Учебники по расчетам TMRCA

[Nimissin]

Сегодня завершил черновой вариант учебного пособия "Оценка TMRCA по Y-STR локусам (учебное пособие)".
Объем получился внушительный - около 45 страниц формата А4.

[asan-kaygy]

Интересно

[Farroukh]

"Оценка TMRCA по Y-STR локусам (учебное пособие)".

Где его можно узреть/скачать?

[Nimissin]

"Оценка TMRCA по Y-STR локусам (учебное пособие)".

Где его можно узреть/скачать?

Учебник еще не дописал.

[ilpo]

Благодарим Вас за информацию. Я заинтересован в.

[dima75]

Уважаемый Nimissin,

Как продвигается работа над учебником? Есть ли английская версия? Что сейчас можно посоветовать англоязычным исследователям в качестве методики расчёта ВБОП?

[Nimissin]

Уважаемый Nimissin,

Как продвигается работа над учебником? Есть ли английская версия? Что сейчас можно посоветовать англоязычным исследователям в качестве методики расчёта ВБОП?

Учебником пока не занимаюсь. Копаюсь в гаплогруппе С-М86.

[gecube_ru]

Обещанного семь лет ждут? 

[Nimissin]

Обещанного семь лет ждут? 

Своевременный вопрос. Как раз в новогодние каникулы появилось время. Делаю новый расчет. Поменял вид распределения числа потомков от каждой особи генеалогии. Все-таки распределение Пуассона не очень хорошо описывает фактическое распределение числа сыновей. Вероятность не иметь вообще ни одного сына в распределении Пуассона существенно меньше 0.5. А модель должна давать вероятность не иметь ни одного сына около 0.5 (из-за рождения дочерей). Еще при написании первого варианта учебника я обнаружил, что лучше использовать геометрическое распределение. Это остановило меня. Кроме того, не совсем были понятны (для меня) получающиеся параметры ветвящегося процесса Гальтона-Ватсона. Наконец, я осознал, что самое оптимальное - это распределение Лотки (Alfred Lotka - выдающийся американский демограф). На каждый вариант наигрываю по 5-10 тыс. генеалогий. Благодаря повысившейся точности, наконец, понял взаимосвязь параметров процесса Гальтона-Ватсона с геометрическим распределением потомков (модель Лотки незначительно отличается от геометрического распределения). Возможно, кто-то из специалистов-математиков по ветвящимся процессам знает эти взаимосвязи. Но из ДНК-генеалогов - пока только я один. Поэтому учебное пособие надо доделать, издать, чтобы ДНК-генеалоги понимали, каковы погрешности оценок TMRCA, которые они делают.
Есть еще идеи о соответствии случайных ветвящихся процессов и детерминированных генеалогий (в которых нет вырождения). Но их еще надо проверить.

[gecube_ru]

Спасибо за подробный ответ.

Хочу уточнить - Вы про работу К. Нордтведта знаете?
More Realistic TMRCA Calculations Ken Nordtvedt Journal of Genetic Genealogy, Volume 4, Number 2, Fall, 2008, pp. 96-103.
Каким образом она соотносится с Вашими исследованиями?

погрешности оценок TMRCA, которые они делают.

В черновом варианте - какие они, эти погрешности ? Ну, например, генеалоги все занижают TMRCA? Или, напротив, повально завышают?

[Nimissin]

Спасибо за подробный ответ.

Хочу уточнить - Вы про работу К. Нордтведта знаете?
More Realistic TMRCA Calculations Ken Nordtvedt Journal of Genetic Genealogy, Volume 4, Number 2, Fall, 2008, pp. 96-103.
Каким образом она соотносится с Вашими исследованиями?

Конечно, знаю. Кен Нордтведт, будучи известным астрофизиком (https://en.wikipedia.org/wiki/Kenneth_Nordtvedt), внес большой вклад в методы расчета TMRCA. Достижения Кена, к сожалению, не были по достоинству оценены ДНК-генеалогами. Несколько лет назад он, как я понимаю, забросил занятия ДНК-генеалогией. Его сайт, на котором выложены результаты по ДНК генеалогии (расчеты TMRCA, данные о гаплогруппе I), сейчас не работает (http://knordtvedt.home.bresnan.net/).
Метод расчета TMRCA двух субкладов (interclade method), разработанный Нордтведтом - частный случай метода выборочных пар (МВП, Адамов, Каржавин, 2011).
В учебном пособии я использую формулу Нордтведта для расчета дисперсии распределения оценок возраста.

[Nimissin]

погрешности оценок TMRCA, которые они делают.

В черновом варианте - какие они, эти погрешности ? Ну, например, генеалоги все занижают TMRCA? Или, напротив, повально завышают?

Есть статистическая погрешность оценки возраста. Очевидно, что точность оценки TMRCA по 10 STR гаплотипам хуже точности расчета по 1000 таких же гаплотипов. Для случая независимых гаплотипов, грубо говоря, в 10 раз. Многие ДНК-генеалоги погрешности своих расчетов рассчитывают именно таким образом, завышая точность (занижая среднеквадратичное отклонение). К сожалению, я приложил к этому руку, опубликовав в 2009 году совместно с А. Клесовым статью об оценке погрешностей. Но гаплотипы не могут быть независимы по всей выборке. Например, у одного отца практически не может быть 1000 сыновей. То есть выборка из 1000 гаплотипов явно не может состоять из независимых образцов, восходящих к одному и тому же ближайшему общему предку. На самом деле, генеалогическое дерево более разветвленное, то есть состоит из нескольких генеалогий, находящихся в разном степени родства друг с другом.
Клесов и сейчас продолжает считать по формуле для независимых событий (Адамов, Клесов, 2009), занижая r.m.s. в своих расчетах, за что его неоднократно критиковали, в том числе и Кен Нордтведт. 

Что лучше: десять 100-маркерных гаплотипов или сто 10-маркерных гаплотипов? Для случая независимых гаплотипов разницы нет. В учебном пособии я показываю, что корреляционные связи (зависимость гаплотипов друг от друга) приводят к тому, что возраст лучше оценивать по десяти 100-маркерным гаплотипам, чем по ста 10-маркерным. А погрешности возрастают. Зависят от нескольких факторов: фактического возраста, константы скорости мутаций, особенностей развития генеалогии во времени (темп роста, вероятностное распределение численности сыновей от одного отца и т.д.).

[dima75]

Обещанного семь лет ждут? 

Вероятность не иметь вообще ни одного сына в распределении Пуассона существенно меньше 0.5. А модель должна давать вероятность не иметь ни одного сына около 0.5 (из-за рождения дочерей).

Если среднее количество выживших детей равно 2, то есть 50% вероятность одного сына, 25% вероятность двух сыновей и 25% вероятность ни одного сына.

[Nimissin]

Обещанного семь лет ждут? 

Вероятность не иметь вообще ни одного сына в распределении Пуассона существенно меньше 0.5. А модель должна давать вероятность не иметь ни одного сына около 0.5 (из-за рождения дочерей).

Если среднее количество выживших детей равно 2, то есть 50% вероятность одного сына, 25% вероятность двух сыновей и 25% вероятность ни одного сына.

Можно и по-другому рассуждать: если среднее количество выживших детей равно 2, то есть 50% вероятность одной дочери, 25% вероятность двух дочерей и 25% вероятность ни одной дочери. В чем изъян моего утверждения?
На самом деле я думаю должно быть так: если у отца только один ребенок, то с вероятностью 50 % - это сын, другие 50 % - это дочь. Если у отца два ребенка, то распределение следующее: 25 % - два сына, 25 % - две дочери, 25 % - старший сын, младшая дочь, 25 % - старшая дочь, младший сын. И так далее. Все равно дочерей - 50 %.

[dima75]

Обещанного семь лет ждут? 

Вероятность не иметь вообще ни одного сына в распределении Пуассона существенно меньше 0.5. А модель должна давать вероятность не иметь ни одного сына около 0.5 (из-за рождения дочерей).

Если среднее количество выживших детей равно 2, то есть 50% вероятность одного сына, 25% вероятность двух сыновей и 25% вероятность ни одного сына.

Можно и по-другому рассуждать: если среднее количество выживших детей равно 2, то есть 50% вероятность одной дочери, 25% вероятность двух дочерей и 25% вероятность ни одной дочери. В чем изъян моего утверждения?
На самом деле я думаю должно быть так: если у отца только один ребенок, то с вероятностью 50 % - это сын, другие 50 % - это дочь. Если у отца два ребенка, то распределение следующее: 25 % - два сына, 25 % - две дочери, 25 % - старший сын, младшая дочь, 25 % - старшая дочь, младший сын. И так далее. Все равно дочерей - 50 %.

Дочерей и сыновей по 50%, но (при двух выживших детях) в среднем по 1 сыну на каждого отца.