Генотек

[Valery]

Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf?

Ну речь не совсем о качестве, а скорее о форме кодирования прочитанных промежутков в самом VCF. Раньше FT использовала простой и минималистский VCF с мутациями + простейший BED с валидными регионами, сейчас они вроде как намастачились пихать в VCF все скопом. "Читатель" специально настраивает свой софт для потребления VCF таких специфических типов. Поэтому более правильная постановка вопроса: что захочет Генотек передавать в VCF и что из этого согласится читать YFull.

В теории через VCF кастомным образом передавать вообще все маппированное, что есть в SAM.

[Semargl]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.

[Lesla]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.

Владимир, огромное спасибо за комментарий! Теперь есть представление, что ожидать можно.

[Veprya]

Вам стоит спросить в поддержке Генотека, что они называют "казахами Узбекистана", я уверен, что это просто казахи Узбекистана, как не странно. Наверняка это группа людей из Узбекистана которые считают себя казахами, помоему всё совершенно прозрачно и понятно. Ни какой мистики.  Та же самая история с русскими которые "средний жуз".

Видимо вы не до конца поняли мою мысль или я ее не смог нормально объяснить. Конечно это очевидно, что это группа людей из Узбекистана(Генотек так и сказал и зарисовал у меня именно Узбекистан а не Казахстан), а вот то что совершенно прозрачно и понятно тут вопрос. По генрасстояниям это гдето на окраине кластера узбеков, ну если включать в разборки хазарейцев, то это гдето в "середине" хазарейцев(подчеркиваю кавычками потому что двумерные модели условны, на самом деле трехмерная модель явно бы показала что это оч. далеко от хазарейцев), и гораздо дальше даже границе кластера казахов. То есть у меня тут 2 варианта -либо Генотек на самом деле молодец и обнаружил что вот казахи Узбекистана так сильно отличаются генетически от остальных казахов что уже гдето близки к хазарейцам ну и узбекам. Либо 2й вариант, к чему я склоняюсь больше -Генотек творит невообразимую чушь и видимо спекулятивно решил что мой рез каким то касанием может попадает на границу кластера казахи Узбекистана...Но вопросов куча -а как же узбеки Казахстана и прочее? на самом деле вариативности узбекского народа сейчас побольше чем казахского, поэтому даже в разных картинках разные резы узбеков распределены по разному(координатно). А вот генотек видимо откопал какую то сильную вариативность казахского народа -вот у них мой рез в середине хазарейцев и на краю кластера узбеков(по их же картинке) попадает в такое вот "казахи Узбекистана". Но в общем-то вы правы, у генотека об этом действительно надо СПРОСИТЬ!

Я склоняюсь к такому варианту ,что Генотек посто показали то что есть. Непонмаю почему вы считаете казахов однородными. Даже только по гаплогруппам они очень разнообразны. А родов то у них сколько...

[митохондрия]

Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

[Tora_sama]

Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

uploadtogenotek 51р за один кит при вводе данного промокода.

[митохондрия]

Спасибо!

[aldosha]

что-то в Генотеке залив с другого сайта (происхождение) у меня висит уже дней 17, хотя раньше делали на следующий день или даже в тот же. увеличили срок?

[Georg]

Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

uploadtogenotek 51р за один кит при вводе данного промокода.

А vcf они же не принимают?

[Georg]

А что Генотек вычисляет про неандертальцев?
У меня показывает 1215 неандертальских аллелей у одного сына и 1305 у второго.
Какие то бессмысленные попугаи.
Непонятно, с какой долей в геноме корелирует.
Жаль, что аналогично одному сайту с калькуляторами не показыапет, на какие гены влияет. Хотя с их точностью это была бы наверное дезинформация.

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.

[FELIX]

А что Генотек вычисляет про неандертальцев?
У меня показывает 1215 неандертальских аллелей у одного сына и 1305 у второго.
Какие то бессмысленные попугаи.
Непонятно, с какой долей в геноме корелирует.

У европейцев плюс-минус 3 процента

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

[Georg]

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

Причём здесь это?
Для тех матчей 5+юродное родство, не более 7-10 сМ.
Мне кажется или они так показывают меньшее количество сМ или у них ошибки, лишние матчи алгоритм делает.
Во всяком случае сообщение у них некорректное.

[FELIX]

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

Причём здесь это?
Для тех матчей 5+юродное родство, не более 7-10 сМ.
Мне кажется или они так показывают меньшее количество сМ или у них ошибки, лишние матчи алгоритм делает.
Во всяком случае сообщение у них некорректное.

95-99% "пятиюродных" - "ошибочны" по определению. Никакого дефекта логики тут нет. Одно другому никак не противоречит. Мы все от "Адама" и "Евы". Статистика не является секретной:

https://forum.molgen.org/index.php/topic,8868.0.html

График внизу первого сообщения.

Тут два подхода: 1. Игнорить такие пересечения. 2. Учитывать их вероятностных характер - "выход годного" не выше 5%. А, скорее всего, значительно ниже.

[Veprya]

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.

Тут всё просто. Этот человек ребёнок одного из ваших совпаденцев. Но почему Генотек не показывает какого именно совпаденца, это странно. Очень не хватает инструмента который бы показывал общих совпаденцев с выбранным совпаденцем.

[Tora_sama]

Эту фишку только недавно добавили, Александр Ракитько об этом рассказывал, типа увеличить поиск для совпаденцев, но как по мне идея так себе.