Есть данные полногеномного теста. Что дальше?

[Sungur]

Всех приветствую!
Есть данные полногеномного теста в форматах FASTQ, BAM, VCF.
Хотел бы получить информацию о своем роде (с исторической интерпретацией), и найти, по возможности, "родственников".
Что дальше делать?

[Древ]

1. Заливайте ВАМ на YFULL Вы получите свой субклад по Y и мито. Это платно, но необходимо.
2. Вам нужно на базе вашего полногенома создать аутосомный кит для заливки во всякие базы (для этнической интерпретации и поиска родственников). Это делается программой WGSExtract.
3. Аутосомный кит заливаете в базы:
https://www.genotek.ru/
https://www.gedmatch.com/
https://www.myheritage.com/
https://www.familytreedna.com/ (можно сделать трансфер из майхеритажа)
Это всё должно быть бесплатно. Если просят денег и иначе никак - зададите вопрос в соответствующей теме, поможем.

[Sungur]

Спасибо за ответ.

[Sungur]

1. Заливайте ВАМ на YFULL ...

Приветствую!
Не могу загрузить файл BAM в облако и отправить ссылку на него в YFull. Более 100 Гб одним файлом нигде не загружается. Подскажите, как передать файл?

[Farroukh]

Вам нужна программа WGS extract, позволяющая из полногеномного массива выделить Y-bam.  Он будет весить раз в 10 меньше.

Либо напишите запрос в Yfull и опишите ситуацию.

[Capo]

В облаке Майл.ру можно грузить файлы большого размера >100 ГБ , либо вариант разбить ВАМ файл через архив на две части , один мой знакомый так отправил свой тест ( 170 ГБ) на Yfull

[Sungur]

На майле ограничение не более 50 ГБ. А второй вариант попробую, спасибо)

[Semargl]

На майле ограничение не более 50 ГБ. А второй вариант попробую, спасибо)

не надо, пожалуйста) это тот ещё квест собирать большой файл из частей

[Semargl]

Просто скачайте WGSExtract и сделайте файл БАМ, содержащий только данные, необходимые для YFull. Это займет 10-20 минут. Программа предельно проста и с роскошным мануалом.

[Sungur]

А какие данные из БАМ им нужны? На сайте про это ни слова.

[Древ]

Sungur
Ну как, получилось у вас?

[Sungur]

В YFull не получилось отправить ВАМ: не могу залить файл в облако.
В другие базы еще не пробовал отправлять, пока не разбирался с WGSExtract.