АвторТема: Whole Genome Sequence от YSEQ  (Прочитано 17735 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 148
  • Страна: ru
  • Рейтинг +54/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #60 : 21 Июль 2021, 19:56:39 »
Для того чтобы понять как организовать процесс тестирования... Как сейчас приходит тестовый набор от YSEQ? Его просто кладут в почтовый ящик или его нужно получать на почте России? Это письмо или мелкий пакет? Если это важно, планирую дополнительно оплатить трэкинговый номер.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #61 : 21 Июль 2021, 21:41:38 »
Для того чтобы понять как организовать процесс тестирования... Как сейчас приходит тестовый набор от YSEQ? Его просто кладут в почтовый ящик или его нужно получать на почте России? Это письмо или мелкий пакет? Если это важно, планирую дополнительно оплатить трэкинговый номер.
А зачем вам этот тестовый набор?
Берете стерильные щетки, например Юнона. 100 штук - 700 руб. У нас меньшим объемом не продают, но при такой цене это разумно.
Делаете забор. Сушите щетки, пол часа. Аккуратно засовываете обратно в ту же упаковку в которой были щетки. Для оптимизации можно обрезать щетку. Аккуратно заклеиваете и отправляете. Штук 10 за раз (10 x 2) отправлял, с качеством проблем нет, для полного генома подходят. Это по информации Астрид.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 148
  • Страна: ru
  • Рейтинг +54/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #62 : 21 Июль 2021, 22:00:56 »
Для того чтобы понять как организовать процесс тестирования... Как сейчас приходит тестовый набор от YSEQ? Его просто кладут в почтовый ящик или его нужно получать на почте России? Это письмо или мелкий пакет? Если это важно, планирую дополнительно оплатить трэкинговый номер.
А зачем вам этот тестовый набор?
Берете стерильные щетки, например Юнона. 100 штук - 700 руб. У нас меньшим объемом не продают, но при такой цене это разумно.
Делаете забор. Сушите щетки, пол часа. Аккуратно засовываете обратно в ту же упаковку в которой были щетки. Для оптимизации можно обрезать щетку. Аккуратно заклеиваете и отправляете. Штук 10 за раз (10 x 2) отправлял, с качеством проблем нет, для полного генома подходят. Это по информации Астрид.
Не сам сдаю. Это человек из другого города. Нужно чтобы все было максимально просто и без моего участия. Готовые щетки, готовый конверт...

Оффлайн Schimon

  • Сообщений: 71
  • Страна: by
  • Рейтинг +26/-0
  • Y-ДНК: I-FTA37575
  • мтДНК: H10e6
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #63 : 16 Август 2021, 21:48:28 »
В Nebula пересылка файла в YFULL очень удобно организована - одной кнопкой из личного кабинета.
А в YSEQ как делать надо, как правильно отправить в  YFULL?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #64 : 24 Август 2021, 10:44:48 »
Поделитесь пожалуйста ссылкой на загруженный на Yfull образец WGS400.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 148
  • Страна: ru
  • Рейтинг +54/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #65 : 24 Август 2021, 14:28:39 »
Поделитесь пожалуйста ссылкой на загруженный на Yfull образец WGS400.
YF88409 в R-BY131705

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #66 : 24 Август 2021, 17:04:45 »
2. YSEQ. + Репутация. + длина прочтения. - цена (относительно Nebula и скидок Данте). + Скорость. Наборы для WGS400 отправляются Академией ДНК генеалогии. -Глубина прочтения. x15 против x30 у конкурентов.
Добавлю про WGS400. Существенный минус - применяемая технология single read.
Дешевле, но ошибок больше.
x15 означает ~x7 для игрека.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #67 : 24 Август 2021, 17:08:16 »
В Nebula пересылка файла в YFULL очень удобно организована - одной кнопкой из личного кабинета.
А в YSEQ как делать надо, как правильно отправить в  YFULL?
Transfer your YSEQ results to YFull.com by joining the YFull group.
Для передачи данных WGS из YSEQ в YFull достаточно присоединиться к группе YFull.
Дождаться автоматического письма и инициировать передачу, перейдя по ссылке в письме.

Оффлайн ochkas

  • Сообщений: 594
  • Страна: af
  • Рейтинг +297/-0
  • FTDNA: 634321
    • Ochkas DNA
  • Y-ДНК: R1a-L1029-Y128293 (UKR)
  • мтДНК: U3a3a1a1 (BLR)
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #68 : 24 Август 2021, 17:43:29 »
Заказал тест в YSEQ. Пришёл тест YSEQ из Москвы, из ООО "Лаборатория ДНК-генеалогии". Кто-то слышал о том, что Клёсов теперь сотрудничает в Томасом Краном?)
Обратно тест необходимо отправлять в YSEQ.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #69 : 24 Август 2021, 18:26:13 »
2. YSEQ. + Репутация. + длина прочтения. - цена (относительно Nebula и скидок Данте). + Скорость. Наборы для WGS400 отправляются Академией ДНК генеалогии. -Глубина прочтения. x15 против x30 у конкурентов.
Добавлю про WGS400. Существенный минус - применяемая технология single read.
Дешевле, но ошибок больше.
x15 означает ~x7 для игрека.
Это существенно. Я что то не читал про ошибки SR. PR вроде по 150(в случае Nebula) с каждого конца. Общая длина 300 пар оснований. Но непрерывная 150. Как я понимаю на процент ошибок это не влияет. Если речь об ошибках сборки то тоже не понимаю, вроде 400 легче собрать чем условные 300 пар оснований.
Для Y да, среднее прочтение 5-7. Желательно очень серьезно подойти к процессу забора.

Если я правильно понял и там и там применяются условно Китайские секвенаторов DNBSEQ. Процент ошибок судя по описания не сильно отличается.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #70 : 24 Август 2021, 18:36:19 »
Заказал тест в YSEQ. Пришёл тест YSEQ из Москвы, из ООО "Лаборатория ДНК-генеалогии". Кто-то слышал о том, что Клёсов теперь сотрудничает в Томасом Краном?)
Обратно тест необходимо отправлять в YSEQ.
Все верно и это очень удобно.
Я полагаю сами тесты "свои" Академики делают в Yseq с гигантской наценкой, предлагая сверху свою сверхдорогую интерпретацию. Такую интерпретацию могут сотни людей на этом форуме сделать

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5994
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4192/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #71 : 24 Август 2021, 18:54:43 »
2. YSEQ. + Репутация. + длина прочтения. - цена (относительно Nebula и скидок Данте). + Скорость. Наборы для WGS400 отправляются Академией ДНК генеалогии. -Глубина прочтения. x15 против x30 у конкурентов.
Добавлю про WGS400. Существенный минус - применяемая технология single read.
Дешевле, но ошибок больше.
x15 означает ~x7 для игрека.
Это существенно. Я что то не читал про ошибки SR. PR вроде по 150(в случае Nebula) с каждого конца. Общая длина 300 пар оснований. Но непрерывная 150. Как я понимаю на процент ошибок это не влияет. Если речь об ошибках сборки то тоже не понимаю, вроде 400 легче собрать чем условные 300 пар оснований.
Для Y да, среднее прочтение 5-7. Желательно очень серьезно подойти к процессу забора.

Если я правильно понял и там и там применяются условно Китайские секвенаторов DNBSEQ. Процент ошибок судя по описания не сильно отличается.
Встречается достаточно много ридов, с более чем 20 отличиями от референса. Похоже все-таки на ошибки прочтения конкретных баз, так как бывает и просто 'N'. Хотя ради эксперимента все-таки надо попробовать перемаппировать сиквенс с разными параметрами и разным ПО.

Оффлайн shink

  • Сообщений: 148
  • Страна: ru
  • Рейтинг +54/-0
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #72 : 24 Август 2021, 21:28:33 »
Поделитесь пожалуйста ссылкой на загруженный на Yfull образец WGS400.
YF88409 в R-BY131705
К сожалению полноценного исследования в Yfull при помощи WGS400 не получилось:
"этот образец не попадет в расчет возраста, так как покрытие comBED недостаточное.
Считается что должно быть покрыто тремя или более ридами минимум 5927015 базовых пар. В Вашем случае покрыто с нужным условием 5772515 базовых пар.
Среднее покрытие Y-хромосомы x5.02. Медианное покрытие - x4.".
Хотелось бы получить отзывы других сделавших этот тест.

Оффлайн Petosiris

  • Сообщений: 558
  • Страна: ua
  • Рейтинг +108/-1
  • Y-ДНК: N-VL70-A11428
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #73 : 25 Август 2021, 09:16:38 »
Поделитесь пожалуйста ссылкой на загруженный на Yfull образец WGS400.
YF88409 в R-BY131705
К сожалению полноценного исследования в Yfull при помощи WGS400 не получилось:
"этот образец не попадет в расчет возраста, так как покрытие comBED недостаточное.
Считается что должно быть покрыто тремя или более ридами минимум 5927015 базовых пар. В Вашем случае покрыто с нужным условием 5772515 базовых пар.
Среднее покрытие Y-хромосомы x5.02. Медианное покрытие - x4.".
Хотелось бы получить отзывы других сделавших этот тест.
Правильно ли я понял, что на данный момент Y700 от FTDNA дает лучший результат ?

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1240
  • Страна: ru
  • Рейтинг +912/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Whole Genome Sequence от YSEQ
« Ответ #74 : 25 Август 2021, 11:57:52 »
Получается пока спорно. Может быть образец был старый?
Для WGS теста лучше бы новый отправить. Я жду результаты WGS400, надеюсь в Сентябре выдадут. Будет обидно, если на Yfull не получится загрузить

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.