Аутосомные гаплотипы

[Valery]

Повторюсь, комбинирование двух методов зачастую приводит к суммированию (увеличению) ошибки. Иногда более результативными представляется сравнение выводов, полученных каждым из способов независимо.

так фазированием частных результатов по большому счету еще никто не занимается

[Mich Glitch]

так фазированием частных результатов по большому счету еще никто не занимается

Правильно.
Собственно в пикировке с Вадимом я даже не успел дойти до конкретных нестыковок и явных просчетов. Темы позакрывали. Сообщения мои выкинули. Я бы мог сейчас навскидку указать повторно на основные ляпы. Но к чему этот бой с тенью?
Ведь фазированием-то частных результатов действительно никто не занимается. И какая разница почему? В виду ли недостаточности сравнительной базы. Из-за чрезмерной трудоемкости метода. В силу слабой достоверности. По каким другим причинам.

[Valery]

Из-за чрезмерной трудоемкости метода.

Аппетит приходит во время еды - 10 лет назад даже будь под рукой данные 23, простое сравнение показалось бы трудоемким. Появляется софт - и уже так не кажется. Для фазирования некоторое количество программ имеется, но ввиду того что эту процедуру имеет смысл делать только на больших участках данных (когда еще неизвестны точки рекомбинации которые могут выявиться в результате фазирования) то в рутинном порядке этим мало кто занимается.

В силу слабой достоверности.

Почему слабой? Если на некотором участке мутации случаются редко то высока вероятность что каждый аллель развивался по законам совершенной (Бьюнмановской) филогении. Это значит, что возможно абсолютное (а не вероятностное) решение проблемы. Действительно, берем участок с генотипами, запускаем филометод, либо он говорит ДА и на выходе набор гаплотипов либо НЕТ и мы делим участок пополам, запускаем заново и в итоге узнаем точки рекомбинации и по каждому нерекомбинирующему участку имеем набор гаплотипов. Конечно можно исхитриться и сгенерировать очень искусственный пример где следование этой методе приведет к ошибке. Однако в целом коли участки длинные то и вероятность ошибки будет ничтожна, ее можно оценить думаю, например взяв за основу какую-нибудь оценку обычной филогении.

[Mich Glitch]

Действительно, берем участок с генотипами, запускаем филометод, либо он говорит ДА и на выходе набор гаплотипов либо НЕТ и мы делим участок пополам, запускаем заново и в итоге узнаем точки рекомбинации и по каждому нерекомбинирующему участку имеем набор гаплотипов.

Валерий,
Ведь мы для одного и того же участка получаем некий набор гаплотипов? Не так ли?
При этом возникает первая непонятка (на деле её одной уже достаточно), какой из полученых гаплотипов считать предковым.

Смысл моей точки зрения заключается в том, что для того, чтобы определить степень родства (идентично TMRCA), гораздо практичнее работать просто с УПСами. В том смысле, что фазирование не прибавит достоверности оценок.

В том, что касается выявления направления родства, бесполезны как анализ УПСов, так и фазирование. (Если ставить вопрос, как определение по результатам только пары протестированных.) Определяется оно только увеличением количества протестированных и использованием статистических методов.

[Valery]

Валерий,
Ведь мы для одного и того же участка получаем некий набор гаплотипов? Не так ли?
При этом возникает первая непонятка (на деле её одной уже достаточно), какой из полученых гаплотипов считать предковым.

Михаил, предкового гаплотипа тут не будет вообще - в предположении что филогения бьюнмановская вероятность мутаций де ново тем более мала. Целью работы является выделение аллелей, филогения тут только средство позволяющее решить задачу за полиномиальное время. Потому что в предположении произвольного мутирования (как в обычной филогении) задача фазирования становится NP-трудной.

[Valery]

Вот наглядное объяснение от классика

Ричард Карп (тот самый *)
Проблема фазирования гаплотипов.
http://ia341325.us.archive.org/1/items/lecture10627_Karp/10627-Karp.ppt

Там же есть видео. Излагается только филогенетический метод, баесовский не затрагивается.

*) одним из его старых потоковых алгоритмов предают мозг в вузе любому технарю

[Mich Glitch]

Вот наглядное объяснение от классика

Ричард Карп (тот самый *)
Проблема фазирования гаплотипов.
http://ia341325.us.archive.org/1/items/lecture10627_Karp/10627-Karp.ppt

Там же есть видео. Излагается только филогенетический метод, баесовский не затрагивается.

*) одним из его старых потоковых алгоритмов предают мозг в вузе любому технарю

Я и ссылку эту истолковываю в удобном для себя смысле: комбинирование каналов. (Читай, методов.)

Видать всё застряло, если не с детства, то с юности. Мой дипломный проект, успешно защищённый в 1983 году, обзывался как-то вроде "Комбинирование оптического, инфракрасного и радиолокационного каналов обнаружения цели для повышения помехоустойчивости переносных зенитно-ракетных комплексов".
Типа, один способ хорошо, а много - лучше.
 

[Valery]

Мой дипломный проект, успешно защищённый в 1983 году, обзывался как-то вроде "Комбинирование оптического, инфракрасного и радиолокационного каналов обнаружения цели для повышения помехоустойчивости переносных зенитно-ракетных комплексов".

Ооо! После таких серьезных вещей какие-то гаплотипы должны казаться мелочью

[Mich Glitch]

Ооо! После таких серьезных вещей какие-то гаплотипы должны казаться мелочью

Хвастаться тут особо не чем.
Моя сестра, окончившая тогда ещё МВТУ и крепившая щит родины в одном из закрытых проектных бюро, прислала мне матаппарат, развитый её бывшим сокурсником в закрытой же кандидатской.
Так как и мой диплом был закрытым, то риск пострадать за такую, скажем, компиляцию, или практическое приложение, - был почти нулевым.
По меньшей мере, я хоть разобрался с тем, что списывал.

[Valery]

Блин, и этот щит развалился из-за отсутствия всего-то 300 сортов колбасы

[warwick]

Видать всё застряло, если не с детства, то с юности. Мой дипломный проект, успешно защищённый в 1983 году, обзывался как-то вроде "Комбинирование оптического, инфракрасного и радиолокационного каналов обнаружения цели для повышения помехоустойчивости переносных зенитно-ракетных комплексов".
Типа, один способ хорошо, а много - лучше.
 

Impressive.