АвторТема: Генотек  (Прочитано 38218 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9417
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2702/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Генотек
« Ответ #510 : 24 Октябрь 2022, 22:32:31 »
А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 656
  • Страна: ru
  • Рейтинг +289/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
  • мтДНК: H1b2g
Re: Генотек
« Ответ #511 : 24 Октябрь 2022, 23:08:23 »
А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.
Ракитько говорил, что ифулл должен будет принять без проблем.

Оффлайн Valery

  • Сообщений: 8236
  • Страна: 00
  • Рейтинг +1027/-7
  • Ultimate Matriarchy
Re: Генотек
« Ответ #512 : 25 Октябрь 2022, 12:56:01 »
Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf?

Ну речь не совсем о качестве, а скорее о форме кодирования прочитанных промежутков в самом VCF. Раньше FT использовала простой и минималистский VCF с мутациями + простейший BED с валидными регионами, сейчас они вроде как намастачились пихать в VCF все скопом. "Читатель" специально настраивает свой софт для потребления VCF таких специфических типов. Поэтому более правильная постановка вопроса: что захочет Генотек передавать в VCF и что из этого согласится читать YFull.

В теории через VCF кастомным образом передавать вообще все маппированное, что есть в SAM.

Оффлайн Semargl

  • "El sueño de la razón produce monstruos" ©
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 5722
  • Страна: cn
  • Рейтинг +3655/-5
  • www.semargl.me
    • www.semargl.me
  • Y-ДНК: R1a [CTS3402+]
  • мтДНК: U4a2g
Re: Генотек
« Ответ #513 : 25 Октябрь 2022, 15:39:53 »
А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.
Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9417
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2702/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: Генотек
« Ответ #514 : 25 Октябрь 2022, 16:34:06 »
А кто-нибудь пробовал их новую услугу - Полный геном за 99 т.р.? Обещают, что можно будет скачать исходные данные теста в форматах vcf и fastq (80-100 Gb). Интересно, в YFull можно будет скормить это и какого качества будет vcf? Получше чем у ФТДНА?

P.S. Не берем в расчет цену и прочие неудобства.
Слав,
YFull принимает VCF только из FTDNA (VCF+BED).
В случае WGS от Генотек, то они предоставляют FASTQ файлы. Эти файлы можно конвертировать в BAM самому или воспользоваться услугой конвертации например в YSEQ.

Покрытие в ширину будет точно больше чем в FTDNA, так как это WGS и покрытие в глубину судя по размеру исходников хорошее.
Владимир, огромное спасибо за комментарий! Теперь есть представление, что ожидать можно.

Оффлайн Veprya

  • Сообщений: 60
  • Страна: kz
  • Рейтинг +7/-0
  • R-M198, gedmatch: H730833
  • Y-ДНК: R-M198
Re: Генотек
« Ответ #515 : 01 Ноябрь 2022, 20:46:21 »


Вам стоит спросить в поддержке Генотека, что они называют "казахами Узбекистана", я уверен, что это просто казахи Узбекистана, как не странно. Наверняка это группа людей из Узбекистана которые считают себя казахами, помоему всё совершенно прозрачно и понятно. Ни какой мистики.  Та же самая история с русскими которые "средний жуз".
Видимо вы не до конца поняли мою мысль или я ее не смог нормально объяснить. Конечно это очевидно, что это группа людей из Узбекистана(Генотек так и сказал и зарисовал у меня именно Узбекистан а не Казахстан), а вот то что совершенно прозрачно и понятно тут вопрос. По генрасстояниям это гдето на окраине кластера узбеков, ну если включать в разборки хазарейцев, то это гдето в "середине" хазарейцев(подчеркиваю кавычками потому что двумерные модели условны, на самом деле трехмерная модель явно бы показала что это оч. далеко от хазарейцев), и гораздо дальше даже границе кластера казахов. То есть у меня тут 2 варианта -либо Генотек на самом деле молодец и обнаружил что вот казахи Узбекистана так сильно отличаются генетически от остальных казахов что уже гдето близки к хазарейцам ну и узбекам. Либо 2й вариант, к чему я склоняюсь больше -Генотек творит невообразимую чушь и видимо спекулятивно решил что мой рез каким то касанием может попадает на границу кластера казахи Узбекистана...Но вопросов куча -а как же узбеки Казахстана и прочее? на самом деле вариативности узбекского народа сейчас побольше чем казахского, поэтому даже в разных картинках разные резы узбеков распределены по разному(координатно). А вот генотек видимо откопал какую то сильную вариативность казахского народа -вот у них мой рез в середине хазарейцев и на краю кластера узбеков(по их же картинке) попадает в такое вот "казахи Узбекистана". Но в общем-то вы правы, у генотека об этом действительно надо СПРОСИТЬ!

Я склоняюсь к такому варианту ,что Генотек посто показали то что есть. Непонмаю почему вы считаете казахов однородными. Даже только по гаплогруппам они очень разнообразны. А родов то у них сколько...

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1154
  • Страна: 00
  • Рейтинг +154/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: Генотек
« Ответ #516 : 04 Ноябрь 2022, 12:38:47 »
Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?

Оффлайн Tora_sama

  • Сообщений: 656
  • Страна: ru
  • Рейтинг +289/-0
  • Y-ДНК: E-Y184711
  • мтДНК: H1b2g
Re: Генотек
« Ответ #517 : 04 Ноябрь 2022, 15:03:40 »
Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?
uploadtogenotek 51р за один кит при вводе данного промокода.

Оффлайн митохондрия

  • Сообщений: 1154
  • Страна: 00
  • Рейтинг +154/-1
  • Y-ДНК: супруг:J1, отец: I2a 'Dinaric-N' (I-S17250)
  • мтДНК: H8c- (T152C!) G13711A , T2e1b и HV0a1*
Re: Генотек
« Ответ #518 : 04 Ноябрь 2022, 15:24:37 »
Спасибо!

Оффлайн aldosha

  • Сообщений: 87
  • Страна: ru
  • Рейтинг +5/-1
  • Y-ДНК: R-BY32477 (Рязанщина)
  • мтДНК: H10e3 (Чернигов-Полтава); по отцу I1a1a3 (Рязанщина)
Re: Генотек
« Ответ #519 : 12 Декабрь 2022, 16:51:15 »
что-то в Генотеке залив с другого сайта (происхождение) у меня висит уже дней 17, хотя раньше делали на следующий день или даже в тот же. увеличили срок?

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 150
  • Страна: ru
  • Рейтинг +41/-0
  • Y-ДНК: I1a1b1 (FGC70880-Y353312)
  • мтДНК: T1a1 и H5b9 дети
Re: Генотек
« Ответ #520 : 13 Декабрь 2022, 12:19:54 »
Здравствуйте!
Скажите, пожалуйста, есть ли сейчас скидки для интерпретации загруженных файлов?
uploadtogenotek 51р за один кит при вводе данного промокода.
А vcf они же не принимают?

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 150
  • Страна: ru
  • Рейтинг +41/-0
  • Y-ДНК: I1a1b1 (FGC70880-Y353312)
  • мтДНК: T1a1 и H5b9 дети
Re: Генотек
« Ответ #521 : 20 Декабрь 2022, 18:26:10 »
А что Генотек вычисляет про неандертальцев?
У меня показывает 1215 неандертальских аллелей у одного сына и 1305 у второго.
Какие то бессмысленные попугаи.
Непонятно, с какой долей в геноме корелирует.
Жаль, что аналогично одному сайту с калькуляторами не показыапет, на какие гены влияет. Хотя с их точностью это была бы наверное дезинформация.

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.


Онлайн FELIX

  • Сообщений: 3905
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1405/-6
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Генотек
« Ответ #522 : 20 Декабрь 2022, 18:33:11 »
А что Генотек вычисляет про неандертальцев?
У меня показывает 1215 неандертальских аллелей у одного сына и 1305 у второго.
Какие то бессмысленные попугаи.
Непонятно, с какой долей в геноме корелирует.

У европейцев плюс-минус 3 процента

И ещё у некоторых матчей при нажатии на Научную информацию пишет, что "С этим родственником нет общих сегментов ДНК... У вас могут быть общие сегменты через родителей", но при этом он отображается в списке. Как так может быть?
Точнее что они под этим понимают?
Родителей не заливал.

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.

Оффлайн Georg

  • Сообщений: 150
  • Страна: ru
  • Рейтинг +41/-0
  • Y-ДНК: I1a1b1 (FGC70880-Y353312)
  • мтДНК: T1a1 и H5b9 дети
Re: Генотек
« Ответ #523 : 20 Декабрь 2022, 18:40:04 »

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.
Причём здесь это?
Для тех матчей 5+юродное родство, не более 7-10 сМ.
Мне кажется или они так показывают меньшее количество сМ или у них ошибки, лишние матчи алгоритм делает.
Во всяком случае сообщение у них некорректное.

Онлайн FELIX

  • Сообщений: 3905
  • Страна: rw
  • Рейтинг +1405/-6
  • Y-ДНК: R-YP569
  • мтДНК: U5a1a1b
Re: Генотек
« Ответ #524 : 20 Декабрь 2022, 20:36:31 »

Сегменты от папы и от мамы могу складываться в детях, создавая ложные большие сегменты. Про задачу Перельмана слышали?

https://forum.molgen.org/index.php/topic,4542.0.html

К количеству неандертальских ген это тоже относится.
Причём здесь это?
Для тех матчей 5+юродное родство, не более 7-10 сМ.
Мне кажется или они так показывают меньшее количество сМ или у них ошибки, лишние матчи алгоритм делает.
Во всяком случае сообщение у них некорректное.

95-99% "пятиюродных" - "ошибочны" по определению. Никакого дефекта логики тут нет. Одно другому никак не противоречит. Мы все от "Адама" и "Евы". Статистика не является секретной:

https://forum.molgen.org/index.php/topic,8868.0.html

График внизу первого сообщения.

Тут два подхода: 1. Игнорить такие пересечения. 2. Учитывать их вероятностных характер - "выход годного" не выше 5%. А, скорее всего, значительно ниже.
« Последнее редактирование: 20 Декабрь 2022, 20:51:30 от FELIX »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.