Генотек

[Farharaji]

Что за чо, вы меня запутали, какая картинка, что приводили

Ну Вы, блин, даёте © )))

Картинка с PCA в моём сообщении, которое Вы прокомментировали в самом начале нашего разговора. В которую (в картинку), как Вы сказали, я смотрю и ничо не разберу..)))

А я комментировал лишь как я понимаю фрагмент общей картины этносов Фамилио(бывшего ЕкспертДНА). А на генотековскую вчера даже и не смотрел. Ну если сравнивать -то впринципе это даже не сравниваемое по хорошему -у фамилио цельная карта этносов, а генотек делает карты из кусков,но не фрагмент а полновесные карты кусочков. Поэтому я не уверен что координаты совпадают, то есть это изначально в целом несравнибельно. Но если все же попытаться сравнить ну чисто так, в общих чертах -думаю какие-то различия есть, но не скажу что уж оч. большие. Но  в карте ЭкспертДНА скорее ногайцы с внешней стороны кластера кавказоидного, а у Генотека пусть и тоже по краю но с внутренней границы, как-то так. Но..снова таки различие в координатах, это несравниваемые вещи на мой дилетантский взгляд.

А вообще мне Генотек по исправленному второму варианту не понравился тем, что делает СПЕКУЛЯТИВНЫЕ выводы, видимо по бритве Оккама -которую я терпеть не могу(видимо потому что в моем частном случае эта бритва почти всегда врет) Так например мои узбекскую и казахскую четвертинку они объединили в половинку(да даже в 52%) назвав мифическими Казахи Узбекистана. ну это бред, во первых не думаю что казахи Узбекистана так уж смещены от остальных казахов в сторону узбеков(по сути не в казахском а в узбекском кластере) Во вторых их не то чтобы много, и почему казахи Узбекистана, а не узбеки Казахстана хотя бы? Ведь как раз таки по карте генотека там скорее на краю узбекского кластера. В общем какие то безграмотные выводы, по сути какие то несуществующие подэтносы генотек выводит даже(типа казахи Узбекистана). Хотя понятно что с гибридами 2го поколения сложно(это те смешанные типа меня у которых и оба родителя тоже смешанные по этносам) и было понятно что задача для Генотека изначально невыполнима, но это мифотворчество(казахи Узбекистана) меня конечно убило. То есть мою узбекскую кокандскую четвертинку от отца и мою  четвертинку аргынскую среднежузовскую(смешанную с чингизидами-торе) от матери объединить в мифотворчество Казахи Узбекистана. Это полный бред,Генотек. Полный

[Михаил Петров]

Мой предок по мужской линии осетин-иронец (Северная Осетия) в начале 1830-х г.г. был сослан на поселение в Забайкалье, где он и его потомки по мужской линии женились на местных русских. Особенность русских в Забайкалье, то что они вместе с местным иноверцами из тунгусов (якут) и бурят  образовали непризнанный народ - гураны. Вот по отцовской линии у меня всё это и имеется: русские из Забайкалья + гураны (якуты) и осетины.

По материнской линии все мои прямые предки (их из документально подтверждённых 148 чел.) с Верхней Волги - из Копринской и Глебовской волости Рыбинского уезда Ярославской губернии. Самый далёкий предок - пра(7) дед родился в 1672 году. На протяжении последних 250 лет мои предки жили очень компактно, но не исключается появление в более ранние времена в их среде поволжских татар (также среди имеющихся у меня этносов 11%).

Уточнил, что поволжские татары 11% имеются у меня не по материнской линии, чьи предки с Верхней Волги, а согласно выводам Генотек относятся к предкам по отцовской линии из Забайкалья. Где поволжские татары и где Забайкалье?
Обратился к документам и вот что обнаружил. Мои предки по отцовской линии отражены в подворовой карточке переписи 1897 года, проходившей в Забайкалье. Заполнена стандартная форма, в которой кроме основной национальности великоросс указаны ещё четыре: буряты, татары, евреи и поляки.



С бурятами всё понятно - это коренной народ Забайкалья. Поляки в Забайкалье оказались в большом количестве в ссылке после известных событий в Польше в 1830-31 г.г. Евреи - "титульная" нация на всей территории Российской империи, её часто выделяли во многих документах того времени. А вот татары, не те ли это поволжские татары, о которых говорит Генотек?

[Yaroslav]

А я комментировал лишь как я понимаю фрагмент общей картины этносов Фамилио(бывшего ЕкспертДНА). А на генотековскую вчера даже и не смотрел.

Так я как раз и говорил о картинке с PCA от Familio DNA, на которой, по моим словам, ногайцы пространственно оказались «где-то в Средней Азии» рядом с памирцами, на что Вы и отреагировали.

Так например мои узбекскую и казахскую четвертинку они объединили в половинку(да даже в 52%) назвав мифическими Казахи Узбекистана. ну это бред, во первых не думаю что казахи Узбекистана так уж смещены от остальных казахов в сторону узбеков(по сути не в казахском а в узбекском кластере)

Интересно, насколько у казахов в Узбекистане распространены смешанные браки с узбеками (что-то меня второй день клинит на браках, хе-хе)? В теории я препятствующих им (таким бракам) проблем вроде как не вижу, как на практике не знаю. Может, в этом причина выделения узбекских казахов?

Если в общем смотреть регионально, и не циклиться на каждой из популяции, то по-моему можно сказать, что у Генотека как минимум на 50% попадание в Вашем случае.

А какая у Вас полная разбивка на проценты?

В общем какие то безграмотные выводы, по сути какие то несуществующие подэтносы генотек выводит даже(типа казахи Узбекистана).

Нет, ну, никто же не говорит, что казахи Узбекистана – это субэтнос. Даже если они (допустим!) и отличаются генетически, деление на (суб)этносы – это больше вопросы самосознания, т.е. работы головного мозга, а не мутаций азотистых оснований.)))

[Yaroslav]

Интересно, насколько у казахов в Узбекистане распространены смешанные браки с узбеками (что-то меня второй день клинит на браках, хе-хе)? В теории я препятствующих им (таким бракам) проблем вроде как не вижу, как на практике не знаю. Может, в этом причина выделения узбекских казахов?

Судя по карте от Expert/Familio DNA, узбеки вроде как должны легко определяться генетически.

А казахов наверное калькуляторы тоже путают - с киргизами и/или каракалпаками.

[Farharaji]

Так я как раз и говорил о картинке с PCA от Familio DNA, на которой, по моим словам, ногайцы пространственно оказались «где-то в Средней Азии» рядом с памирцами, на что Вы и отреагировали]

Я про то, что вчера вы мне задали вопрос

Просто, сам факт того, что картинка, в которой Вы видите чо, и картинка от Генотека существенно отличается – Вы оспаривать будете?

А по казахам и узбекам, да ну не думаю что там смешение прям фифти фифти. Нации все таки далековато друг от друга отстоят в современности(а не в 15-16вв) И почему казахи Узбекистана а не узбеки Казахстана к примеру. Генотек может и не ошибся в генах, но он конкретно ошибся в интерпретации. Вот на картинке ихней же видно, что в целом это никак не казахи, это на краю узбеков и хазарейцев(а по идее это просто микст узбеков и казахов должен быть, ну и видимо 2% от татар, так как 52%)

А казахов наверное калькуляторы тоже путают - с киргизами и/или каракалпаками

Ну как видно даже на этой картинке Генотека, казахи и киргизы практически спаяны.

[Farharaji]

А какая у Вас полная разбивка на проценты?

[ Даже если они (допустим!) и отличаются генетически, деление на (суб)этносы – это больше вопросы самосознания, т.е. работы головного мозга, а не мутаций азотистых оснований.)))

1) У меня 52% мифические казахи в Узбекистане(хотя правильнее назвать узбекско-казахским микстом, по картинке Генотека -скорее граница узбеков с хазарейцами)
48% поволжских татар, по карте генотека в кластере поволжских татар. Там вообще ничо интересного

по рос. регионам


2) Да вот я даже не знаю, сомневаюсь что казахи Узбекистана отличаются особо генетически от казахов по крайней мере Старшего жуза. Ну или это такие "казахи", у которых какойнить прадед-дед казах, вот и бьет в грудь что казах, хотя давно уже узбек..Что имел ввиду генотек под сферическим казахом в Узбекистане я не могу знать -неужели всю совокупность казахов Узбекистана? Ну это бред, они должны быть ближе к казахам тогда Казахстана

[andrei20]

Новый апдэйт меня обрадовал!

Теперь в моем результате




american academy of dramatic arts

Удивительно что они определили мою поволжскую кровь именно как Марийско-Удмуртскую. Хотя больше всего матчей у меня из Татарстана

[Veprya]

А какая у Вас полная разбивка на проценты?

[ Даже если они (допустим!) и отличаются генетически, деление на (суб)этносы – это больше вопросы самосознания, т.е. работы головного мозга, а не мутаций азотистых оснований.)))

1) У меня 52% мифические казахи в Узбекистане(хотя правильнее назвать узбекско-казахским микстом, по картинке Генотека -скорее граница узбеков с хазарейцами)
48% поволжских татар, по карте генотека в кластере поволжских татар. Там вообще ничо интересного

по рос. регионам


2) Да вот я даже не знаю, сомневаюсь что казахи Узбекистана отличаются особо генетически от казахов по крайней мере Старшего жуза. Ну или это такие "казахи", у которых какойнить прадед-дед казах, вот и бьет в грудь что казах, хотя давно уже узбек..Что имел ввиду генотек под сферическим казахом в Узбекистане я не могу знать -неужели всю совокупность казахов Узбекистана? Ну это бред, они должны быть ближе к казахам тогда Казахстана

Вам стоит спросить в поддержке Генотека, что они называют "казахами Узбекистана", я уверен, что это просто казахи Узбекистана, как не странно. Наверняка это группа людей из Узбекистана которые считают себя казахами, помоему всё совершенно прозрачно и понятно. Ни какой мистики.  Та же самая история с русскими которые "средний жуз". 

[Veprya]

Мне интересно узнать кто те люди которые являюся "эталонным коренным населением". Можно ли их увидеть, услышать, пощупать? Но подозреваю, что я являюсь представителем одной такой эталонной группы (например Казахстан (Средний жуз)). Дело в том, что первый свой днк тест я получил бесплатно от MyHeritage как участник их сервиса с генеалогическими деревьями указавший, что все мои предки в течении трёх поколений жили в Казахстане. Вот цитата из письма "Количество мест в прокте ограничено, мы можем предоставить бесплатные тесты ДНК только первым 50-ти участникам каждого Founder Population". Ну так вот скорее всего этими данными и пользуется Генотек, а не исключительно своими личными исследованиями.

[mayndjkeen]

Есть вопрос, в частности тем кто с фтдна.
Загрузил исходные данные(фтдна), когда закончилась обработка, я заказал тест происхождение.

Тест показал, что я имею предков с трех регионов, все гдето поровну.

При этом когда я выбираю какой-нибудь из регионов, чтобы посмотреть с каким именно народом у меня больше всего
соотвествий, мне выдает, что со всеми народами входящими в этот регион "сходства с вашей днк с коренными жителями этого региона 95% ".
Итак со всеми регионами и народами внутри них.

У кого-нибудь есть такое?с чем это может быть связано? с тем что мои исходные данные плохого качества?

Спасибо.

[Srkz]

Мне интересно узнать кто те люди которые являюся "эталонным коренным населением". Можно ли их увидеть, услышать, пощупать? Но подозреваю, что я являюсь представителем одной такой эталонной группы (например Казахстан (Средний жуз)). Дело в том, что первый свой днк тест я получил бесплатно от MyHeritage как участник их сервиса с генеалогическими деревьями указавший, что все мои предки в течении трёх поколений жили в Казахстане. Вот цитата из письма "Количество мест в прокте ограничено, мы можем предоставить бесплатные тесты ДНК только первым 50-ти участникам каждого Founder Population". Ну так вот скорее всего этими данными и пользуется Генотек, а не исключительно своими личными исследованиями.

Полагаете, MyHeritage с ними поделился данными? Не должны бы.

[Farharaji]

Вам стоит спросить в поддержке Генотека, что они называют "казахами Узбекистана", я уверен, что это просто казахи Узбекистана, как не странно. Наверняка это группа людей из Узбекистана которые считают себя казахами, помоему всё совершенно прозрачно и понятно. Ни какой мистики.  Та же самая история с русскими которые "средний жуз".

Видимо вы не до конца поняли мою мысль или я ее не смог нормально объяснить. Конечно это очевидно, что это группа людей из Узбекистана(Генотек так и сказал и зарисовал у меня именно Узбекистан а не Казахстан), а вот то что совершенно прозрачно и понятно тут вопрос. По генрасстояниям это гдето на окраине кластера узбеков, ну если включать в разборки хазарейцев, то это гдето в "середине" хазарейцев(подчеркиваю кавычками потому что двумерные модели условны, на самом деле трехмерная модель явно бы показала что это оч. далеко от хазарейцев), и гораздо дальше даже границе кластера казахов. То есть у меня тут 2 варианта -либо Генотек на самом деле молодец и обнаружил что вот казахи Узбекистана так сильно отличаются генетически от остальных казахов что уже гдето близки к хазарейцам ну и узбекам. Либо 2й вариант, к чему я склоняюсь больше -Генотек творит невообразимую чушь и видимо спекулятивно решил что мой рез каким то касанием может попадает на границу кластера казахи Узбекистана...Но вопросов куча -а как же узбеки Казахстана и прочее? на самом деле вариативности узбекского народа сейчас побольше чем казахского, поэтому даже в разных картинках разные резы узбеков распределены по разному(координатно). А вот генотек видимо откопал какую то сильную вариативность казахского народа -вот у них мой рез в середине хазарейцев и на краю кластера узбеков(по их же картинке) попадает в такое вот "казахи Узбекистана". Но в общем-то вы правы, у генотека об этом действительно надо СПРОСИТЬ!

[Lesla]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

[Tora_sama]

А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Ракитько говорил, что ифулл должен будет принять без проблем.

[Valery]

Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf?

Ну речь не совсем о качестве, а скорее о форме кодирования прочитанных промежутков в самом VCF. Раньше FT использовала простой и минималистский VCF с мутациями + простейший BED с валидными регионами, сейчас они вроде как намастачились пихать в VCF все скопом. "Читатель" специально настраивает свой софт для потребления VCF таких специфических типов. Поэтому более правильная постановка вопроса: что захочет Генотек передавать в VCF и что из этого согласится читать YFull.

В теории через VCF кастомным образом передавать вообще все маппированное, что есть в SAM.