Генотек

[митохондрия]

Добрый день!
Тестирую один образец в генотеке. Написано, что расшифровка ДНК длится 4-8 недель. А сколько на самом деле? Могут они быстрее протестировать?

[AleksG]

Добрый день!
Тестирую один образец в генотеке. Написано, что расшифровка ДНК длится 4-8 недель. А сколько на самом деле? Могут они быстрее протестировать?

Ориентируйтесь на 8, а то и дольше.

[Nitro]

Пытаюсь подгрузить результаты из Ancestry в Генотек. Сдавали год назад. Пробовал и zip, и txt - ошибка вылезает, "Не удалось прочесть файл Возможно данные повреждены". Можно ли что-то сделать с этим?

[Farroukh]

Воспользуйтесь этим советом:

Если у кого-то как у меня не грузятся данные из Генотека (формат vcf или 23andMe) в FamilyTreeDna из-за каких-то их новых ограничений, то вот что мне помогло после двух недель мучений:

1) Открываю файл Генотека (оригинальный VCF) в Excel, указываю что разделитель табуляция, импортирую все столбцы
2) Удаляю лишние первые строки, оставляя только результаты
3) сортирую так, как требует ftdna:
rsid chromosome position allele1 allele2

4) заменяю имя хромосом, где написано "chr1" удаляя заменой "chr", тем самым остаются только цифры хромосом.
5) дальше работа с фильтрами: удаляю все значения где указано больше одного ACTG, все значения должны быть только по 1 букве
6) удаляю все пустые или непонятные значения отовсюду строчками прямо, включая 0-0 и --
7) удаляю те rsid в которых присутствует несколько значений разделённых знаком ";"
исправляю название хромосом:
генотековские значения для Y хромосомы исправляю "Y" на "23"
генотековские значения для X хромосомы исправляю "X" на "24"
генотековские значения для Mt хромосомы исправляю "Mt" на "26"
9) экспортирую всё в txt файл разделённый пробелами, предварительно отсортировав строки по столбцу хромосом
10) открываю блокнотом и добавляю в начало файла:

#AncestryDNA raw data download
#This file was generated by AncestryDNA at: 09/26/2023 23:47:04 UTC
#Data was collected using AncestryDNA array version: V2.0
#Data is formatted using AncestryDNA converter version: V1.0
#Below is a text version of your DNA file from Ancestry.com DNA, LLC. THIS
#INFORMATION IS FOR YOUR PERSONAL USE AND IS INTENDED FOR GENEALOGICAL RESEARCH
#ONLY. IT IS NOT INTENDED FOR MEDICAL, DIAGNOSTIC, OR HEALTH PURPOSES. THE EXPORTED DATA IS
#SUBJECT TO THE ANCESTRY TERMS AND CONDITIONS, BUT PLEASE BE AWARE THAT THE
#DOWNLOADED DATA WILL NO LONGER BE PROTECTED BY OUR SECURITY MEASURES.
#WHEN YOU DOWNLOAD YOUR RAW DNA DATA, YOU ASSUME ALL RISK OF STORING,
#SECURING AND PROTECTING YOUR DATA. FOR MORE INFORMATION, SEE ANCESTRYDNA FAQS.
#
#Genetic data is provided below as five TAB delimited columns. Each line
#corresponds to a SNP. Column one provides the SNP identifier (rsID where
#possible). Columns two and three contain the chromosome and basepair position
#of the SNP using human reference build 37.1 coordinates. Columns four and five
#contain the two alleles observed at this SNP (genotype). The genotype is reported
#on the forward (+) strand with respect to the human reference.
rsid chromosome position allele1 allele2

------ в последней строчке между rsid и chromosome и далее не пробелы а табуляция

11) сохраняю, архивирую в zip, загружаю.
12) если не принимает файл всё равно, то открываю в DnaStudio 2.9 и конвертирую используя шаблон Ancestry v2, после чего снова в блокноте открываю и добавляю указанную выше шапку, снова в архив - так сработало.

[Nitro]

Воспользуйтесь этим советом:

Спасибо, но мне надо данные ИЗ Ancestry загрузить в Генотек.

[Farroukh]

Напишите "Генотеку" в техподдержку, пусть исправляют.

[Древ]

Сделал тесты своим папе и маме. Делал в МХ, залил на Генотек.
Это изменило мою этническую интерпретацию.
Раньше было 84% русские, 11% западные славяне и балканские народы, 5% литовцы.
Теперь стало 87% русские, 11% западные славяне и балканские народы, 2% белорусы.
Это подтверждает мою давнюю мысль, что небольшие % западноевропейцев и прибалтов у русских не являются примесью этих народов, а являются древними общими генами.

Но есть и ложка дёгтя: папа 100% русский, хотя я вполне уверен, исходя из расовых черт некоторых его предков, что там должен быть кто-то вроде мордвы в небольшом %. Ну да Бог с ним, может быть эти черты тоже идут 1000 лет - кто знает?
У мамы 94% русские и 6% белорусы. Хотя она на 25% гречанка (из Одесских греков). Вот это очень плохо. Потому что у меня этот компонент - есть (причём даже % Генотек понял правильно), а у мамы его вдруг нет совсем, хотя он обязан быть. Там греки прям натуральные были - как с античных статуй и эти черты в роду вполне себе передались.
Генотек меня расстроил.

[Древ]

Написал им на почту. Посмотрим, что ответят.

[Georg]

Сделал тесты своим папе и маме. Делал в МХ, залил на Генотек.
Это изменило мою этническую интерпретацию.
Раньше было 84% русские, 11% западные славяне и балканские народы, 5% литовцы.
Теперь стало 87% русские, 11% западные славяне и балканские народы, 2% белорусы.
Это подтверждает мою давнюю мысль, что небольшие % западноевропейцев и прибалтов у русских не являются примесью этих народов, а являются древними общими генами.

Но есть и ложка дёгтя: папа 100% русский, хотя я вполне уверен, исходя из расовых черт некоторых его предков, что там должен быть кто-то вроде мордвы в небольшом %. Ну да Бог с ним, может быть эти черты тоже идут 1000 лет - кто знает?
У мамы 94% русские и 6% белорусы. Хотя она на 25% гречанка (из Одесских греков). Вот это очень плохо. Потому что у меня этот компонент - есть (причём даже % Генотек понял правильно), а у мамы его вдруг нет совсем, хотя он обязан быть. Там греки прям натуральные были - как с античных статуй и эти черты в роду вполне себе передались.
Генотек меня расстроил.

А вдруг те греки были славянами-иммигрантами с 6-7 вв?
Прогоните в калькуляторах античности и средневековья

[Древ]

А вдруг те греки были славянами-иммигрантами с 6-7 вв?

Греки и русские не являются близкими популяциями. Эти народы заметно отличаются внешне. Их нельзя перепутать.
Да даже будь это не греки, а какие-то славяне 6-7 веков, они бы составили отдельную популяцию.
Генотек силится даже русских от украинцев отличить, хотя отличия там на порядок меньше, чем другими славянскими и уж тем более неславянскими народами. А тут вдруг не видит в упор.
Вот тот же МХ, который никогда не блистал достойными этническими интерпретациями, у мамы 12% балканцев нашёл. Пусть не 25, но хотя бы в нормальном товарном количестве. А у Генотека абсолютная слепота.
Я думаю что корень проблемы в том, что у них нет набора тестов 100%-ных этнических греков РФ-Украины. И им не с чем сравнить.

[Eozaka]

А вдруг те греки были славянами-иммигрантами с 6-7 вв?

Греки и русские не являются близкими популяциями. Эти народы заметно отличаются внешне. Их нельзя перепутать.
Да даже будь это не греки, а какие-то славяне 6-7 веков, они бы составили отдельную популяцию.
Генотек силится даже русских от украинцев отличить, хотя отличия там на порядок меньше, чем другими славянскими и уж тем более неславянскими народами. А тут вдруг не видит в упор.
Вот тот же МХ, который никогда не блистал достойными этническими интерпретациями, у мамы 12% балканцев нашёл. Пусть не 25, но хотя бы в нормальном товарном количестве. А у Генотека абсолютная слепота.
Я думаю что корень проблемы в том, что у них нет набора тестов 100%-ных этнических греков РФ-Украины. И им не с чем сравнить.

А бывает по-другому)) Мне МХ почти 30% Балкан нашёл, Генотек 10%, но мне вообще ничего неизвестно о предках с Балкан, либо их нет, либо по линии отца что-то есть, о чем я не знаю. Получила справки о смерти родителей отца. Место рождения деда Псковская область, Куньинский район. Место рождения бабушки очень подробно описали- Псковская область)) Больше по отцу пока ничего не знаю. В общем, как они все считают эту этнику- неизвестно. В ФФ 70% западных славян, застрелиться короче)) «Я художник, я так вижу»))

[dmitkac]

Но есть и ложка дёгтя: папа 100% русский, хотя я вполне уверен, исходя из расовых черт некоторых его предков, что там должен быть кто-то вроде мордвы в небольшом %.

У меня родственнику Генотек тоже показывает 100% русский, но в регионах с похожей ДНК показывает (наряду с другими) Республику Мордовию. Видимо, так он мордву и подсвечивает.

[Древ]

Генотек ответил на почту:
"Спасибо за обратную связь. Обращение передали научным специалистам, чтобы они могли учесть информацию в будущих обновлениях алгоритмов."
И далее в переписке:
"На текущий год обновлений алгоритмов этнического состава не запланировано. Возможно оно будет в следующем году. Обновления происходят раз в 3-4 года."

[Древ]

У меня родственнику Генотек тоже показывает 100% русский, но в регионах с похожей ДНК показывает (наряду с другими) Республику Мордовию. Видимо, так он мордву и подсвечивает.

Регионы в моих тестах очень плохо совпадают и я не ориентируюсь на это вообще. Потому что у всех моих образцов предки из разных регионов, а значит будет находиться "среднее", что абсурдно.
А что касается мордвы, Генотек знает такое понятие и я встречал образцы где есть примесь мордвы в этнической интерпретации.

[Древ]

Господа, а есть какой-то способ в своём генеалогическом древе на Генотеке указать, что у родственников тоже сделаны тесты? Чтобы значёк отображался? Я видел деревья, где несколько тестов у людей указано, а как это сделать у себя никак не пойму.