АвторТема: Генотек  (Прочитано 63669 раз)

0 Пользователей и 2 Гостей просматривают эту тему.

Оффлайн Rigar

  • МЖ: U5b1a2, ЖМЖ: U3b1b
  • Сообщений: 37
  • Страна: ru
  • Рейтинг +10/-0
  • Y-ДНК: I-FT16449*
  • мтДНК: C4a1a-a4
Re: Генотек
« Ответ #645 : 16 Июль 2023, 16:51:50 »
Генотек/его алгоритмы при оценке родства

хотел бы добавить про этот алгоритм и свой случай.

есть некто "А.П." в совпаденцах, 131сМ общего и 63сМ самым большим куском. - его обозначили как "Second cousin uncle" общий предок в 20 веке
и
"В.П." 260сМ общего и 62сМ самым большим куском. - "Second cousin" общий предок в 19 веке.

общий ДНК явно указывает что ВП однозначно прямой предок АП, вероятно первого родства.

для тех кто не понял - алгоритм говорит о более близком родстве с сыном нежели с отцом при том что с ним 2х меньше общего ДНК.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Генотек
« Ответ #646 : 11 Август 2023, 20:40:27 »
Помощь нужна советом. У кого есть опыт скармливанию Генотеку файлов 23? Не знаю принимает ли 23 чужие результаты в своем формате, если принимает, тогда кто делал наверняка подскажет.

Есть некий частично секвенированный (а не спипованный!) геном, я его проколил и сделал несколько сниповых файлов коммерческого типа, в частности формата 23ми. Пытаюсь скормить эту поделку Генотеку - не хочет  :(

nocall - очень много, но вопрос о правильности формата.

плз, любые советы у кого есть опыт с фейковыми файлами 23.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1236
  • Страна: ru
  • Рейтинг +906/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Генотек
« Ответ #647 : 11 Август 2023, 23:23:52 »
Помощь нужна советом. У кого есть опыт скармливанию Генотеку файлов 23? Не знаю принимает ли 23 чужие результаты в своем формате, если принимает, тогда кто делал наверняка подскажет.

Есть некий частично секвенированный (а не спипованный!) геном, я его проколил и сделал несколько сниповых файлов коммерческого типа, в частности формата 23ми. Пытаюсь скормить эту поделку Генотеку - не хочет  :(

nocall - очень много, но вопрос о правильности формата.

плз, любые советы у кого есть опыт с фейковыми файлами 23.

Там у них хитрая система. Любой нестандарт отфутболивают. Загрузка идет батчами. Собирается какое-то количество и они вместе обрабатываются. Например если в форматер 23andmev5, то они отдельно обрабатываются. Любой аутлайер вылавливается и посылается прочь.
В теории можно его скрестить с другим файлом, но не думаю, что что-то хорошее из этого выйдет.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Генотек
« Ответ #648 : 12 Август 2023, 01:48:00 »
Там у них хитрая система. Любой нестандарт отфутболивают. Загрузка идет батчами. Собирается какое-то количество и они вместе обрабатываются. Например если в форматер 23andmev5, то они отдельно обрабатываются. Любой аутлайер вылавливается и посылается прочь.
В теории можно его скрестить с другим файлом, но не думаю, что что-то хорошее из этого выйдет.

Очень интересно, спасибо! Меня система послала сразу, ессно хочется понять что не так в самом формате или многовато ноу-коллов. То есть скрестить вполне вариант, ведь надо понять на будущее что они согласны есть.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8288
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4698/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Генотек
« Ответ #649 : 12 Август 2023, 08:14:43 »
Очень интересно, спасибо! Меня система послала сразу, ессно хочется понять что не так в самом формате или многовато ноу-коллов. То есть скрестить вполне вариант, ведь надо понять на будущее что они согласны есть.
Я бы на их месте все файлы, где количество ноу-коллов превышает определённый, не слишком высокий, уровень, сразу отфутболивал. Потому что поиск родственников для них будет работать неадекватно. Вполне возможно, что Генотек так и поступает. Кстати, можно ещё и по доле гаплоидных вариантов фильтровать, и тогда процентов 99 древней ДНК пролетает.

Оффлайн Val_Metov

  • Сообщений: 1236
  • Страна: ru
  • Рейтинг +906/-2
  • Y-ДНК: J-Y94477
Re: Генотек
« Ответ #650 : 12 Август 2023, 09:26:54 »
Очень интересно, спасибо! Меня система послала сразу, ессно хочется понять что не так в самом формате или многовато ноу-коллов. То есть скрестить вполне вариант, ведь надо понять на будущее что они согласны есть.
Я бы на их месте все файлы, где количество ноу-коллов превышает определённый, не слишком высокий, уровень, сразу отфутболивал. Потому что поиск родственников для них будет работать неадекватно. Вполне возможно, что Генотек так и поступает. Кстати, можно ещё и по доле гаплоидных вариантов фильтровать, и тогда процентов 99 древней ДНК пролетает.
Так они и делают.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Генотек
« Ответ #651 : 12 Август 2023, 10:48:04 »
Если бы они так и сказали - дружок, дырок у тебя многовато - то меня вполне устроит. Но они причину-то не говорят ))

Эх, в России как всегда с другого входа надо заходить, чтобы чего-то выяснить  ;D ;D ;D

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Генотек
« Ответ #652 : 13 Август 2023, 12:40:45 »
Продолжаю исследовать Генотек.
Как я писал в этой веточке у них были проблемы с подсчетом IBD и определением близкого родства.
Вот результаты между мной и моими внучками близнецами.
Февраль 2023.
Компания   София                                    Алиса
Genotek   443/21 cM Третья степень родства 967/39 сМ Третья степень родства
FTDNA          1502/173 сМ внучка       1502/173 сМ внучка
GEDmatch   1518,4/169 сМ внучка       1518,4/169 сМ внучка
MyHeritage   1467,1/168 cM внучка       1467,1/168 cM внучка

Я тогда связывался с их группой поддержки. Недавно решил посмотреть как сейчас.
10 июля 2023.
Компания   София                                         Алиса
Genotek   1470/168 cM Третья степень родства   1470/168 сМ Третья степень родства
FTDNA   1502/173 сМ внучка                           1502/173 сМ внучка
GEDmatch   1518,4/169 сМ внучка                   1518,4/169 сМ внучка
MyHeritage   1467,1/168 cM внучка                   1467,1/168 cM внучка
Отсюда видно, что IBD они считать научились, а вот определение родства хромает по прежнему.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Генотек
« Ответ #653 : 13 Август 2023, 12:51:04 »
Снова написал в службу поддержки. После месяца обещаний ответить получил такой ответ.

"Технические специалисты смогут проставить конкретную степень родства, которая вам требуется. Прошу вас сообщить, какие родственные связи нужно  изменить. Мне нужен номер пробирки и степень связи (например, дедушка; внучка)."  :)

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Генотек
« Ответ #654 : 13 Август 2023, 13:01:24 »
Кстати они моего дядю по отношению к моим внучкам определили как неполнородного двоюродного дедушку, хотя и по факту и по определению других компаний он им двоюродный прадедушка.
В общем им надо корректировать алгоритм определения родства.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 10098
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1372/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Генотек
« Ответ #655 : 13 Август 2023, 21:25:39 »
Если бы они так и сказали - дружок, дырок у тебя многовато - то меня вполне устроит. Но они причину-то не говорят ))

Эх, в России как всегда с другого входа надо заходить, чтобы чего-то выяснить  ;D ;D ;D

Все разрешилось. После неудачи с сиквенсами попробовал отконвертить чиповые данные в 23ми. Пересечение 23ми с гигантским чипом ИльюминаОмни 4.4 оказалось немногим более 400кб - и Генотек отказался это есть. Однако тот же файл, разбавленный референсными гомозиготами, сожрал на ура (то есть если и выплюнет, то на стадии обработки).

Итак, все дело в ноуколлах.

Оффлайн Sly

  • East Slavic 74% Baltic 14% Central Europe 9% Ireland 3%
  • Сообщений: 506
  • Страна: nf
  • Рейтинг +464/-6
  • Y-ДНК: Печенкины R1a-Y2915 (Южно-русский) Мишины N-L1027 (Литва) Микуровы R-CTS4648 (Польша)
  • мтДНК: K1b2b1 Кельты
Re: Генотек
« Ответ #656 : 21 Август 2023, 19:32:55 »

Genotek
АЛЕКСАНДР ВАСИЛЬЕВ. ПРОИСХОЖДЕНИЕ https://www.youtube.com/watch?v=vUu98PnlVaw

Оффлайн Sly

  • East Slavic 74% Baltic 14% Central Europe 9% Ireland 3%
  • Сообщений: 506
  • Страна: nf
  • Рейтинг +464/-6
  • Y-ДНК: Печенкины R1a-Y2915 (Южно-русский) Мишины N-L1027 (Литва) Микуровы R-CTS4648 (Польша)
  • мтДНК: K1b2b1 Кельты
Re: Генотек
« Ответ #657 : 22 Август 2023, 22:58:45 »
Genotek ЕВРЕИ. МИХАИЛ ШАЦ И ИСРОЭЛЬ БАРЕНБАУМ О ГЕНЕТИКЕ И КУЛЬТУРЕ НАРОДА https://www.youtube.com/watch?v=k13i_QaUbuE

Оффлайн Space Jam

  • Сообщений: 41
  • Страна: am
  • Рейтинг +12/-0
  • Y-ДНК: J1-Z2215
  • мтДНК: G2b
Re: Генотек
« Ответ #658 : 11 Сентябрь 2023, 21:05:25 »


А с доменом .com? У них вроде существовала версия для Европы

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1274
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1185/-2
Re: Генотек
« Ответ #659 : 11 Сентябрь 2023, 21:06:16 »


А с доменом .com? У них вроде существовала версия для Европы

Пару месяцев уже так.

Сайт для ЕС: https://genotek.eu/

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.