АвторТема: Селькупы Q-YP4000  (Прочитано 5280 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Селькупы Q-YP4000
« : 02 Июль 2016, 10:04:31 »
Пришел долгожданный BigY селькупа (kit # 213436)
Его принадлежность к чеченской ветви предиктовалась достаточно давно, но последнее слово должен был сказать полный сиквенс.

Результаты:
Ветвь Q-YP4004
Имя SNP Позиция Anc Der
Y15625 6996851 C T N/A
Y15626 14292863 C T 1
Y15808 6381801 A G N/A
Y15809 8688351 G C N/A
Y15810 18614299 G A 1
Y15811 21329060 T A 1
YP3951 6635440 G T 1
YP3952 6844645 A T N/A
YP3953 7533904 T C 1
YP3954 7557212 C T 1
YP3955 7583700 A C 1
YP3956 7901451 T C 1
YP3957 8184784 A G 1
YP3958 8189467 G A 1
YP3959 8264816 A G 1
YP3960 8410578 C T 1
YP3961 8450675 G T 1
YP3962 8767267 C T 1
YP3963 8854998 A C 1
YP3964 8878451 C T 1
YP3965 9129594 G A 1
YP3966 9458229 A T 1
YP3967 9500449 A T 1
YP3968 9500663 A T 1
YP3969 10025737 C T 1
YP3970 14158694 C T 1
YP3971 14206120 G A 1
YP3972 14325817 T A 1
YP3973 14404427 T A N/A
YP3974 14409292 G A N/A
YP3975 14436284 C A N/A
YP3976 14661734 G T 1
YP3977 14902209 G A 1
YP3978 15172292 T C N/A
YP3999 7587723 T C 1
YP4000 7952658 A T 1
YP4001 8113339 A G 1
YP4002 8498830 G A N/A
YP4003 8534055 C G 1
YP4004 8755810 A T 1
YP4005 8830435 T A 1
YP4006 9426592 C T 1
YP4007 9866681 C T 1
YP4008 14866226 C T 1
YP4009 15194317 G A 1
YP4010 15325941 T C 1
YP4011 15981741 G A 1
YP4012 16222297 C T 1
YP4013 16256737 T G 1
YP4014 16277160 G A 1
YP4015 16301847 C G 1
YP4016 16370634 G A 1
YP4017 16458554 G A 1
YP4018 16694296 A C 1
YP4019 16872351 C G 1
YP4020 17009352 G A 1
YP4021 17072017 A T 1
YP4022 17331655 C T 1
YP4023 17345195 C T 1
YP4024 17388128 A G 1
YP4025 17651496 A G 1
YP4026 17689153 C T 1
YP4027 17815367 G A 1
YP4028 17821230 G A 1
YP4029 18036382 T A 1
YP4030 18103782 C T 1
YP4031 18122174 G A 1
YP4032 18159940 C A 1
YP4033 18225226 C T 1
YP4034 18590100 C A 1
YP4035 18665363 G A 1
YP4036 18724697 T C 1
YP4037 18786589 G A 1
YP4038 18916785 A G 1
YP4039 18963283 T G 1
YP4040 19134698 G A 1
YP4041 19157245 G T 1
YP4042 19195187 G A 1
YP4043 19228059 T C N/A
YP4044 19414661 G A 1
YP4045 19507348 T G 1
YP4046 19518370 G A 1
YP4047 21136012 C T 1
YP4048 21142031 T C 1
YP4049 21176196 G C 1
YP4050 21190386 T C 1
YP4051 21283564 C T 1
YP4052 21306814 G C 1
YP4053 21485379 A G 1
YP4054 21531826 G A 1
YP4055 21693787 C A N/A
YP4056 21884597 T A 1
YP4057 21977532 A T 1
YP4058 22031664 G A N/A
YP4059 22175549 C A 1
YP4060 22440327 T C 1
YP4061 22520270 A T 1
YP4062 22554214 T C 1
YP4063 22579524 G A 1
YP4064 22606739 G A 1
YP4065 22788005 G T 1
YP4066 23253623 A T 1
YP4067 23256829 C A 1
YP4068 23310025 T A N/A
YP4069 23423937 G C 1
YP4070 23470202 C T 1
YP4071 23599160 C G 1
YP4072 23627073 G A 1
YP4073 23798978 C T 1
YP4074 23990390 G A 1
YP4075 24461451 A C N/A
YP4076 28622808 C T 1
YP4104 5817154 A G 1
YP4105 6956929 C T 1
YP4106 7103773 A G 1
YP4107 7221126 T C 1
YP4108 7229929 C T 1
YP4109 7365694 C T 1
YP4110 7427677 A G 1
YP4111 7527800 T C 1
YP4112 15456292 C G 1
Все определенные снипы - положительны (помечены - 1). Непрочитанные снипы помечены - N/A.

Ветвь Q-YP4000
Имя SNP Позиция Anc Der
Y15626 14292863 C T 1
YP3952 6844645 A T N/A
YP3953 7533904 T C 1
YP3963 8854998 A C 1
YP3972 14325817 T A 1
YP3973 14404427 T A N/A
YP3974 14409292 G A N/A
YP3975 14436284 C A N/A
YP3978 15172292 T C N/A
YP4000 7952658 A T 1
YP4003 8534055 C G 1
YP4007 9866681 C T 1
YP4009 15194317 G A 1
YP4012 16222297 C T 1
YP4014 16277160 G A 1
YP4015 16301847 C G 1
YP4022 17331655 C T 1
YP4024 17388128 A G 1
YP4027 17815367 G A 1
YP4029 18036382 T A 1
YP4030 18103782 C T 1
YP4031 18122174 G A 1
YP4038 18916785 A G 1
YP4039 18963283 T G 1
YP4041 19157245 G T 1
YP4042 19195187 G A 1
YP4043 19228059 T C N/A
YP4044 19414661 G A 1
YP4050 21190386 T C 1
YP4051 21283564 C T 1
YP4055 21693787 C A N/A
YP4056 21884597 T A 1
YP4057 21977532 A T 1
YP4058 22031664 G A N/A
YP4065 22788005 G T 1
YP4068 23310025 T A N/A
YP4075 24461451 A C N/A
YP4076 28622808 C T 1
YP4108 7229929 C T 1
CTS4565 15716328 T C 1
F1248 8486344 G A 1

Наименования и позиции снипов привожу по статье: Гаплогруппа Q на Северном Кавказе (по данным полного секвенирования Y хромосомы)
Итого: получается, что селькуп принадлежит не только к Q-YP4004 (в чем была практически полная уверенность), но и к корневой чеченской ветви Q-YP4000!
Хотя внутри нее новых ветвлений пока не увидел. Ни внутри ее снипов, ни внутри приватных от двух протестированных по BigY чеченцев.

Уважаемый Yurgan закажет BAM файл и я надеюсь, что интерпретация YFull окончательно расставит все точки над i в этом загадочном вопросе.
Вторым этапом будет тестирование нескольких селькупских образцов на снип YP4000 в YSEQ. Для того, чтобы подтвердить, что этот именно этот субклад распространен в популяции наряду с уже известным Q-YP1102 (под Q-L330).

« Последнее редактирование: 02 Июль 2016, 10:21:28 от Шад »

Оффлайн Asmat headhunter

  • Биохимическая субстанция
  • Сообщений: 14452
  • Страна: id
  • Рейтинг +939/-34
  • И того казака те тунгусы пальмами тут искололи
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #1 : 02 Июль 2016, 10:26:07 »
чеченской ветви
интересно, название ветви с точки зрения филогении оправдано? :)

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #2 : 02 Июль 2016, 10:33:19 »
чеченской ветви
интересно, название ветви с точки зрения филогении оправдано? :)

До сегодняшнего утра было полностью оправдано:
https://yfull.com/tree/Q-YP4000/

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-BY124371
  • ...
  • Сообщений: 17098
  • Страна: az
  • Рейтинг +5909/-17
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #3 : 02 Июль 2016, 10:48:15 »
Остаётся лишь ответить на самый интригующий вопрос: селькуп попал к чеченцам или чеченец к селькупам?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #4 : 02 Июль 2016, 10:55:14 »
Остаётся лишь ответить на самый интригующий вопрос: селькуп попал к чеченцам или чеченец к селькупам?

that is the question:)

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8462
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4812/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #5 : 02 Июль 2016, 10:59:57 »
Остаётся лишь ответить на самый интригующий вопрос: селькуп попал к чеченцам или чеченец к селькупам?

that is the question:)
Напрашивается вариант со взаимосвязью через степные группы - носители ANE, поскольку доля этого компонента особенно высока именно в Западной Сибири и на Восточном Кавказе.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #6 : 02 Июль 2016, 11:07:49 »
Остаётся лишь ответить на самый интригующий вопрос: селькуп попал к чеченцам или чеченец к селькупам?
В FTDNA есть образцы еще двух селькупов с близких территорий.
12 маркеров, похоже что тот же субклад, но даже на 12 маркерах  различие по две мутации.
Значит разнообразие высокое.
« Последнее редактирование: 03 Июль 2016, 04:30:35 от Yurgan »

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #7 : 02 Июль 2016, 11:20:20 »
Напрашивается вариант со взаимосвязью через степные группы - носители ANE, поскольку доля этого компонента особенно высока именно в Западной Сибири и на Восточном Кавказе.

Я также предполагаю именно этот вариант.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #8 : 05 Июль 2016, 12:17:25 »
Была версия о происхождении селькупских Q-YP4000 от ссыльных чеченцев.
Но аутосомы ничего подобного не показывают. От уважаемого  Srkz
Цитировать
он ярко выраженный северянин, южных компонентов практически нет (лишь капля самого древнего в регионе - "Гедросии"). Нулевое значение европейского неолитического компонента, который принесли с запада андроновцы - то есть влияния на селькупов из степи, скорее всего, относятся к более древним временам.
За 200 лет настолько глубокого вымывания специфических кавказских снипов произойти не могло. Таким образом, загадка пока остается.
Хотел бы узнать мнение коллег: каким образом мы дальше могли бы интерпретировать имеющиеся данные? Я что-то методологически потерялся:)

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #9 : 05 Июль 2016, 14:26:30 »
Хотел бы узнать мнение коллег: каким образом мы дальше могли бы интерпретировать имеющиеся данные? Я что-то методологически потерялся:)
Интерпретации целесообразно выдвигать после определения возраста разделения ветвей селькупа и чеченцев по снипам.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #10 : 05 Июль 2016, 14:54:52 »
Хотел бы узнать мнение коллег: каким образом мы дальше могли бы интерпретировать имеющиеся данные? Я что-то методологически потерялся:)
Интерпретации целесообразно выдвигать после определения возраста разделения ветвей селькупа и чеченцев по снипам.

Это первый шаг. Даже нулевой:)
Просто сейчас в отпуске без вычислительной техники.
В принципе, BAM заказан и YFull посчитает. Через несколько месяцев.
Но я успел сам просмотреть снипы: полное совпадение по ВСЕМ ПРОЧИТАННЫМ снипам Q-YP4000. Он действительно выглядит как третий Q-YP4000*, наряду с двумя чеченцами

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #11 : 05 Июль 2016, 15:03:01 »
Это первый шаг. Даже нулевой:)
Просто сейчас в отпуске без вычислительной техники.
В принципе, BAM заказан и YFull посчитает. Через несколько месяцев.
Но я успел сам просмотреть снипы: полное совпадение по ВСЕМ ПРОЧИТАННЫМ снипам Q-YP4000. Он действительно выглядит как третий Q-YP4000*, наряду с двумя чеченцами
TMRCA около 700 лет. Это уже история средних веков.

Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #12 : 15 Июль 2016, 10:11:47 »
Посмотрел в БАМе Соиспаева снипы ветви Q-Y4000, показанные выше

Y15626 14292863 C T 1
YP3952 6844645 A T N/A
YP3953 7533904 T C 1
YP3963 8854998 A C 1
YP3972 14325817 T A 1
YP3973 14404427 T A N/A
YP3974 14409292 G A N/A
YP3975 14436284 C A N/A
YP3978 15172292 T C N/A
YP4000 7952658 A T 1
YP4003 8534055 C G 1
YP4007 9866681 C T 1
YP4009 15194317 G A 1
YP4012 16222297 C T 1
YP4014 16277160 G A 1
YP4015 16301847 C G 1
YP4022 17331655 C T 1
YP4024 17388128 A G 1
YP4027 17815367 G A 1
YP4029 18036382 T A 1
YP4030 18103782 C T 1
YP4031 18122174 G A 1
YP4038 18916785 A G 1
YP4039 18963283 T G 1
YP4041 19157245 G T 1
YP4042 19195187 G A 1
YP4043 19228059 T C N/A
YP4044 19414661 G A 1
YP4050 21190386 T C 1
YP4051 21283564 C T 1
YP4055 21693787 C A N/A
YP4056 21884597 T A 1
YP4057 21977532 A T 1
YP4058 22031664 G A N/A
YP4065 22788005 G T 1
YP4068 23310025 T A N/A
YP4075 24461451 A C N/A
YP4076 28622808 C T 1
YP4108 7229929 C T 1
CTS4565 15716328 T C 1
F1248 8486344 G A 1

Пропущенных участков нет.
Все положительные действительно положительны.
Все N/A - отрицательные.
Итого у чеченской ветви 10 снипов, отсутствующих у селькупа.
При желании можно уже сейчас посчитать  возраст.
В любом случае не 700 лет назад, а раньше.


Оффлайн Yurgan

  • Кто везёт, тому везёт
  • ...
  • Сообщений: 8423
  • Страна: ar
  • Рейтинг +945/-8
  • Потомок кузнеца Ильмаринена
    • Сибирский родословец
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #13 : 15 Июль 2016, 10:37:28 »
Посмотрел еще снипы, отнесенные к ветви Q-Y4004

Оказалось, часть снипов есть у чеченцев и нет у селькупа и поляка.

YP3952 6844645 A T N/A
YP3973 14404427 T A N/A
YP3974 14409292 G A N/A
YP3975 14436284 C A N/A
YP3978 15172292 T C N/A
YP4043 19228059 T C N/A
YP4055 21693787 C A N/A
YP4058 22031664 G A N/A
YP4068 23310025 T A N/A
YP4075 24461451 A C N/A

Итого, получается, что у чеченцев общих 20 снипов, которых нет у селькупа.
Значит, предок жил еще раньше.



Оффлайн LM1979

  • Сообщений: 705
  • Страна: fr
  • Рейтинг +146/-4
Re: Селькупы Q-YP4000
« Ответ #14 : 15 Июль 2016, 10:39:20 »
До нашей эры в самом лучшем раскладе получается родство.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.