Скорости на mtDNA

[Lifanov]

Всем привет!

Спрашивал на "родстве", спрошу и здесь.

1.  Помаркерные скорости мутаций для YDNA известны. Те же Чандлер с Вертнером, например. Есть ли у кого-нибудь аналогичные данные по mtDNA? Хотя бы по HVR1.

А то по нету встречаются либо "средние температуры по больнице", либо "по быстрым столько-то, по средним - столько-то, по медленным столько-то".

2. Транзиции и трансверсии.
Понятно, что мутации A-G и A-C имеют разные вероятности. Вопрос, на сколько разные? Мне встречалось от 3 раз до 25 раз..
Тогда вопрос, а разные ли вероятности перехода A-C и A-T?

[Mich Glitch]

Вопрос был по скоростям для отдельных мито маркеров.
Положим, для Y-STR есть относительно выверенные скорости по 75-80 маркерам. Может быть и больше. Да только по результатам мизерных выборок, или вообще - опосредственными методами меряные. Т.е. "из головы".

Теперь HVR1. 540 маркеров. Средняя скорость на зону 0.01 мутации на поколение. Вернее даже на поколенный переход, если смотреть через призму исчисления TMRCA. Стало быть надо в среднем 100 поколений ждать, чтобы что-то проскочило.

Для HVR1+HVR2 не быстрее (если помаркерно судить) 0.02 мутации на все 1050 маркеров на поколение. Т.е. 50 поколений.

Можно взять отдельный маркерок, какой-нибудь 16362 и померять. Это какой же по размерам должна быть выборка? 30-50 тысяч человек?!

Можно наоборот, у каких-нибудь подтвержденных родичей выявить разнящиеся маркеры и исчислить скорости на основании единичных случаев.

Одним словом, я о своём любимом. О практической выверке.

Если о среднезонной скорости можно говорить, как о чем-то подтвержденном, то результаты по отдельным маркерам являются промежуточными. Т.е будут исправляться и уточняться.

Высказал свою любительскую генеалогическую точку зрения. Думаю, что Valery, как спец по митоДНК, скажет что-нибудь менее расплывчатое.


Теперь собственно по САБЖ. Ничего по отдельно взятому мито маркеру мне не попадалось.

[Valery]

Привет!

1.  Помаркерные скорости мутаций для YDNA известны. Те же Чандлер с Вертнером, например. Есть ли у кого-нибудь аналогичные данные по mtDNA? Хотя бы по HVR1.

А то по нету встречаются либо "средние температуры по больнице", либо "по быстрым столько-то, по средним - столько-то, по медленным столько-то".

Успешного опыта применения весов сайтов к расчету времени общего предка для мтднк нет. Для этого нужны калибровки на выборках аццкого размера, как выше уже упомянул ув МГ, ведь это все СНИПЫ!

Поэтому мухи отдельно, котлеты отдельно.

Калиброванные (на Берингии и шимпах) скорости:

 - 1 транзиция между 16090 и 16365 за 20000 лет
либо
 - 1 транзиция кодирующей области (578-16023) за 5000 лет.

Для инделов и трансверсий скорости неизвестны.

Про веса. Исторически первый список весов для ГВС дал Хасегава в 1993 то ли 1994 году. Его статья доступна, но вряд ли представляет сейчас интерес. Следующий список дали Ричардз и Маколей в 2000 году и последний мне известный - один испанский автор. Оба у мення есть, могу поискать.

2. Транзиции и трансверсии.
Понятно, что мутации A-G и A-C имеют разные вероятности. Вопрос, на сколько разные? Мне встречалось от 3 раз до 25 раз..
Тогда вопрос, а разные ли вероятности перехода A-C и A-T?

Дело в том что стоимости трансверсий лучше назначать индивидуально для каждой, не применяя общих множителей. Есть случаи когда существующие программы выравнивания выдают не истинные трансверсии а "псевдотрансверсии" например 16183A->C в действительности является слабовеснейшей делецией соседнего сайта. Поэтому нельзя использовать выравнивание где в одной колонке 16183 будет одновременно A,G и C потому что стоимость транзиции A->"G значительно выше. Нередко бывают случаи когда на том или ином сайте известна только трансверсия и поэтому непонятно исходя из умножения чего получать ее вес? Поэтому все индивидуально.