Поэтому и советую сначала разобраться в вопросе, а потом совершать наезд.
Никакого наезда не было! Где вы его увидели?
поскольку я использую для взаимной корректировки две программы: Мурка, которая даёт в десятки раз меньшую ошибку в части привязывания к будущим снипам
Аналогично. Я так же использую Мурку, но позвольте не согласиться, насчет десятков раз -
очень сильное преувеличение!
Основная разница между ТНТ и Муркой - возможность вводить неизвестные значения в расчеты ТНТ. Мурка же более точно производит расчет близких связей, и дает кучу вариантов на выбор. Это ее большой плюс.
Меня задело вот это Ваше сообщение:
Пункт номер один: крайним я никогда не бываю.
Пункт номер два: Честно говоря - не знаю причины черезполосицы. Ещё точнее, даже ни разу не взглянул ни на входные данные, ни на результаты.
Пункт номер три: я всегда использую веса. Если гаплотип без снипа, то это - его трудности.
В общем: Сегодня сцедил с базы Семаргла данные и, по просьбе трудящихся, обработал их.
Если есть какие-то вопросы с отсутствием данных по снипам, вопрос не ко мне, а к тем, кто наполняет базу снипами.
По причине укоренения на модал, например, "переехали" ветви Баева-Шпаковского и Йегеров. Но это не очень существенно, самое главное получился микс гаплотипов Z280 и Z93 с L657. Я понимаю, что это "не Ваша проблема" в малом количестве данных и отсутствии снипов у спорных гаплотипов, но я
пытаюсь, путем постройки сотен деревьев в ТНТ, с разными укоренениями, последующей проверкой полученных деревьев новыми снипами, (и в Мурке), найти оптимальное местоположение гаплотипов и хоть как-то сгладить отсутствие данных.
В ТНТ важно какой уровень поиска и какие алгоритмы используются при построении, поэтому необходимо сравнивать полученный результат с реальным положением вещей.
Данный же вопрос решается элементарно.
<skip>
А именно - сравнение результатов ТНТ после получения снипов с теми же, до получения снипов.
Пока все построения
подтверждаются приходящими снипами.
Если же уйти от "черезполосицы" и некоторых "сармат" перекочевавших к реликтам), то состав основных ветвей, в Вашем дереве, почти полностью соответсвуют моим построениям, и это очень хорошо, тк с помощью разных подходов,
мы получаем одинаковый результат. Это говорит о том, что выделенные ветви,
не имеющие снипов, но четко определяемые по филогении, действительно выделены правильно.
Засим откланиваюсь. Думаю мы правильно друг друга поняли.
Каждый имеет право на свое видение ситуации. )