АвторТема: Генотек  (Прочитано 84638 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-FT439430
  • Сообщений: 1011
  • Страна: 00
  • Рейтинг +438/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Re: Генотек
« Ответ #600 : 08 Март 2023, 20:22:50 »
Добрый день!
А как вы относитесь к результатам тестов на способности в Генотеке?

C юмором.

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 809
  • Страна: ru
  • Рейтинг +384/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
  • мтДНК: H1b2g
Re: Генотек
« Ответ #601 : 08 Март 2023, 23:19:33 »
Добрый день!
А как вы относитесь к результатам тестов на способности в Генотеке?

C юмором.
И это самая адекватная реакция, но к слову в генотеке точно есть один полезный медицинский тест и в генетический паспорт он не входит и скидок на него никогда не бывает.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1165
  • Страна: 00
  • Рейтинг +155/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: Генотек
« Ответ #602 : 09 Март 2023, 00:01:41 »
Какой?
Хочу заметить, что в медицинской части не рассмотрены мутации фолатного цикла, а ведь это связано с риском тромбозов, инсультов и инфарктов. Повышенный уровень гомоцистеина важныц фактор риска, а он ассоциирован с рядом SNP.

Оффлайн DmitryPridatko

  • Сообщений: 25
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4/-0
  • GEDmatch- JG8425414
  • Y-ДНК: I-L22
Re: Генотек
« Ответ #603 : 22 Март 2023, 02:14:40 »
осетин от ногайцев и кабардинцев пока не могут

А такое часто встречается среди осетин, что они в Генотеке попадают к карачаево-балкарцам, ногайцам и адыгам?

В PCA Генотека осетины между ними (карачаево-балкарцами, ногайцами и адыгами) и кумыками, и вроде как достаточно близко к первым и вторым.
Ярослав , кста я Белгородский  тоже у вас мама с каких н/п  , какая фамилия, что вообще по родословной именно по той линии?

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 753
  • Страна: ru
  • Рейтинг +233/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Re: Генотек
« Ответ #604 : 24 Март 2023, 16:58:27 »
А генотек озвучивал ли планы расширения присутствия в остальные регионы, в том числе воронеж, ростов-на-дону?

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9659
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2963/-10
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Генотек
« Ответ #605 : 28 Март 2023, 01:05:52 »
Переговорил с Александром Ракитько. Он сказал, что у них есть возможность выдавать в BAM результаты, только это надо через поддержку, в ручном режиме, запрашивать. Объяснил тем, что их целевой аудитории, замороченной на здоровье, удобнее в том формате (vcf со всем подряд) получать результаты.
Из советов по Полному Геному от Генотека:
- да, пока в ручном режиме надо запрашивать BAM;
- лучше сразу попросить, чтобы прислали в референсе hg38;
- присылают на почту две ссылки: на сам BAM (жирный файл) и на индекс к нему (маленький файл). Это может придирка, но удобнее было бы одной ссылкой на архив с обоими файлами - так удобнее в YFull, по-моему, закидывать.
Что не нравится в подходе Генотека к Полному Геному, так это то, что продукт как был сырым, так им и остался. Все приходится решать в ручном режиме, путем многочисленных переговоров, танцев с бубнами и помощи отзывчивых людей (огромное спасибо Владимиру Таганкину!!!).
Пожалуйте - новый опыт получение BAM от Генотека...
- в референсе hg38 не выдали - сослались, что у них только в hg19. И я собственно верю - стандартом у них идет 19 и им явно лень делать доп.движения и перегонять в 38.
- BAM они выдали настолько преотвратного качества, что по отзыву специалиста было такое ощущение, что "покрытие игрека хуже чем у самого плохого древнего семпла". Не думаю, что у спецов в Генотеке прям уж руки растут не оттуда. Ощущение - что им по барабану как получается. Хорошо, плохо - без разницы. Главное снипы со здоровьем вам выдали, а за Y идете в другую компанию.
- хорошо, что FASTQ не смогли испортить и YFull успешно из него извлек все что нужно - https://forum.molgen.org/index.php/topic,5782.msg566354.html#msg566354

Вывод: за такие деньги, да за такие мучения, чтобы получить в итоге то, что в других компаниях дают по щелчку мыши - а оно мне это надо?
В следующий раз, если по каким-то причинам опять понадобиться именно в России делать Полный Геном, обращусь в Атлас.

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 753
  • Страна: ru
  • Рейтинг +233/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Re: Генотек
« Ответ #606 : 17 Апрель 2023, 10:56:41 »
У кого какие сроки последних тестов?
От стадии Приступили к анализу ДНК?
Сдавал кровь, не слюну.

Оффлайн academicien

  • Сообщений: 21
  • Страна: ru
  • Рейтинг +7/-0
  • Y-ДНК: N-C112714мтДНК: W1e1a1*
Re: Генотек
« Ответ #607 : 17 Апрель 2023, 11:01:33 »
У кого какие сроки последних тестов?
От стадии Приступили к анализу ДНК?
Сдавал кровь, не слюну.

Генотек принимает кровь?

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 753
  • Страна: ru
  • Рейтинг +233/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Re: Генотек
« Ответ #608 : 17 Апрель 2023, 11:16:14 »
У кого какие сроки последних тестов?
От стадии Приступили к анализу ДНК?
Сдавал кровь, не слюну.

Генотек принимает кровь?
Да, в Центральном офисе.
Или самому где-то сдать.
Это ускоряет процесс - не нужна проверка качества

Оффлайн Древ

  • Сообщений: 692
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-2
  • Y-ДНК: I-PH1410
  • мтДНК: H5a1a*
Re: Генотек
« Ответ #609 : 22 Апрель 2023, 12:51:44 »
Господа, объясните, пожалуйста, как в Генотеке залить в один аккаунт данные нескольких человек? Тыркал-тыркал... так и не понял.

Оффлайн AleksG

  • Maternal Y-DNA: R-L365->YP940>R-FT439430
  • Сообщений: 1011
  • Страна: 00
  • Рейтинг +438/-4
  • Y-ДНК: Q-PH2513
  • мтДНК: U5a1a1a
Re: Генотек
« Ответ #610 : 22 Апрель 2023, 16:42:50 »
Господа, объясните, пожалуйста, как в Генотеке залить в один аккаунт данные нескольких человек? Тыркал-тыркал... так и не понял.

Укажите свой адрес электронной почты и они к нему привяжутся в один акк

Оффлайн Древ

  • Сообщений: 692
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-2
  • Y-ДНК: I-PH1410
  • мтДНК: H5a1a*
Re: Генотек
« Ответ #611 : 23 Апрель 2023, 10:09:11 »
Укажите свой адрес электронной почты и они к нему привяжутся в один акк
И вовсе так не происходит.
Заливаю данные - потом на почту приходит отбойка, что "Ваши данные обработаны и доступны в личном кабинете"  - как обычно. Но перейдя по ссылке, никаких новых данных там не отображается.

З.Ы. Я всё понял! В настройках появляется кнопка "сменить пользователя" и там можно выбрать другого человека.
Благодарю за помощь!
« Последнее редактирование: 23 Апрель 2023, 10:30:56 от Древ »

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 753
  • Страна: ru
  • Рейтинг +233/-5
  • Племянник vk511(Y),vk160(аДНК)
  • Y-ДНК: I1a1b1a1e2 (Y353312)
  • мтДНК: Я U5b2a, дети T1a1ct и H5b*
Re: Генотек
« Ответ #612 : 16 Май 2023, 20:27:55 »
Итак, генотек сделал таки мне Происхождение.
Из минусов, что собственно этап анализа на чипе делали по максимуму 6 недель, причем по максимальному сроку (от 3 до 6).
Хотя судя по общению с техподдержкой готово было уже, ждали тайм-аут свой.

Естественно генотек овский vcf нормально в 23andme,который бы приняли ftdna myheritage, не конвертится с помощью DNA kit studio ни с какими настройками.
Хотя yourdnaportal принял, не выпендривался.
Буду пытаться подобрать bcftools

Вопрос - если генотек определил меня как I1a1b1, стоит ли писать совпаденцам уровня I1a1 и уровня I1a1b1a1?
То есть у них генотек мог не определить мои снипы или например изменил чип и методику и всё же стоит написать?

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17530
  • Страна: az
  • Рейтинг +6181/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Генотек
« Ответ #613 : 16 Май 2023, 20:33:47 »
Цитировать
если генотек определил меня как I1a1b1, стоит ли писать совпаденцам уровня I1a1 и уровня I1a1b1a1?
Их максимальный уровень детекции находится за пределами снипов возрастом в тысячелетия и выше.
Те, о ком Вы говорите не являются недотипированными, а относятся к другим субкладам весьма дальнего братства. Написать им можно, только реального смысла мало. Разве что убедить их сделать нормальный широкополосный тест...

Оффлайн guenther

  • Сообщений: 67
  • Страна: de
  • Рейтинг +34/-0
  • Y-ДНК: I-Z63 > I-FT30287
Re: Генотек
« Ответ #614 : 16 Май 2023, 20:52:56 »
Здравствуйте, Georg,
Цитировать
Из минусов, что собственно этап анализа на чипе делали по максимуму 6 недель, причем по максимальному сроку (от 3 до 6).
За прошедшую неделю мне пришли результаты трёх тестов Происхождение: все они тестировались так же долго, как и у Вас - шесть недель. В январе тестирование двух образцов заняло две недели.

Цитировать
Естественно генотек овский vcf нормально в 23andme,который бы приняли ftdna myheritage, не конвертится с помощью DNA kit studio ни с какими настройками.
Конвертировал все пять своих китов из генотека (тест Происхождение) через DNA Kit Studio и заливал везде, в том числе на FTDNA, GedMatch, MyHeritage (на последнем куплена подписка для разлочивания дополнительного функционала ДНК-анализа китов).
Поэтому очень странно слышать, что Ваши киты никуда из Генотека не импортировать.

Настройки точно такие?:


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.