BigY: pro et contra

[Farroukh]

По мито то же самое, что и бигом. Нет базы - нет и поиска.

[nilogov]

По мне главной проблемой были хозяева ФТДНА жадюги-американцы. Сейчас новые хозяева -австралийцы. Посмотрите сразу y37 уже 79долларов стоит, более-менее адекватная цена. ФФ уже 39долларов. Цены у ФТДНА последние годы были откровенно хищническими. Ну и я совершенно непонимаю цен на МТдна фулл что у ФТДНА что даже у УСЕК. Ну смысл  139долларов платить да и 125 в УСЕК тоже смысла особого не вижу. Полногеномка стоит больше, но она также выдает мито, ну а базы совпаденцев по мито ну серьезно? Смысла в этом для генеалогии я мало вижу(ну ок у некоторых есть смысл, кому как повезет) Мой главный арг по полногеномке, даже кот в мешке от Данте лабс даст отличный результат по Мито, что делает потому ФТДНА и УСЕКа по мито почти бессмысленными, с учетом того что дерево Mtree от Yfull сейчас лучше дерева ФТДНА то совершенно бессмысленными. Но по биг игрек тут да, спорно.

Сейчас проще сделать полный геном за 300 долларов в Небуле и загрузить исходные данные на YFull. FTDNA будет и дальше терять клиентов...

[Farroukh]

Хотел было возразить и привести массу контрпримеров, но спор из генеалогического становится религиозным, а оскорблять веру верующих и чувства чувствующих является антиконституционным.

Поступайте как считаете нужным.

[Val_Metov]

Идеальный вариант Y111 +BigY + AtDNA 23Andme + AtDNA  Ancestry + полный геном. Дальше в зависимости от возможностей.

Тот вариант который я пропагандирую и который вызвал раскол в Черкесском проекте, предполагает желание и умение работы с большим объемом данных.
Маркеры получаем в YSEQ (сейчас около 15 +-) образцов там (туда направлены) находятся. Y37 за 85$. Нынешние 89$ FTDNA очень вменяемая цена за Y37, но в наличии их нет, а YSEQ всегда под рукой. Плюс преимущества SNP тестов.
Минус в том, что нельзя зачесть стоимость маркеров в стоимости полного генома. Т.е. если кто захочет апгрейд, полная стоимость получится 485$. Хотя есть альтернатива. Nebula. Итого получится 375$. Тут мы берем на себя поиск совпадений итд. В рамках генографических проектов наиболее ценны внутренние совпадения. База по ним у нас есть. Посмотреть совпадения по проекту занимает 20 секунд. После этого добавляем базу по конкретной Гг и тоже поиск совпадений. После определения наиболее вероятного субклада, можно смотреть только по этому субкладу (например среди G-L1264+, что у нас чаще всего встречается). Задача собрать максимально большую базу. Публикации в instagram привлекают людей. Все тонкости они конечно не понимают. Упрощено 2 опции, Y37 или полный геном. Метод работают, люди тестируются.

Что касается базы маркеров FTDNA, то сильно преувеличена их важность. Во первых показ совпадений очень ограничен. Не видно в каких именно маркерах отличия итд. Плюс сильно резко отделяются совпадения. ГД 5 для Y37 это не так уж и много, вполне возможно не такое далекое родство, но система не показывает. Все это можно обойти с помощью STR Match Finder. Благодаря этому инструменту я например, на Y37 с вероятностью в 99% вижу своих в радиусе 2500 лет. Даже если ГД около 10 +-.

Маркеры это плюс, но мы же понимаем, что снипы важнее. А тут уж как вам повезет. Можно найти маркерные совпадения и без наличия аккаунта на FTDNA. За почти пол года работы с YSEQ ни разу не сложилась ситуация, при которой я бы сказал, что было бы лучше сдавать в FTDNA.

Но есть и минус. Если все будут делать как и мы, то может возникнуть проблемы. Эти гаплотипы не будут видны. Если они (тестирующие) не сделают их публичными или не будут вести отдельную таблицу "общественную".

В целом я не спорю, вопрос не в этом. Просто делюсь опытом. BigY тоже не самый плохой вариант.

[DmitroR-2]

BigY тоже не самый плохой вариант.

Да, но нередко бывает такое, что приватников всё же не хватает. А это, например, важно в случае когда у нас большие лакуны в документах и мы хотим поветочно разделить разные ветки одной фамилии. Например, по селу моего отца метрики сохранились с 1873 по 1944 год. Дополнительные документы из-за краткости информации: указание только фамилии и имени домовладельца и большой распространённости в селе одних и тех же фамилий и имён очень часто могут завести в тупик. Нередко проблема малого количества приватников возникает даже при глубоких родословных.  Поэтому полный геном, конечно, лучше.

[Farharaji]

Дерево Mtree yfull уже сейчас чуток получше базы Мито ФТдна. И растет на дрожжах. Единственное что много не своих,  а взятых с проектов других,  и в группах yfull мало в итоге. Нужно активнее пиплу в юфулловские группы вступать

[Valery]

Нужно забацать статью о дереве YFull мито. Y дерево от YFull уже де факто стандарт в науке, а мито надо попиарить еще. Поспособствую, насколько в силах. Учитывая, что Маннис больше не занимается митономенклатурой, вполне шанс и тут застолбить.

[Valery]

И Ханси думаю может поспособствовать, его Гаплогреп ведь не конкурирует, другая ниша.

[Farharaji]

По мне главной проблемой были хозяева ФТДНА жадюги-американцы. Сейчас новые хозяева -австралийцы. Посмотрите сразу y37 уже 79долларов стоит, более-менее адекватная цена. ФФ уже 39долларов. Цены у ФТДНА последние годы были откровенно хищническими. Ну и я совершенно непонимаю цен на МТдна фулл что у ФТДНА что даже у УСЕК. Ну смысл  139долларов платить да и 125 в УСЕК тоже смысла особого не вижу. Полногеномка стоит больше, но она также выдает мито, ну а базы совпаденцев по мито ну серьезно? Смысла в этом для генеалогии я мало вижу(ну ок у некоторых есть смысл, кому как повезет) Мой главный арг по полногеномке, даже кот в мешке от Данте лабс даст отличный результат по Мито, что делает потому ФТДНА и УСЕКа по мито почти бессмысленными, с учетом того что дерево Mtree от Yfull сейчас лучше дерева ФТДНА то совершенно бессмысленными. Но по биг игрек тут да, спорно.

Сейчас проще сделать полный геном за 300 долларов в Небуле и загрузить исходные данные на YFull. FTDNA будет и дальше терять клиентов...

В конечном итоге главное качество загружаемого в Yfull образца. Биг игрек даже со своими свыше 40x глубинами по качеству уступит даже дантелабовским 9-15х глубиной игрека по факту(20-30x всего). Небьюла же уже наголову просто бьет ФТДНА

[Белгородец]

Получил результаты "большого игрека" для своего дальнего родственника, наш общий предок родился в 18 веке. Я получил результаты "большого игрека" еще в 2015 году и оказался PR683* с 32 частными снипами. Но около года назад на игрек фулл у меня появились близкие кузены, поэтому число частных снипов сократилось до 6. Любопытно, что игрек фулл помимо шести снипов от "биг игрека" нашел у меня еще два частных снипа (новеля), поэтому на игрек фулл у меня было 8 частных снипов. Так вот, после образования ветки с моим дальним родственником у меня остался один-единственный частный снип, а число общих снипов с родственником после PR683+ равняется ... 35. Почему? 31 снип из моих предыдущих частных, еще два снипа, найденных игрек фулл (причем в csv файле для этих снипов у меня 'no results') и еще два снипа от моего родственника (с 'no results' для кого-то из нас). Как можно включать в раздел общих снипов такие снипы? Ведь 'no results' означает, что не получено с определенностью значение (A, T, G, C). Видимо, эти странные (ненадежные?) снипы используются для оценки возраста ветвей.
Еще одна странность. У меня один частный снип, у родственника 13 (хотя статистически почти невозможно набрать 13 новелей за 250 лет), а среднее число новелей в нашей ветке на block tree равно ... 5 ...

Извиняюсь, если пишу не совсем по теме этой ветки. Мне не удалось найти более подходящую ветку форума с обсуждением обнаружения новелей с помощью "большого игрека".

[Feroce]

Есть ещё и эта тема https://forum.molgen.org/index.php?topic=6255.msg535465#msg535465

[NathanS]

Получил результаты "большого игрека" для своего дальнего родственника, наш общий предок родился в 18 веке. Я получил результаты "большого игрека" еще в 2015 году и оказался PR683* с 32 частными снипами. [..]
Еще одна странность. У меня один частный снип, у родственника 13 (хотя статистически почти невозможно набрать 13 новелей за 250 лет), а среднее число новелей в нашей ветке на block tree равно ... 5 ...

Старый BigY покрывал около 60% Y-хромосомы по длине, а новый BigY 700 покрывает около 75%-80%. Поэтому у нового кузена может быть открыто больше новелей. В плане открытия новых снипов полногеномное секвенирование еще лучше.

Так вот, после образования ветки с моим дальним родственником у меня остался один-единственный частный снип, а число общих снипов с родственником после PR683+ равняется ... 35. Почему? 31 снип из моих предыдущих частных, еще два снипа, найденных игрек фулл (причем в csv файле для этих снипов у меня 'no results') и еще два снипа от моего родственника (с 'no results' для кого-то из нас). Как можно включать в раздел общих снипов такие снипы? Ведь 'no results' означает, что не получено с определенностью значение (A, T, G, C).

31 общий снип означает, что это довольно близкий вам родственник/субкладник, поэтому так много общих снипов. Снипы вероятно выявлены в вашем BAM-файле, а по критериям количества прочтений FTDNA их отсеивает из результатов. Некоторые снипы можно предположить общими для вас на основании более точного теста родственника/субкладника. Вам надо или сделать апгрейд до BigY 700, или пройти полногеномное секвенирование.

[Белгородец]

Здравствуйте!

Конечно, это близкий родственник.
У него предки носили такую же фамилию, как и у меня, и жили в 18-19 веках в той же самой слободе.

Спасибо за подробные объяснения насчет Big Y700.
У меня были Big Y и 67 маркеров. После того, как ФТДНА запустило Big Y500, я получил бесплатно значения маркеров со 112 по 500-ый. После выпуска Big Y700 мне добавили также маркеры с 501-го по 838-ой. Не уверен, что заново проверялись снипы, так как число моих новелей (32) оставалось неизменным с 2015 года.

В 2015 году YFull при анализе моего bam файла обнаружил у меня еще два новеля. Эти новели были затем опубликованы в списке общих снипов с моих кузеном, хотя в csv файле сказано, что по этим снипам 'no results' и у меня, и у односельчанина.
Имеет ли смысл заказывать скачивание bam файла моего кузена и последующую обработку в YFull?
Иными словами, насколько велика вероятность, что YFull обнаружит у моего родственника ранее неизвестные новели, как это было со мной 8 лет назад?
Спасибо за объяснение появления дополнительных новелей у моего кузена. Но у меня на YFull есть близкие кузены из Польши, у нас 20 моих общих снипов из 32 новелей, еще 6 моих новелей из этих 32 у них не исследовано. Эти польские кузены получили результаты в Nebula Genomics и затем забросили свои данные на YFull. Ни одного из 13 новелей моего односельчанина нет в списке новелей поляков. По статистике у односельчанина должно быть 2-3 частных снипа (100 лет на мутацию в снипах, возраст общего предка 200-250 лет). Из 13 новелей с поляками, судя по возрасту нашей ветки (30  процентов от возраста PR683), должно быть общих 6-8 снипов.
Означает ли Ваше объяснение, что 10-11 (общих со мной) и 6-8 (общих с поляками и со мной) из 13 новелей моего односельчанина не были исследованы не только у меня с помощью старого Big Y, но также и у моих польских кузенов с помощью Nebula Genomics? Насколько это вероятно?

[Farroukh]

Имеет ли смысл заказывать скачивание bam файла моего кузена и последующую обработку в YFull?
Иными словами, насколько велика вероятность, что YFull обнаружит у моего родственника ранее неизвестные новели, как это было со мной 8 лет назад?

Если интересна тема "апгрейда" BigY500->BigY700, то здесь и далее я рассказываю о своём опыте, мало ли, вдруг кому пригодится

[NathanS]

Спасибо за подробные объяснения насчет Big Y700.
У меня были Big Y и 67 маркеров. После того, как ФТДНА запустило Big Y500, я получил бесплатно значения маркеров со 112 по 500-ый. После выпуска Big Y700 мне добавили также маркеры с 501-го по 838-ой. Не уверен, что заново проверялись снипы, так как число моих новелей (32) оставалось неизменным с 2015 года.

Нет, снипы заново не проверялись. Такое только после апгрейда, так как это технически разные тесты. Да и BigY 700 уже выравнивают по новому рефенесу GRCh38, в котором некоторые снипы определяются лучше.

В 2015 году YFull при анализе моего bam файла обнаружил у меня еще два новеля. Эти новели были затем опубликованы в списке общих снипов с моих кузеном, хотя в csv файле сказано, что по этим снипам 'no results' и у меня, и у односельчанина.
Имеет ли смысл заказывать скачивание bam файла моего кузена и последующую обработку в YFull?
Иными словами, насколько велика вероятность, что YFull обнаружит у моего родственника ранее неизвестные новели, как это было со мной 8 лет назад?

На своей странице в YFull выпишите свои новели, имена снипов и их позиции, кликните на Check SNPs/Проверить SNPs - там по имени снипа вы можете увидеть положительные ли они, а кликнув на лупу можно увидеть более подробные данные (количество прочтений в данной позиции). Если выпишите позиции выявленных снипов, то можно все посмотреть в разделе RAW data/RAW-данные. Вводите номер позиции, кликаете Go/Поехали и так же увидите данные по количеству чтений снипа. CSV файли тут уже вторичный сжатый результат.

Эти польские кузены получили результаты в Nebula Genomics и затем забросили свои данные на YFull. Ни одного из 13 новелей моего односельчанина нет в списке новелей поляков. По статистике у односельчанина должно быть 2-3 частных снипа (100 лет на мутацию в снипах, возраст общего предка 200-250 лет). Из 13 новелей с поляками, судя по возрасту нашей ветки (30  процентов от возраста PR683), должно быть общих 6-8 снипов.
Означает ли Ваше объяснение, что 10-11 (общих со мной) и 6-8 (общих с поляками и со мной) из 13 новелей моего односельчанина не были исследованы не только у меня с помощью старого Big Y, но также и у моих польских кузенов с помощью Nebula Genomics? Насколько это вероятно?

13 новелей поляков относятся к вашему односельчанину, а не полякам - или часть этих снипов есть у поляков и у односельчанина. Загрузка односельчанина на YFull прояснит ситуацию (По описаниям сложно разобраться, то так, то так - грузите на YFull, будет на что ссылку дать). Не все новые снипы участвуют в расчете возраста ветви.

Очень маловероятно, что снипы были не исследованы в Nebula Genomics. Полногеномные тесты (WGS) покрывают по длине не менее 99,5% технически доступной Y-хромосомы. Вы пишите поляки, множественное число, то у нескольких человек должны были быть выявлены все доступные снипы в их ветке.

Раз есть снипы обшие с односельчанином и поляками, то загрузка его BAM в YFull должна привести к перераспределению снипов и возможно созданию новой ветви, а затем и перерасчету возраста. Рекомендую вам сделать или апгрейд вашего теста, или новый тест в Nebula Genomics.