АвторТема: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200  (Прочитано 28068 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1396
  • Страна: ru
  • Рейтинг +638/-17
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #150 : 12 Ноябрь 2017, 21:57:44 »
В днешней статье https://geektimes.ru/post/295313/ (Задачи отечественного секвенаторостроения) пишут, что КНРская контора BGI забабахала, с помощью агрегата BGISEQ-500, полногеномный тест за 600$.


Эти агрегаты, по своей пропускной способности, в 50-60 раз хилее Illumina NovaSeq 6000, НО(!) есть еще ряд интересных фактов:
1) за 14 лет (2016-2030 годы) КНР хочет прочесть 100 000 000 геномов;
2) суммарная пропускная способность двух КНРских контор BGI (BGISEQ-500 * 150 шт.) + Novogene (NovaSeq 6000 * 25 шт.) = 50 000 + 250 000 = 300 000 геномов в год.
Т.е. один BGISEQ-500 за год делает 333.3333 прочтения, а один NovaSeq 6000 - 10 0000 прочтений!


Следовательно, план в 100 000 000 геномов, при текущих мощностях, будет выполнен через 333 года. Т.е. с опозданием на 319 лет. Вряд ли это кому-нибудь понравится.


Если опираться только на свои "читалки" от BGI, то их надо 21 428.6. Появление такого количества читалок и постановка на поток реагентов/чипов к ним колоссально удешевит полногеномное чтение! А если они научатся, как предлагают умельцы из РФ, повторно использовать чипы, то цена в 50$ уже не выглядит фантастикой.

Оффлайн karwiso

  • Сообщений: 24
  • Страна: 00
  • Рейтинг +13/-1
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #151 : 13 Ноябрь 2017, 14:25:52 »
200 долл конечно утопия сейчас, но лет через 5 может и вообще 100 будет.
Пока мне удавалось заказывать WGS от Dante Labs за 399€, иногда со скидкой за 359€. А как-то была распродажа - так можно было купить WGS за примерна 270€ (но это была наверное просто попытка привлечь внимание, раскрутиться). Но при желании уже цену можно считать весь приемлемой, 1-2 важных человека можно протестировать уже сейчас.

Оффлайн TK

  • Сообщений: 512
  • Страна: ru
  • Рейтинг +384/-0
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #152 : 11 Январь 2018, 14:10:02 »
И снова Китай: http://www.directgenomics.com/index.php/portal/js_article/newsdetail/id/34
Компания Direct Genomics начинает массово выпускать новый тип секвенсеров (GenoCare single-molecule genome sequencer).
И, хотя характеристики устройства мне пока не удалось найти - его предлагают для использования в медицине (значит, качество должно быть вполне на уровне).
Главное - ожидается, что в течение 2 лет стоимость теста упадет до $148.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 782
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #153 : 11 Январь 2018, 14:46:43 »
TK, не совсем понятно, имеют ли они ввиду стоимость теста всего генома, но по-моему тут гораздо интереснее сама технология. Похоже, что молекулы резать не собираются, мне кажется это очень круто.
p.s. Впрочем, я, наверное, чего-то не понимаю, нашёл статью про сравнение с Illumina MiSeq на примере кишечной палочки, там не всё так радужно. Почему-то чтение целой молекулы, но кусками по 25-30 bp...
p.p.s. Собственно, научная статья и ещё одна более поздняя, где длина чтения увеличена. Развиваются...
« Последнее редактирование: 11 Январь 2018, 15:09:25 от rLin »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6837
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #154 : 11 Январь 2018, 16:13:33 »
Почему-то чтение целой молекулы, но кусками по 25-30 bp
Как я понял, single molecule означает, что для анализа не нужно амплифицировать (размножать) ДНК. Что и должно позволить снизить стоимость.

Оффлайн rLin

  • Сообщений: 782
  • Страна: ru
  • Рейтинг +269/-0
  • Калуга
  • Y-ДНК: R1a1a-Z92 (Y569+)
  • мтДНК: T2b2-С16304T!
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #155 : 11 Январь 2018, 17:15:54 »
Srkz, да, похоже я неправильно перевёл, про целые молекулы никто и не упоминал. Вот и статья в Википедии нашлась про что-то похожее.

Оффлайн Daemon2017

  • Сообщений: 1396
  • Страна: ru
  • Рейтинг +638/-17
  • Y-ДНК: R1a-Y35174
  • мтДНК: V7-a2a2a2b*
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #156 : 18 Январь 2018, 08:57:24 »
Цены на жёсткие диски тормозят развитие доступного ДНК-секвенирования
https://3dnews.ru/964213

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 841
  • Страна: 00
  • Рейтинг +665/-2
Re: Whole Genome Sequencing дешевле чем за $200
« Ответ #157 : 04 Июнь 2022, 23:54:06 »
Cost-efficient whole genome-sequencing using novel mostly natural sequencing-by-synthesis chemistry and open fluidics platform
Gilad Almogy, Mark Pratt, Florian Oberstrass, Linda Lee, Dan Mazur, Nate Beckett, Omer Barad, Ilya Soifer, Eddie Perelman, Yoav Etzioni, Martin Sosa, April Jung, Tyson Clark, Gila Lithwick-Yanai, Sarah Pollock, Gil Hornung, Maya Levy, Matthew Coole, Tom Howd, Megan Shand, Yossi Farjoun, James Emery, Giles Hall, Samuel Lee, Takuto Sato, Ricky Magner, Sophie Low, Andrew Bernier, Bharathi Gandi, Jack Stohlman, Corey Nolet, Siobhan Donovan, Brendan Blumenstiel, Michelle Cipicchio, Sheila Dodge, Eric Banks,  View ORCID ProfileNiall Lennon, Stacey Gabriel, Doron Lipson
doi: https://doi.org/10.1101/2022.05.29.493900

https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.05.29.493900v2.full

Abstract
We introduce a massively parallel novel sequencing platform that combines an open flow cell design on a circular wafer with a large surface area and mostly natural nucleotides that allow optical end-point detection without reversible terminators. This platform enables sequencing billions of reads with longer read length (∼300bp) and fast runs times (<20hrs) with high base accuracy (Q30 > 85%), at a low cost of $1/Gb. We establish system performance by whole-genome sequencing of the Genome-In-A-Bottle reference samples HG001-7, demonstrating high accuracy for SNPs (99.6%) and Indels in homopolymers up to length 10 (96.4%) across the vast majority (>98%) of the defined high-confidence regions of these samples. We demonstrate scalability of the whole-genome sequencing workflow by sequencing an additional 224 selected samples from the 1000 Genomes project achieving high concordance with reference data.

Цитировать
To establish sequencing performance, we sequenced the seven standard GIAB reference samples HG001-HG007 12. PCR-free shotgun libraries were generated from the DNA by ligation of DNA adapters including a sample index sequence. Clonally amplified sequencing beads were generated via a fully automated high-scale emulsion PCR system and loaded onto the sequencing wafer. For a full sequencing run, we executed 444 flow cycles to allow reading of the inline sample barcode followed by a single-ended read of length ∼300bp, over a total run time of under 20 hours.

As expected for non-terminating SBS, sequence reads had a distribution of read lengths, with an average of 282bp and mode of 310bp (Fig. 2a). The average amount of sequence generated per sample (after de-duplication) was approximately 60X mean coverage per sample and was down-sampled to 40X for analysis. >99.9% of reads were mappable to Human Genome reference build 38 (GRCh38)13 using bwa-mem. ... On average, 94.9% and 86.8% of bases had base quality scores of BQ≥20 or BQ≥30, respectively, with high quality maintained throughout the length of the run (Fig. 2d). Measured raw base error rates were <0.1% for high-quality substitution errors (corrected for common SNPs and alignment errors) and 0.3% for total indel errors, with base qualities well-correlated with the observed indel error rate....

To demonstrate the scalability of the WGS workflow for large scale studies, we sequenced an additional 224 selected samples from the 1000 Genomes project16. We generated an average of 56X mean coverage per sample (after de-duplication) with mean read length of 279bp (mode 302bp) and 86% of bases with BQ≥30. All performance metrics were highly consistent across the full set of samples

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.