Учебники по расчетам TMRCA

[Nimissin]

На самом деле я думаю должно быть так: если у отца только один ребенок, то с вероятностью 50 % - это сын, другие 50 % - это дочь. Если у отца два ребенка, то распределение следующее: 25 % - два сына, 25 % - две дочери, 25 % - старший сын, младшая дочь, 25 % - старшая дочь, младший сын. И так далее. Все равно дочерей - 50 %.

Интересно, стоит ли учитывать следующие вроде бы факты:

1) по статистике рождаются 106 мальчиков на 100 девочек
2) на первом году жизни смертность среди мальчиков примерно на 30% выше, чем у девочек
3) возможно, если первыми рождаются девочки, то родители с большей вероятностью захотят еще ребенка, чтобы все-таки был сын

Быть может, перекос в рождении м-ж в 1% сыграет роль в определении общего предка, если речь идет о тысячах лет...

Первый факт я учитываю при компьютерном моделировании. Вероятность рождения дочери полагаю равной 0.485.
Про пункты 2 и 3 ничего не могу сказать. Думаю, что в будущем кто-нибудь займется влиянием этих факторов.

[Nimissin]

Уважаемые форумчане!

Учебное пособие для расчета TMRCA по Y-STR гаплотипам выходит на финишную прямую.
Есть у меня просьба. Прикрепился ли .pdf файл к проекту TMRCA Estimation. Manual.? Я почему-то его не вижу.

https://www.researchgate.net/project/TMRCA-Estimation-Manual

[пенелопа]

Прикрепился. Скачала только что на смартфон. Все замечательно.

[asan-kaygy]

Уважаемые форумчане!

Учебное пособие для расчета TMRCA по Y-STR гаплотипам выходит на финишную прямую.
Есть у меня просьба. Прикрепился ли .pdf файл к проекту TMRCA Estimation. Manual.? Я почему-то его не вижу.

https://www.researchgate.net/project/TMRCA-Estimation-Manual

Отлично

[Nimissin]

Прошу не стесняться писать замечания и вопросы. В пособии есть, на мой взгляд, некоторые шероховатости. Просто надоело их разглаживать, слишком долго это было.

[Nimissin]

Прикрепил к проекту статью Адамов, Каржавин (2010) с описанием компьютерной программы для розыгрыша генеалогий методом Монте-Карло.

[Nimissin]

Сделано обновление учебного пособия. Версия 2018_2:
https://www.researchgate.net/project/TMRCA-Estimation-Manual

[Farroukh]

В сентябре я дорвусь до компьютера и ознакомлюсь с методом.

[Farroukh]

Ознакомливаюсь с темой. В эксель-таблицах при расчёте ВБОП крайне желательно предусмотреть две вещи:
1) выдавать результат в поколениях
2) выдавать результат в годах при варьируемом среднем возрасте поколенного перехода. У Вас он по умолчанию стоит 31,5 лет. Надо дать возможность поиграть возрастами, вводя его вручную (например, 25 или 30 лет).

[Farroukh]

Мутации происходят редко, в среднем один раз за 400-500 мужских поколений.

Таких фраз уже использовать нельзя. В 2010 году, во времена 12-маркёрных гаплотипов можно было, но не на сегодняшний день. Мутации в STR (иными словами, вариации аллелей) позволяют отличить отца от сына на полноформатных гаплотипах. Вы понимаете о чём я.

возраст ближайшего общего предка (TMRCA),

Можно рекомендовать в общем-то устоявшуюся русскую аналогичную аббревиатуру ВБОП.

Также как-то отдельно в тексте (не приложении!) пояснить про константы скорости мутаций, их зависимость от длины гаплотипа.

[Nimissin]

Уважаемый Farroukh, спасибо за замечания. По мере накопления буду выкладывать новые версии.

[Истяк]

Сделано обновление учебного пособия. Версия 2018_2:
https://www.researchgate.net/project/TMRCA-Estimation-Manual

Прошу не стесняться ...........

Уважаемый Nimissin!
Сделайте пожалуйста расчет TMRCA по Y-STR между тремя 111-и маркерными гаплотипами - 209979 – 285633 – 248625
https://www.familytreedna.com/public/ISTYAKI-Z2123/default.aspx?section=yresults

То есть, по парно:
285633 с 209979 .
285633 с 248625.
209979 с 248625.

Учебник уже не осилить, так как учился в школе более 50 лет тому назад.
Если можно, пожалуйста, выложите здесь формулы расчета.

[Nimissin]

То есть, по парно:
285633 с 209979 .
285633 с 248625.
209979 с 248625.

Сделал расчеты для 111-маркерных Y-STR гаплотипов методом ASD. Константа интенсивности мутаций 0.0026 на локус на поколение 31.5 лет.
TMRCA(285633, 209979). Похоже, близкие родственники. Ближайший общий предок 120 +/- 60 лет.
TMRCA(285633, 248625). Ближайший общий предок 720 +/- 260 лет.
TMRCA(209979, 248625). Ближайший общий предок 770 +/- 270 лет.

Если можно, пожалуйста, выложите здесь формулы расчета.

Формул много, смотрите в тексте учебного пособия. Если времени мало, скопируйте демонстрационный Excel файл TMRCA Estimation ExampleTable.xlsx. Если используете старую версию Excel, то скопируйте другой файл: TMRCA Estimation Example Table (Excel 97-2003).xls.
Файлы можно найти по ссылке:
https://www.researchgate.net/project/TMRCA-Estimation-Manual
нажать на "5 more attachments".

[Истяк]

TMRCA(209979, 248625). Ближайший общий предок 770 +/- 270 лет.

СПАСИБО !!!

Стало быть.
До общего предка у них от 500 до 1040 лет
Если бы 209979 и 248625 родились сегодня, то их пра…..дед жил во временном отрезке с 978 по 1518 год. 

Еще раз спасибо!
Извиняюсь, что вынудил Вас  отвечать на подобные вопросы.

[kgvista]

Сделано обновление учебного пособия. Версия 2018_2:
https://www.researchgate.net/project/TMRCA-Estimation-Manual

Пожелания такие:

1. Заменить всюду "ДНК-генеалогия" на "генетическая генеалогия"

2. Формулы распределения для винеровского процесса, аналогичные (8a) и (8b), ранее выведены в опубликованной статье Walsh, Bruce 2001 "Estimating the time to the MRCA for the Y chromosome or mtDNA for a pair of individuals" - там они (27a) и (27b).

Причём авторы этой статьи ради соблюдения научной этики дают ссылку на своего предшественника - Wehrhahn, C. F., 1975 "The evolution of selectively similar electrophoretically detectable alleles in finite natural populations. Genetics 80: 375–394."

Думаю, стоит сделать аналогичную ссылку.

3. Ранее был совет учесть мысли Ken Nordtvedt 2008. Главная мысль Кена в его статье "More realistic TMRCA calculations" - то что при обращении вероятности нужно не забывать домножать, в соответствии с теоремой Байеса, на априорную вероятность, и это, по мысли Нордтвердта, ключ в примирении результатов расчетов через STR с расчетами по SNP, которые могут расходится двукратно. Правда то, как Кен сам вывел эту априорную вероятность, вызывает у меня сильное недоумение...

В вышеуказанной статье Walsh, Bruce 2001 рассуждения о априорной вероятности - формула (6). Эти авторы опередили Кена Нордтвердта на 7 лет, и, в отличие от последнего, будучи математиками, а не физиком, излагают они ту же самую мысль более "математично". Правда, и они практическое вычисление априорной вероятности делают как-то "странно".

В вашей статье я не увидел явного учета априорной вероятности. Правда, просмотрел её пока очень бегло. Во всяком случае, никаких рассуждений, аналогичных (6) из Walsh, Bruce 2001 я не встретил.