения

Апгрейдить до полного митосиквенса, пожалуй, не буду.
Впрочем... постараюсь найти какую-нибудь additional information, чтобы попытаться распознать субсклад.

Вот эту утилиту пробовали?
http://vps1.jameslick.com/dna/mthap/
Нужно скачать файл с ФТДНА в формате FASTA и загрузить в нее для анализа.