АвторТема: HIRSearch - УПСометрический сайт  (Прочитано 120003 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #15 : 24 Октябрь 2009, 14:59:46 »
napobo3,

Family Inheritanse показывает у нас УПСы на 1-ой и 2-ой хромосомах, а HIR Search на 2,3,4,6,7,12,14.

Откуда несоотвествия?
Хороший вопрос.
Если Threshold=1518 то имеем 3 УПСа: на 3,7 и 12-й хромосомах.
А фам.инт. дает 1 и 2. Ни в какие ворота не лезет.
Спасибо.
Будем разбираться.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #16 : 24 Октябрь 2009, 17:55:32 »
napobo3,

Family Inheritanse показывает у нас УПСы на 1-ой и 2-ой хромосомах, а HIR Search на 2,3,4,6,7,12,14.

Откуда несоотвествия?
Family Inheritanse показывает только самые крупные УПСы.
Рискну предположить, что на первой хромосоме Ваш УПС расположен близко к середине (возле перемычечки такой)? Нехорошая зона. Много ложных родичей показывает из-за низкой плотности снипов.
Всего же у Вас 8 УПСов (смотри релфайндер) на 1, 2,3,4,6,7,12,14 хромосомах. Общим размером около 22 Мб, или нормированно 0.76%.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #17 : 24 Октябрь 2009, 19:44:19 »
На первой хромосоме УПС расположен правее перемычечки, справа  вплотную от "серой" ("Not enough information" - неснипируемой?) зоны.
УПСометр его вообще не нашел.

Добавление:
"Родственница" (ложная?, близко к перемычке)
Она родимая!
Дискуссии ведутся и не закончены. Считать ли УПСы расположенные близко от центрометра первой хромосомы истинными, или нет.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #18 : 24 Октябрь 2009, 19:46:15 »
Своим опытом поделюсь.
У меня в совпаденцах всего один какой-то левый англичанин с УПСом именно на первой хромосоме.

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3098
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #19 : 24 Октябрь 2009, 21:00:03 »
Цитировать
Джавакс и Паровоз добро дали.
Значит размещаем...

Дайте краткое название, заголовок, чтобы корректно вписалось в блок.
Спасибо!

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #20 : 25 Октябрь 2009, 01:30:37 »
Цитировать
Джавакс и Паровоз добро дали.
Значит размещаем...

Дайте краткое название, заголовок, чтобы корректно вписалось в блок.
Спасибо!
"Поиск родственников по аутосомным хромосомам"
"Поиск родственников по 23-м хромосомам"
...

Оффлайн Grigoriev

  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 3098
  • Страна: ru
  • Рейтинг +187/-3
    • Молекулярная генеалогия
  • Y-ДНК: O3a3c
  • мтДНК: J1c
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #21 : 25 Октябрь 2009, 09:00:21 »
Сделано!

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #22 : 26 Октябрь 2009, 00:05:12 »

Оффлайн kaaskop

  • Сообщений: 7
  • Рейтинг +1/-0
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #23 : 27 Октябрь 2009, 18:25:06 »
Была бы очень благодарна, елси бы мне кто-нибудь подробно разъяснил вот это http://the2.3utilities.com:8080/22/?wicket:interface=:1::::
Я понимаю, что указано, с кем у меня совпадения и по какой хромосоме. А о чем мне могу сказать номера снипов, начальная и конечная позиции, длина? И как добраться до людей, скрытых за номерами?

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #24 : 27 Октябрь 2009, 18:44:09 »
Была бы очень благодарна, елси бы мне кто-нибудь подробно разъяснил вот это http://the2.3utilities.com:8080/22/?wicket:interface=:1::::
Я понимаю, что указано, с кем у меня совпадения и по какой хромосоме. А о чем мне могу сказать номера снипов, начальная и конечная позиции, длина?
Если Ваш участок с юзером А и Ваш участок с юзером Б на той же хромосоме пересекаются, то все трое имеют общего предка.
Чем больше снипов на участке - тем меньше дистанция до предка.
Очевидный пример (мы знаем, что J_L и L_L родственники) :
Person 1     Person 2     Chr     SNP     Start position     End position     Length
E_T             J_L               1     1680    90599520         98714767          8115247
E_T            L_L              1    1712    90470152         98765586          8295434

Цитировать
И как добраться до людей, скрытых за номерами?
Терпеливо ждать, когда они дадут свое согласие фигурировать под настоящим именем.

Оффлайн kaaskop

  • Сообщений: 7
  • Рейтинг +1/-0
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #25 : 27 Октябрь 2009, 18:56:09 »
Спасибо

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #26 : 27 Октябрь 2009, 19:03:16 »
kaaskop, а Ваши данные появились уже в релфайндере?
Если да, то как правило люди с общими УПСами уже там.
УПСометр позволяет провести углубленный анализ.
Когда с первого взгляда нет документальных генеалогий, УПСометру попросту нет альтернативы.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 36936
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3773/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #27 : 27 Октябрь 2009, 19:36:59 »
Михаил, проблема (по крайней мере в моем случае), что соответствия найденные УПСомером не всегда отражаются в релфайндере, даже если человек "зашарен". Там какой-то нетривиальный алгоритм.
Я Вам больше скажу, Family Inheriance показывает у меня УПС с одним товарищем возле центромера первой хромосомы, а Relative Finder - нет. О чём веду переговоры со службой поддержки.

Но объяснения Вашего вопроса у меня есть. Не думаю, чтобы в Relative Finder пороговое значение было таким же малым как и в УПСометре. Т.е. один Мб по умолчанию.  Проходные размеры УПСа для Relative Finder можно определить, последовательно увеличивая порог в УПСометре. Скажем, 1500. А затем 2000. Дальше, полагаю, не понадобится, так как количество УПСов в Relative Finder и УПСометре совпадёт.

Кроме того, неизвестно сколько несовпадающих значений списываются на инструментальную ошибку.
Допустим в УПСометре 2-3 несовпадающих значения в последовательности (в остальном совпадающей) игнорируются. Относятся к инструментальным ошибкам. А в Relative Finder этот порог точности составляет 1-2 несовпадающих значения.

Естественно, точного алгоритма работы Relative Finder мы не узнаем никогда. Поэтому предлагаемая мною схема поиска выглядит сл. образом:
1) Сначала анализируем данные от Relative Finder.
2) Затем делаем грубую прикидку по Family Inheritance.
3) Далее следует УПСометр. В случае нужды, т.е. когда родственная линия не была выявлена сразу; или же когда имеем большое количество сегментов - т.е. вероятное пересечение по нескольким линиям; или же сравниваем несколько взаимопересекающихся человек.
« Последнее редактирование: 27 Октябрь 2009, 19:46:13 от Mich Glitch »

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10364
  • Страна: ee
  • Рейтинг +761/-8
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #28 : 29 Октябрь 2009, 20:21:40 »
Выражаю признательность (+1) Леону за внесение моих данных в УПСОметр.
 В ходе сравнительного анализа с прочими данными в УПСометр Леон наткнулся на интересную аномалию.
 Цитирую:

 "Подозрительная кучность - все на 6-й хромосоме... (Threshold=1800). Проверяем а вдруг в районе центромера(там ненадежно, а наш софт пока  на это внимание не обращает) - заходим в Геном браузер http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway  , видим. что обычный кусок. Непонятно."

 
Вот тот самый фрагмент 6 хромосомы, который под вопросом
  http://tr.im/chr6area
   
 У кого-нибудь есть идеи?
« Последнее редактирование: 29 Октябрь 2009, 20:31:41 от Vadim Verenich »

Оффлайн napobo3Автор темы

  • Сообщений: 1257
  • Страна: il
  • Рейтинг +348/-2
  • Y-ДНК: J-FGC5231
  • мтДНК: N1b2
Re: Новый УПСометрический сайт
« Ответ #29 : 31 Октябрь 2009, 03:50:03 »
Выражаю признательность (+1) Леону за внесение моих данных в УПСОметр.
 В ходе сравнительного анализа с прочими данными в УПСометр Леон наткнулся на интересную аномалию.
 Цитирую:

 "Подозрительная кучность - все на 6-й хромосоме... (Threshold=1800). Проверяем а вдруг в районе центромера(там ненадежно, а наш софт пока  на это внимание не обращает) - заходим в Геном браузер http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway  , видим. что обычный кусок. Непонятно."

 
Вот тот самый фрагмент 6 хромосомы, который под вопросом
  http://tr.im/chr6area
   
 У кого-нибудь есть идеи?
Шестая хромосома - действительно какая-то особення.
Мы это еще обсудим.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.