Генотек

[Lesla]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

[Tora_sama]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Ракитько говорил, что ифулл должен будет принять без проблем.

[Valery]

Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf?

Ну речь не совсем о качестве, а скорее о форме кодирования прочитанных промежутков в самом VCF. Раньше FT использовала простой и минималистский VCF с мутациями + простейший BED с валидными регионами, сейчас они вроде как намастачились пихать в VCF все скопом. "Читатель" специально настраивает свой софт для потребления VCF таких специфических типов. Поэтому более правильная постановка вопроса: что захочет Генотек передавать в VCF и что из этого согласится читать YFull.

В теории через VCF кастомным образом передавать вообще все маппированное, что есть в SAM.

[Semargl]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.

[Lesla]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.

Владимир, огромное спасибо за комментарий! Теперь есть представление, что ожидать можно.

[Veprya]

Вам стоит спросить в поддержке Генотека, что они называют "казахами Узбекистана", я уверен, что это просто казахи Узбекистана, как не странно. Наверняка это группа людей из Узбекистана которые считают себя казахами, помоему всё совершенно прозрачно и понятно. Ни какой мистики.  Та же самая история с русскими которые "средний жуз".

Видимо вы не до конца поняли мою мысль или я ее не смог нормально объяснить. Конечно это очевидно, что это группа людей из Узбекистана(Генотек так и сказал и зарисовал у меня именно Узбекистан а не Казахстан), а вот то что совершенно прозрачно и понятно тут вопрос. По генрасстояниям это гдето на окраине кластера узбеков, ну если включать в разборки хазарейцев, то это гдето в "середине" хазарейцев(подчеркиваю кавычками потому что двумерные модели условны, на самом деле трехмерная модель явно бы показала что это оч. далеко от хазарейцев), и гораздо дальше даже границе кластера казахов. То есть у меня тут 2 варианта -либо Генотек на самом деле молодец и обнаружил что вот казахи Узбекистана так сильно отличаются генетически от остальных казахов что уже гдето близки к хазарейцам ну и узбекам. Либо 2й вариант, к чему я склоняюсь больше -Генотек творит невообразимую чушь и видимо спекулятивно решил что мой рез каким то касанием может попадает на границу кластера казахи Узбекистана...Но вопросов куча -а как же узбеки Казахстана и прочее? на самом деле вариативности узбекского народа сейчас побольше чем казахского, поэтому даже в разных картинках разные резы узбеков распределены по разному(координатно). А вот генотек видимо откопал какую то сильную вариативность казахского народа -вот у них мой рез в середине хазарейцев и на краю кластера узбеков(по их же картинке) попадает в такое вот "казахи Узбекистана". Но в общем-то вы правы, у генотека об этом действительно надо СПРОСИТЬ!

Я склоняюсь к такому варианту ,что Генотек посто показали то что есть. Непонмаю почему вы считаете казахов однородными. Даже только по гаплогруппам они очень разнообразны. А родов то у них сколько...

[митохондрия]

Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

[Tora_sama]

Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

uploadtogenotek 51р за один кит при вводе данного промокода.

[митохондрия]

Спасибо!

[aldosha]

что-то в Генотеке залив с другого сайта (происхождение) у меня висит уже дней 17, хотя раньше делали на следующий день или даже в тот же. увеличили срок?

[Georg]

Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

uploadtogenotek 51р за один кит при вводе данного промокода.

А vcf они же не принимают?

[Georg]

А что Генотек вычисляет про неандертальцев?
У меня показывает 1215 неандертальских аллелей у одного сына и 1305 у второго.
Какие то бессмысленные попугаи.
Непонятно, с какой долей в геноме корелирует.
Жаль, что аналогично одному сайту с калькуляторами не показыапет, на какие гены влияет. Хотя с их точностью это была бы наверное дезинформация.

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.

[FELIX]

А что Генотек вычисляет про неандертальцев?
У меня показывает 1215 неандертальских аллелей у одного сына и 1305 у второго.
Какие то бессмысленные попугаи.
Непонятно, с какой долей в геноме корелирует.

У европейцев плюс-минус 3 процента

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

[Georg]

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

Причём здесь это?
Для тех матчей 5+юродное родство, не более 7-10 сМ.
Мне кажется или они так показывают меньшее количество сМ или у них ошибки, лишние матчи алгоритм делает.
Во всяком случае сообщение у них некорректное.

[FELIX]

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

Причём здесь это?
Для тех матчей 5+юродное родство, не более 7-10 сМ.
Мне кажется или они так показывают меньшее количество сМ или у них ошибки, лишние матчи алгоритм делает.
Во всяком случае сообщение у них некорректное.

95-99% "пятиюродных" - "ошибочны" по определению. Никакого дефекта логики тут нет. Одно другому никак не противоречит. Мы все от "Адама" и "Евы". Статистика не является секретной:

https://forum.molgen.org/index.php/topic,8868.0.html

График внизу первого сообщения.

Тут два подхода: 1. Игнорить такие пересечения. 2. Учитывать их вероятностных характер - "выход годного" не выше 5%. А, скорее всего, значительно ниже.