Пришел долгожданный BigY селькупа (kit # 213436)
Его принадлежность к чеченской ветви предиктовалась достаточно давно, но последнее слово должен был сказать полный сиквенс.
Результаты:
Ветвь Q-YP4004
Имя SNP Позиция Anc Der
Y15625 6996851 C T N/A
Y15626 14292863 C T 1
Y15808 6381801 A G N/A
Y15809 8688351 G C N/A
Y15810 18614299 G A 1
Y15811 21329060 T A 1
YP3951 6635440 G T 1
YP3952 6844645 A T N/A
YP3953 7533904 T C 1
YP3954 7557212 C T 1
YP3955 7583700 A C 1
YP3956 7901451 T C 1
YP3957 8184784 A G 1
YP3958 8189467 G A 1
YP3959 8264816 A G 1
YP3960 8410578 C T 1
YP3961 8450675 G T 1
YP3962 8767267 C T 1
YP3963 8854998 A C 1
YP3964 8878451 C T 1
YP3965 9129594 G A 1
YP3966 9458229 A T 1
YP3967 9500449 A T 1
YP3968 9500663 A T 1
YP3969 10025737 C T 1
YP3970 14158694 C T 1
YP3971 14206120 G A 1
YP3972 14325817 T A 1
YP3973 14404427 T A N/A
YP3974 14409292 G A N/A
YP3975 14436284 C A N/A
YP3976 14661734 G T 1
YP3977 14902209 G A 1
YP3978 15172292 T C N/A
YP3999 7587723 T C 1
YP4000 7952658 A T 1
YP4001 8113339 A G 1
YP4002 8498830 G A N/A
YP4003 8534055 C G 1
YP4004 8755810 A T 1
YP4005 8830435 T A 1
YP4006 9426592 C T 1
YP4007 9866681 C T 1
YP4008 14866226 C T 1
YP4009 15194317 G A 1
YP4010 15325941 T C 1
YP4011 15981741 G A 1
YP4012 16222297 C T 1
YP4013 16256737 T G 1
YP4014 16277160 G A 1
YP4015 16301847 C G 1
YP4016 16370634 G A 1
YP4017 16458554 G A 1
YP4018 16694296 A C 1
YP4019 16872351 C G 1
YP4020 17009352 G A 1
YP4021 17072017 A T 1
YP4022 17331655 C T 1
YP4023 17345195 C T 1
YP4024 17388128 A G 1
YP4025 17651496 A G 1
YP4026 17689153 C T 1
YP4027 17815367 G A 1
YP4028 17821230 G A 1
YP4029 18036382 T A 1
YP4030 18103782 C T 1
YP4031 18122174 G A 1
YP4032 18159940 C A 1
YP4033 18225226 C T 1
YP4034 18590100 C A 1
YP4035 18665363 G A 1
YP4036 18724697 T C 1
YP4037 18786589 G A 1
YP4038 18916785 A G 1
YP4039 18963283 T G 1
YP4040 19134698 G A 1
YP4041 19157245 G T 1
YP4042 19195187 G A 1
YP4043 19228059 T C N/A
YP4044 19414661 G A 1
YP4045 19507348 T G 1
YP4046 19518370 G A 1
YP4047 21136012 C T 1
YP4048 21142031 T C 1
YP4049 21176196 G C 1
YP4050 21190386 T C 1
YP4051 21283564 C T 1
YP4052 21306814 G C 1
YP4053 21485379 A G 1
YP4054 21531826 G A 1
YP4055 21693787 C A N/A
YP4056 21884597 T A 1
YP4057 21977532 A T 1
YP4058 22031664 G A N/A
YP4059 22175549 C A 1
YP4060 22440327 T C 1
YP4061 22520270 A T 1
YP4062 22554214 T C 1
YP4063 22579524 G A 1
YP4064 22606739 G A 1
YP4065 22788005 G T 1
YP4066 23253623 A T 1
YP4067 23256829 C A 1
YP4068 23310025 T A N/A
YP4069 23423937 G C 1
YP4070 23470202 C T 1
YP4071 23599160 C G 1
YP4072 23627073 G A 1
YP4073 23798978 C T 1
YP4074 23990390 G A 1
YP4075 24461451 A C N/A
YP4076 28622808 C T 1
YP4104 5817154 A G 1
YP4105 6956929 C T 1
YP4106 7103773 A G 1
YP4107 7221126 T C 1
YP4108 7229929 C T 1
YP4109 7365694 C T 1
YP4110 7427677 A G 1
YP4111 7527800 T C 1
YP4112 15456292 C G 1
Все определенные снипы - положительны (помечены - 1). Непрочитанные снипы помечены - N/A.
Ветвь Q-YP4000
Имя SNP Позиция Anc Der
Y15626 14292863 C T 1
YP3952 6844645 A T N/A
YP3953 7533904 T C 1
YP3963 8854998 A C 1
YP3972 14325817 T A 1
YP3973 14404427 T A N/A
YP3974 14409292 G A N/A
YP3975 14436284 C A N/A
YP3978 15172292 T C N/A
YP4000 7952658 A T 1
YP4003 8534055 C G 1
YP4007 9866681 C T 1
YP4009 15194317 G A 1
YP4012 16222297 C T 1
YP4014 16277160 G A 1
YP4015 16301847 C G 1
YP4022 17331655 C T 1
YP4024 17388128 A G 1
YP4027 17815367 G A 1
YP4029 18036382 T A 1
YP4030 18103782 C T 1
YP4031 18122174 G A 1
YP4038 18916785 A G 1
YP4039 18963283 T G 1
YP4041 19157245 G T 1
YP4042 19195187 G A 1
YP4043 19228059 T C N/A
YP4044 19414661 G A 1
YP4050 21190386 T C 1
YP4051 21283564 C T 1
YP4055 21693787 C A N/A
YP4056 21884597 T A 1
YP4057 21977532 A T 1
YP4058 22031664 G A N/A
YP4065 22788005 G T 1
YP4068 23310025 T A N/A
YP4075 24461451 A C N/A
YP4076 28622808 C T 1
YP4108 7229929 C T 1
CTS4565 15716328 T C 1
F1248 8486344 G A 1
Наименования и позиции снипов привожу по статье:
Гаплогруппа Q на Северном Кавказе (по данным полного секвенирования Y хромосомы) Итого: получается, что селькуп принадлежит не только к Q-YP4004 (в чем была практически полная уверенность), но и к корневой чеченской ветви Q-YP4000!
Хотя внутри нее новых ветвлений пока не увидел. Ни внутри ее снипов, ни внутри приватных от двух протестированных по BigY чеченцев.
Уважаемый Yurgan закажет BAM файл и я надеюсь, что интерпретация YFull окончательно расставит все точки над i в этом загадочном вопросе.
Вторым этапом будет тестирование нескольких селькупских образцов на снип YP4000 в YSEQ. Для того, чтобы подтвердить, что этот именно этот субклад распространен в популяции наряду с уже известным Q-YP1102 (под Q-L330).