АвторТема: Генотек  (Прочитано 84057 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17526
  • Страна: az
  • Рейтинг +6178/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Генотек
« Ответ #555 : 28 Январь 2023, 20:46:35 »
Обычно при близких уровнях родства FTDNA указывает несколько возможных вариантов родства.
Внучки - родные сёстры или двоюродные?

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Генотек
« Ответ #556 : 28 Январь 2023, 20:55:42 »
Обычно при близких уровнях родства FTDNA указывает несколько возможных вариантов родства.
Внучки - родные сёстры или двоюродные?
Они однояйцовые близнецы. Я об этом писал выше.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Генотек
« Ответ #557 : 29 Январь 2023, 06:45:30 »
Внучки тестировались одновременно в FTDNA. FTDNA их интерпретирует как родитель - ребенок. Genotek как близнецы.
Мда, видимо, на интерпретацию уровня родства с другими членами семьи в Генотеке влияет что-то совсем непредсказуемое.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17526
  • Страна: az
  • Рейтинг +6178/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Генотек
« Ответ #558 : 29 Январь 2023, 07:33:20 »
Близнецы обладают весьма близкими геномами, но их никак нельзя назвать абсолютно идентичными - у них разные дактилоскопии (отпечатки пальцев) и ещё тонна врождённых отличий. Но никак не уровня "родитель - ребёнок", тут FTDNA перегибает палку и ёлку.

Виктор, Вы не писали об этом им в техподдержку?
« Последнее редактирование: 29 Январь 2023, 08:53:31 от Farroukh »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Генотек
« Ответ #559 : 29 Январь 2023, 08:51:48 »
Близнецы обладают весьма близкими геномами, но их никак нельзя назвать абсолютно идентичными - у них разные дактилоскопии (отпечатки пальцев) и ещё тонна врождённых отличий. Но никак не уровня "родитель - ребёнок", тут FTDNA перегибает ралку и ёлку.
Думаю, просто не стали ради отличения близнецов либо выявления нескольких тестов одного человека добавлять в алгоритм учёт участков полного совпадения наряду с половинными.

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-FTD83033
  • ...
  • Сообщений: 17526
  • Страна: az
  • Рейтинг +6178/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Генотек
« Ответ #560 : 29 Январь 2023, 09:04:44 »
Думаю, Виктору стоит им написать, чтобы заморочились на тему близнецов, клон-тестов, а также тестов одного человека, сделанных в разное время и на разных чипах.
« Последнее редактирование: 29 Январь 2023, 10:19:12 от Farroukh »

Оффлайн EWJGF

  • Сообщений: 142
  • Страна: de
  • Рейтинг +73/-0
  • М R-M269
Re: Генотек
« Ответ #561 : 29 Январь 2023, 10:39:48 »
Тройняшки,четверняшки в практике интересно были ли?

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Генотек
« Ответ #562 : 29 Январь 2023, 15:00:03 »
Думаю, Виктору стоит им написать, чтобы заморочились на тему близнецов, клон-тестов, а также тестов одного человека, сделанных в разное время и на разных чипах.
Здравствуйте, Акпер.
Очень рад снова пообщаться с Вами.
Как то все зациклились на близнецах, но на мой взгляд проблема гораздо глубже.
Мой небольшой анализ показал, что у них проблема с расчетом сМ. То ли у них проблема с программой конвертирующей Row data в их формат. То ли с алгоритмом расчета сМ.
Во вторых проблема с интерпретацией родства, если у них человек  с большими сМ родстенник 3 степени, а человек с меньшими сМ родственник 2 степени.
На самом деле я очень рад, что появилась отечественная компания занимающаяся генгенеалогией, но хотелось бы чтобы их результаты были сопоставимы с результатами других компаний.

Оффлайн Veprya

  • Сообщений: 61
  • Страна: kz
  • Рейтинг +7/-0
  • R-M198, gedmatch: H730833
  • Y-ДНК: R-M198
Re: Генотек
« Ответ #563 : 01 Февраль 2023, 17:49:25 »

3. Как Вы уже наверное догадались мои внучки однояйцевые близнецы, поэтому их генетика абсолютно идентична. Они должны показывать одинаковые размеры совпадений, что и есть в FTDNA. Однако в Genotek одна совпадает с отцом 3280/116 сМ, другая 2261/37. В FTDNA обе показывают3559/284.
     

Вы ещё больше удивитесь когда загрузите один и тот-же файл. Генотек скажет что вы близнец сам себе но совпадаете процентов на 60 - 90)))

Оффлайн Veprya

  • Сообщений: 61
  • Страна: kz
  • Рейтинг +7/-0
  • R-M198, gedmatch: H730833
  • Y-ДНК: R-M198
Re: Генотек
« Ответ #564 : 01 Февраль 2023, 18:00:06 »
Конвертировал бесплатный генотековский файл и отправил в FTDNA. Файл дочки прекрасно принялся и интерпритировался фтдн-ой, а вот файл товарища ни как не хочет ею приниматься. Просто висит сообщение - ждите, сообщим. Как версия 23&me_v3 так и версия 23&me_v5. Было такое у кого-нибудь, что делать?

Оффлайн NathanS

  • Сообщений: 1277
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1205/-2
Re: Генотек
« Ответ #565 : 01 Февраль 2023, 18:02:10 »
Конвертировал бесплатный генотековский файл и отправил в FTDNA. Файл дочки прекрасно принялся и интерпритировался фтдн-ой, а вот файл товарища ни как не хочет ею приниматься. Просто висит сообщение - ждите, сообщим. Как версия 23&me_v3 так и версия 23&me_v5. Было такое у кого-нибудь, что делать?

В чате службы поддержки описать проблему, они довольно просто решают это.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9656
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2962/-10
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Генотек
« Ответ #566 : 06 Февраль 2023, 13:30:00 »
А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.
Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.
Генотек выдал файл в формате vcf размером в 107 Гб. FASTQ пока не могу от них добиться.
Я подозреваю, что в генотековский vcf они могли аутосомные снипы запаковать + снипы по здоровью. Или это слишком жирный файл для этого и там могут быть и снипы из Y-днк?
Как это проверить?

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 8582
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4934/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Генотек
« Ответ #567 : 06 Февраль 2023, 13:37:23 »
Генотек выдал файл в формате vcf размером в 107 Гб. FASTQ пока не могу от них добиться.
Я подозреваю, что в генотековский vcf они могли аутосомные снипы запаковать + снипы по здоровью. Или это слишком жирный файл для этого и там могут быть и снипы из Y-днк?
Как это проверить?
Жирный, скорее всего, они туда всё запаковали. К игреку должны относиться строки, начинающиеся с чего-то вроде "ChrY". Надо открывать чем-то, умеющим смотреть большие файлы.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9656
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2962/-10
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Генотек
« Ответ #568 : 06 Февраль 2023, 17:17:30 »
Генотек выдал файл в формате vcf размером в 107 Гб. FASTQ пока не могу от них добиться.
Я подозреваю, что в генотековский vcf они могли аутосомные снипы запаковать + снипы по здоровью. Или это слишком жирный файл для этого и там могут быть и снипы из Y-днк?
Как это проверить?
Жирный, скорее всего, они туда всё запаковали. К игреку должны относиться строки, начинающиеся с чего-то вроде "ChrY". Надо открывать чем-то, умеющим смотреть большие файлы.
Открыл, посмотрел, действительно есть. Попробовал вручную скопировать, но больно долго ждать.
Вот ведь засада с недоделками от Генотека! Всего лишь хочу получить нормальный файл для YFull.

Оффлайн wbull

  • Сообщений: 444
  • Страна: ru
  • Рейтинг +53/-0
    • Rickman Surname Project
  • Y-ДНК: E1b1b1a1, Cluster : E-L618* , Geno 2.0: E-CTC10912
  • мтДНК: U5a1g
Re: Генотек
« Ответ #569 : 07 Февраль 2023, 15:00:17 »
Выше в этой ветке я писал о странностях определения родства в Genotek. В связи с этим я обратился в эту компанию с рядом вопросов. Мне посоветовали ввести для всех родственников даты рождения. После ввода данные поменялись. Я к своим внучкам стал родственником 2 степени (до этого был 3 степени), а жена стала вместо родственницы 2 степени просто бабушкой. Поскольку я не понял как даты рождений могут влиять на анализ генетических данных, я вновь обратился в Genotek и получил  от Алексея Бутуцкого следующий ответ. Думаю многим будет интересно.

"Пары родственников не рассматриваются в отдельности. Алгоритм выделяет семью, в которой каждый связан с кем-то хотя бы третьей степенью родства. А затем пытается восстановить семейное древо на основании сравнения геномов, возрастов, пола и информации о гаплогрупп. Если в древе много людей, то может восстанавливаться несколько альтернативных родословных. В этом случае будет указана степень родства, а не конкретное родства (например, третья степень вместо двоюродный брат). Дубли данных, ошибки в возрасте/поле или пропущенные данные по полу/возрасту и некоторые другие факторы (разные модели микрочипов для анализа, повторные загрузки разных файлов одного и того же человека) могут приводить к осложнениям при восстановлении родословной и корректировке правильных связей на неправильные. Поэтому рекомендуется указывать в анкете настоящий пол и возраст."
 

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.