The Combined Landscape of Denisovan and Neanderthal Ancestry in Present-Day Huma

[rozenblatt]

http://dx.doi.org/10.1016/j.cub.2016.03.037

Sriram Sankararaman, Swapan Mallick, Nick Patterson, David Reich

The Combined Landscape of Denisovan and Neanderthal Ancestry in Present-Day Humans

Highlights

•Denisovan admixture into modern humans occurred after Neanderthal admixture
•There is more Denisovan ancestry in South Asians than expected from current models
•Denisovan ancestry has been subject to positive and negative selection after admixture
•Male infertility most likely occurred after modern human interbreeding with Denisovans

Summary

Some present-day humans derive up to ∼5% [ 1 ] of their ancestry from archaic Denisovans, an even larger proportion than the ∼2% from Neanderthals [ 2 ]. We developed methods that can disambiguate the locations of segments of Denisovan and Neanderthal ancestry in present-day humans and applied them to 257 high-coverage genomes from 120 diverse populations, among which were 20 individual Oceanians with high Denisovan ancestry [ 3 ]. In Oceanians, the average size of Denisovan fragments is larger than Neanderthal fragments, implying a more recent average date of Denisovan admixture in the history of these populations (p = 0.00004). We document more Denisovan ancestry in South Asia than is expected based on existing models of history, reflecting a previously undocumented mixture related to archaic humans (p = 0.0013). Denisovan ancestry, just like Neanderthal ancestry, has been deleterious on a modern human genetic background, as reflected by its depletion near genes. Finally, the reduction of both archaic ancestries is especially pronounced on chromosome X and near genes more highly expressed in testes than other tissues (p = 1.2 × 10−7 to 3.2 × 10−7 for Denisovan and 2.2 × 10−3 to 2.9 × 10−3 for Neanderthal ancestry even after controlling for differences in level of selective constraint across gene classes). This suggests that reduced male fertility may be a general feature of mixtures of human populations diverged by >500,000 years.

Перевод главных пунктов:

- Гибридизация современных людей с денисовцами произошла после гибридизации с неандертальцами
- В Южной Азии денисовской примеси больше, чем ожидалось из существующих моделей
- Денисовская примесь подвергалась положительному и отрицательному отбору после гибридизации
- После смешения с денисовцами наблюдалось мужское бесплодие

Карта распределения денисовской примеси:

[Vernyj]

Кстати, эта карта хорошее аргумент против Южно Китайской версии распространения западных гаплогрупп (типа P, R).

[Fire]

Кстати, эта карта хорошее аргумент против Южно Китайской версии распространения западных гаплогрупп (типа P, R).

У Чадцев R1b не осталось совсем предковых Евразиатских аутосом которые изначально были у их предков R1b
Продвигаясь на север через Афганистан R1 набрались Гедрозийских аутосом

[Vernyj]

Продвигаясь на север через Афганистан R1 набрались Гедрозийских аутосом

Это ад-хоковое рассуждение. Все равно что написать что R1 с Марса.

 

[rozenblatt]

Всё равно ведь придётся ждать дДНК из Южной Азии. Тогда и яснее будет. Жаль однако что в ближайшее время их не ожидается. Вроде бы есть надежда на мезолитические дДНК из Ирана, но там тоже непонятно когда опубликуют.

[Fire]

Продвигаясь на север через Афганистан R1 набрались Гедрозийских аутосом

Это ад-хоковое рассуждение. Все равно что написать что R1 с Марса.

R(XR1) в основном в южной Азии, вот и предок гаплогрупы R1 может быть из Южной Азии

А гаплогруппа P или K2b2 была восточнее в юговосточной Азии
Вот Базовые P(XP1) или K2b2(xK2b2a)
Basal P (also known as P-P295; K2b2; PxM45), is found among 28% of males among the Aeta(Philippine Negrito), as well as in Timor at 10.8%

[Vernyj]

Продвигаясь на север через Афганистан R1 набрались Гедрозийских аутосом

Это ад-хоковое рассуждение. Все равно что написать что R1 с Марса.

R(XR1) в основном в южной Азии, вот и предок гаплогрупы R1 может быть из Южной Азии

Все древние известные R на севере. Ваши R2 тоже пришли с севера, она есть у калмыков.

А гаплогруппа P или K2b2 была восточнее в юговосточной Азии
Вот Базовые P(XP1) или K2b2(xK2b2a)
Basal P (also known as P-P295; K2b2; PxM45), is found among 28% of males among the Aeta(Philippine Negrito), as well as in Timor at 10.8%

Извините, но разница в 40,000 тысяч лет, да за такое время эта ничтожная доля могла пройти пешком хоть из Британии до Патагонии 100 раз.  Доля эта ничтожна и основана только на эффекте основателя, поскольку ваших типов больше нигде нет (у соседей всё по нулям), так что точно просто случайность благодаря бог знает какой миграции из Заполярного Круга (образно говоря, на самом деле наверняка это какой-нибудь Пакистан/Север Индии). Зато все Р1, R на севере.

Зато аутосомные данные очень конкретные, и выдирание подходящих цифр не поможет, и ваши цифры это не базал, а парагруппа P* - то есть, возможно, вообще только вчера отмигрировавшие, они могут быть моложе всех, и уж точно не базальнее (не базовее как вы им приписали) чем P1.

[Fire]

P* у Негритосов как у Андаманских так и у Филипинских, в Тиморе тоже Негритосы есть, Негритосы древнее население юго-восточной Азии их оттеснили Аустроазиатские племена
Надо ещё будет сравнить насколько отличаются Андаманские P от Аэтских P*, может даже у Андаманцев будет P1*

У Калмыков молодая подветвь гаплогруппы R2
Кроме того все известная древнея Y-ДНК 99%-99.5% из севера, чем южнее тем труднее ее выявить,
Предок G может быть из Сев.Африки, предок IJ может быть из региона Персидского Залива,
K или К(xLT) может быть из южной Азии