АвторТема: BigY: pro et contra  (Прочитано 42742 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Белгородец

  • Сообщений: 118
  • Страна: ru
  • Рейтинг +44/-0
  • Y-ДНК: I1-Z63-PR683
  • мтДНК: U4a2g
Re: BigY: pro et contra
« Ответ #435 : 16 Февраль 2022, 13:07:45 »
Спасибо за подробный ответ!

Проверить наличие 13 новелей моего односельчанина (с его странички Private Variants) на моей страничке в YFull не представляется возможным, так как для новелей в YFull дано только положение по hg38, а поиск в YFull осуществляется по названию снипа, а не по его позиции. YFull на все 13 новелей выдает один ответ "This SNP is not in the data base".

На страничке односельчанина в ФТДНА BigY-Results/ Matching/ Non-Matching Variants перечислено 10 снипов, значения которых не совпадают у меня и у односельчанина.
Из них один мой уникальный самый молодой снип и два самых молодых снипа односельчанинa (для них указано положение по hg38, это восьмизначные числа).
Для остальных семи Non-Matching Variants указаны названия снипов (например, S8361). Этих семи снипов нет в 13 новелях односельчанина.
Результаты по этим семи снипам для меня в YFull неоднозначные. Например, G (0.516), A (0.484) или G (0.861), A (0.129), C (0.011).
ФТДНА (в разделе Named Variants, затем SNP name search) выдает среди этих семи снипов "no results" для 6 снипов у односельчанина и для одного снипа у меня.
Причем для этого снипа BY227899 YFull выдает для меня G (0.861), A (0.129), C (0.011), а ФТДНА для односельчанина А. Референсное значение G, поэтому думаю, что это частный снип односельчанина.

Видимо, для расчета среднего количества частных снипов - новелей в разделе Block Tree ФТДНА (у нас их там 5) использует количество Non-Matching Variants (их на двоих 10). Это верно? Ведь в разделе Private Variants у меня 1 снип, а у односельчанина 13, в среднем выходит 7, а не 5.

Еще осталось понять, как можно определить, какие именно из этих новелей будет использовать YFull для оценки возраста нашей ветки, если я загружу данные односельчанина на YFull.

И сколько частных снипов у односельчанина, образовавшихся после разделения со мной?
2 (число его снипов, которые есть и в Non-Matching Variants, и в Private Variants), 3 (если считать еще BY227899) или вообще все 13 (полный список Private Variants)?
« Последнее редактирование: 16 Февраль 2022, 16:32:23 от Белгородец »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.