Мурка: мольбы дилетанта

[Farroukh]

Murka VS Phylip&MEGA.

В разных беседах то и дело проскальзывали нелестные замечания относительно филипповских гребёнок и шестерёнок. Хотелось бы узнать конкретные аргументы, убеждающие пользоваться именно Murka, а не Phylip&MEGA.

Мне, как чайнику видятся следующие недостатки Murka по сравнению шестерёночно-гребешковым методом древосажания:
1) неадаптированность для простого смертного, тогда как в P&M достаточно закинуть гаплотипы и получить древо путём несложных манипуляций
2) неясно, как читать такие фрагменты на древе:

P. S. Мужики, ни в коем случае не надо думать, что я тут решил потроллить. Я и сам хотел бы освоить Мурку, но хотя бы ещё в этой жизни.

[Alexander]

Murka VS Phylip&MEGA.... хотелось бы узнать конкретные аргументы, убеждающие пользоваться именно Murka, а не Phylip&MEGA.

В моём понимании основное различие в быстродействии при больших массивах данных. Я например, пробовал обрабатывать выборку порядка 300 шт (не очень, кстати, много) 17-маркерных гаплотипов R1a из проекта "генофонд" тремя программами - Филипом, Нетворком и ТНТ. При таких бедных данных разницы в результатах не было замечено. Совпадения ветвей было порядка 60-90%. Лучше совпадали ветви по 30-70 гаплотипов. Более мелкие (порядка 10 шт) вообще шли в разнобой, более крупные не выделялись, а дробились по чужим ветвям. Но вот, разница во времени была существенной.
Филип обсчитывал где-то пару дней, Нетворк - секунды, но потом с день нужно было разматывать клубок сетей. Кроме того выдавалось множество вариантов, сравнивать которые смерти подобно. ТНТ считала доли секунды и выдавала пару-тройку вариантов, в которых были лишь внутриветковые различия. Милое дело. Но графика совершенно жестяная, и ничего с ней не поделаешь.
Мурку простому смертному не освоить, что бы вам тут не разжевали. Нужен простой интерфейс. По скорости - почти ТНТ, по массивам, может, и поболе, зато графика оригинальная и некоторым нравится (мне, например).

[I2a1a]

Murka VS Phylip&MEGA.... хотелось бы узнать конкретные аргументы, убеждающие пользоваться именно Murka, а не Phylip&MEGA.

В моём понимании основное различие в быстродействии при больших массивах данных.

Нет, основное отличе Мурки и TNT от Phyllip  -это совсем иные алгоритмы нахождения деревьев.

[Alexander]

Нет, основное отличе Мурки и TNT от Phyllip  -это совсем иные алгоритмы нахождения деревьев.

Это так. Но пользователю по большому счёту всё равно, какой алгоритм, главное результат (а чайнику ещё и удобство работы). И если ТНТ-Мурка сработают за секунды, а филип будет тарахтеть неделю, то есть шанс не дождаться результата. Вряд ли кто захочет из чистого любопытства сравнивать программы с такими разными временами. Хотя, если бы результат очевидно оказался лучше, можно было бы и неделю подождать...

[mouglley]

Результат по Мурке, ТНТ и Нетвёрку будет.
Причём вполне реальный.
Разница между их результатами - поле для нашей работы.

По Фылипке тоже что-то будет.
Но никакого отношения к результату это иметь не будет.
Так - картинка наличия отсутствия наличия  или отсутствия родства.

[Farroukh]

Господа просьба прокомментировать, верно ли я понимаю смысл информации с древа (см. картинку):



Гаплотипы 176685 и S10005 имеют общего предка, жившего 1707 лет назад. Гаплотипы 176685, S10005 и 96499 имеют общего предка, жившего 1896 лет назад. Цифры типа 393 14:15 означают, что в данной группе гаплотипов значения DYS393=14 или 15.

Так? В принципе, какая ещё информация отображается на деревьях Мурки?

[mouglley]

Возраста - так.
393 14:15 - мутация DYS393 из 14 в 15.

Валерий ещё предлагает цвета номеров таксонов в разные цвета в зависимости от страны представлять при помощи мурки.
Остальное - ручная, трудозатратная работа.

[Farroukh]

В целях пропаганды хороших вещей. Вопрос: насколько реально сделать онлайновую версию Мурки? А-ля предиктор Урасина?

Мечта гапло-чайника: копипастишь гаплотипы в форму, выставляешь нужную скорость мутаций - и вуаля - вот оно славное древо с ветвями, возрастами и их характерными маркёрами.

P. S. Понимаю, что порядком уже зае#ал всех подобной просьбой, но увы, по другому пока не получается: при отсутствии спроса - отсутствует и приложение

P. P. S. Вадим, Валерий и остальные - возможна ли ваша совместная работа над всем этим?

[Valery]

Реально, конечно. Но Мурка сама по себе столь говеный продукт что может вешать сервер В ней есть определенные фичи дозволяющие прерывать вычисления по достижении определенного лимита размеров таксонов, ребер графов итп, но дело в том что сложность вычислений далеко не всегда определяется одним размером: есть выборки достаточно большого размера которые Мурке по силам и наоборот выборки малого на которых она виснет.

[Valery]

P. P. S. Вадим, Валерий и остальные - возможна ли ваша совместная работа над всем этим?

думаю, усилия остальных лучше направить на более перспективные вещи 

[Farroukh]

Окей, Валерий, тады такой вопрос. Допустим, Мурка по каким-то параметрам не проходит. Реально ли двум умным мужикам засесть за написание качественной и доступной для гапло-быдла проги?

Пусть это будет одним из проектов МолГена.

[Valery]

Ув. Тунец может сделать веб-сервис под nix вызывающий ТНТ и оформляющий результаты в каком угодно виде - если конечно это входит в его планы и интересы.

Надо еще выяснить дозволяет ли такое лицензия ТНТ.

[Farroukh]

Мужики, сделайте это доброе дело! Предиктор есть, база данных гаплотипов - тоже есть. осталось допилить вики-проект и филигенетическую прогу.

[Valery]

Единственное, зачем можно использовать Муру конкурентноспособно - это точная парсимония. Но только для нуклеотидных сиквенсов, не Y-STR. Скажем, если такой проект будет готов для ТНТ то я мог бы поработать над встройкой в него Мурки, так как ТНТ как и вообще практически все имеющиеся программы нельзя использовать для точной парсимонии уже начиная с 30 гаплотипов. Мурка при ограниченной гомоплазии выдерживает до 100. Собственно, за этим я ее и писал.

[Semargl]

Ув. Тунец может сделать веб-сервис под nix вызывающий ТНТ и оформляющий результаты в каком угодно виде - если конечно это входит в его планы и интересы.

Надо еще выяснить дозволяет ли такое лицензия ТНТ.

Не вижу, пока, необходимости в вэб-сервисе, позволяющем такое. Я уже сделал (только для зарегистрированных администраторов ресурса) выгрузку гаплогрупп или бранчей в формате ТНТ. Остается подсунуть, скачанный файл, программе ТНТ, и получить любые деревья и в любом кол-ве.
Вижу, что форумчане охладели к идее держать общедоступную базу гаплотипов. Один я не справляюсь с занесением новых гт и с привязкой снипов. Очень много ручной работы.
Какие проблемы на пути реализации вэб-сервиса, с вызовом ТНТ, и постройкой деревьев онлайн:
1) производительность. Некоторые задачи ТНТ решает довольно долго. Как следствие - обрыв соединения по таймауту.
2) Позволяет ли ТНТ работать в командном режиме. (сталкивался только с интерактивным)
3) Я не очень хорошо знаком с программой ТНТ. Например: я так и не добился получения больше трех деревьев. Ну и после добавления гаплотипов арабов, в выборку по R1a - все, такое красивое, дерево - исказилось до безобразия Вот если мне кто поможет освоить ТНТ
4) Я плохо знаком с ДНК-генеалогией, все больше с машинным кодом
5) Ну, и свободное время, выдается наплывами.

Хотя, в будущем, можно попробовать и реализовать, нечто подобное.