Дерево гаплогруппы R1a - версия Моuglley

[Semargl]

Пункт номер один: крайним я никогда не бываю.

Пункт номер два: Честно говоря  - не знаю причины черезполосицы. Ещё точнее, даже ни разу не взглянул ни на входные данные, ни на результаты.

Пункт номер три: я всегда использую веса. Если гаплотип без снипа, то это - его трудности.

В общем: Сегодня сцедил с базы Семаргла данные и, по просьбе трудящихся, обработал их.
Если есть какие-то вопросы с отсутствием данных по снипам, вопрос не ко мне, а к тем, кто наполняет базу снипами.

Простите) Укоренение на модал уже не корректно.
Далее... Строить дерево гаплогруппы может тот, кто знаком с проблемами именно этой гг.
"Сырые" данные непригодны для публикации, тк есть много разных нюансов, от нестандартных мутаций до гомоплазии.
С "черезполосностью" Z280 and Z93 - как раз случай гомоплазии и малой статистики. Здесь важно количество проверенных на основные снипы.
67-ми маркерное дерево хорошо для распределения гаплотипов по веткам (с определенной оговоркой), но может ошибаться с внутриветочным распределением и более подвержено влиянию гомоплазии, по сравнению с 111-им маркерами. Хотя и для 111-ти маркеров иногда может потребоваться подтвердить снип для уверенного отнесения к какой либо ветви.
...
Можно много написать, но ограничен в возможностях - пишу с телефона. Подробнее могу ответить недели через две.

[mouglley]

Простите) Укоренение на модал уже не корректно.
Далее... Строить дерево гаплогруппы может тот, кто знаком с проблемами именно этой гг.
"Сырые" данные непригодны для публикации, тк есть много разных нюансов, от нестандартных мутаций до гомоплазии.
С "черезполосностью" Z280 and Z93 - как раз случай гомоплазии и малой статистики. Здесь важно количество проверенных на основные снипы.
67-ми маркерное дерево хорошо для распределения гаплотипов по веткам (с определенной оговоркой), но может ошибаться с внутриветочным распределением и более подвержено влиянию гомоплазии, по сравнению с 111-им маркерами. Хотя и для 111-ти маркеров иногда может потребоваться подтвердить снип для уверенного отнесения к какой либо ветви.
...
Можно много написать, но ограничен в возможностях - пишу с телефона. Подробнее могу ответить недели через две.

Понял.

Моё дерево абсолютно некорректно.
Оно абсолютная лажа.
И, даже, нет никакой причины излагать хоть одну ошибку, найденную кем-то, кроме меня самого, а именно, укоренение на модал. (а употребление иного метода, укоренение на предковый гаплотип, потребовало бы дополнительно пару часов моего личного времени, но не прибавило бы ни толики достоверности взаимного распооложения на дереве близких гаплотипов, о чём спецы знают не хуже моего).

Ой, что-то мне напоминают эти разговоры...

А, родство! Вспомнил.

У них истина тоже одна - данная аллахо-клёсовым, а всё остальное - извращения той аллахо-клёсоводанной истины.

Поэтому предлагаю модераторам перенести разговоры с моего поста и далее в мою веточку:  http://forum.molgen.org/index.php/topic,868.0.html

[Semargl]

Понял.

Моё дерево абсолютно некорректно.
Оно абсолютная лажа.
И, даже, нет никакой причины излагать хоть одну ошибку, найденную кем-то, кроме меня самого, а именно, укоренение на модал. (а употребление иного метода, укоренение на предковый гаплотип, потребовало бы дополнительно пару часов моего личного времени, но не прибавило бы ни толики достоверности взаимного распооложения на дереве близких гаплотипов, о чём спецы знают не хуже моего).

Ой, что-то мне напоминают эти разговоры...

А, родство! Вспомнил.

У них истина тоже одна - данная аллахо-клёсовым, а всё остальное - извращения той аллахо-клёсоводанной истины.

Поэтому предлагаю модераторам перенести разговоры с моего поста и далее в мою веточку:  http://forum.molgen.org/index.php/topic,868.0.html

Не ожидал от вас столько эмоций, и даже отсыл к отцу демократу Клёсову)
Подробно ошибки не могу рассмотреть, тк в инете с телефона. Но как заметил Vvizard, гомоплазия между Z280 и Z93 велика. Можно сказать что Z93 мимикрирует под Z280, или наоборот)
А есть еще и Z93* и Z283* , добавляющие проблемы при построении дерева.
Поэтому мое ИМХО - в случае с R1a[Z280] "рулят" только 111 маркеров и снипы.

[mouglley]

Поэтому и советую сначала разобраться в вопросе, а потом совершать наезд.
Как-никак в филогении , даже R1a1, я немного дольше промышляю.

Я указал:
Скачал из Вашей базы
Использовал снипы
Использовал веса.

Так что в остатке мы имеем одно различие для близких гаплотипов: использование весов и ничего более.

Данный же вопрос решается элементарно. (для гаплогруппы N1 - нет, поскольку я использую для взаимной корректировки две программы: Мурка, которая даёт в десятки раз меньшую ошибку в части привязывания к будущим снипам, и ТНТ, которая даёт возможность обработки имеющихся гаплотипов с учётом их возможных снипов).

А именно - сравнение результатов ТНТ после получения снипов с теми же, до получения снипов.

Вводных два: с весами и без.

Пока, и для R1a1 у меня получается результат надёжнее именно с весами и снипами.

[VVizard741]

Пункт номер два: Честно говоря  - не знаю причины черезполосицы. Ещё точнее, даже ни разу не взглянул ни на входные данные, ни на результаты.
Пункт номер три: я всегда использую веса. Если гаплотип без снипа, то это - его трудности.
В общем: Сегодня сцедил с базы Семаргла данные и, по просьбе трудящихся, обработал их.
Если есть какие-то вопросы с отсутствием данных по снипам, вопрос не ко мне, а к тем, кто наполняет базу снипами.

Спасибо, понял. Вариант получился интересный.

[Semargl]

Поэтому и советую сначала разобраться в вопросе, а потом совершать наезд.

Никакого наезда не было! Где вы его увидели?

поскольку я использую для взаимной корректировки две программы: Мурка, которая даёт в десятки раз меньшую ошибку в части привязывания к будущим снипам

Аналогично. Я так же использую Мурку, но позвольте не согласиться, насчет десятков раз - очень сильное преувеличение!
Основная разница между ТНТ и Муркой - возможность вводить неизвестные значения в расчеты ТНТ. Мурка же более точно производит расчет близких связей, и дает кучу вариантов на выбор. Это ее большой плюс.

Меня задело вот это Ваше сообщение:

Пункт номер один: крайним я никогда не бываю.

Пункт номер два: Честно говоря  - не знаю причины черезполосицы. Ещё точнее, даже ни разу не взглянул ни на входные данные, ни на результаты.

Пункт номер три: я всегда использую веса. Если гаплотип без снипа, то это - его трудности.

В общем: Сегодня сцедил с базы Семаргла данные и, по просьбе трудящихся, обработал их.
Если есть какие-то вопросы с отсутствием данных по снипам, вопрос не ко мне, а к тем, кто наполняет базу снипами.

По причине укоренения на модал, например, "переехали" ветви Баева-Шпаковского и Йегеров. Но это не очень существенно, самое главное получился микс гаплотипов Z280 и Z93 с L657. Я понимаю, что это "не Ваша проблема" в малом количестве данных и отсутствии снипов у спорных гаплотипов, но я пытаюсь, путем постройки сотен деревьев в ТНТ, с разными укоренениями, последующей проверкой полученных деревьев новыми снипами, (и в Мурке), найти оптимальное местоположение гаплотипов и хоть как-то сгладить отсутствие данных.

В ТНТ важно какой уровень поиска и какие алгоритмы используются при построении, поэтому необходимо сравнивать полученный результат с реальным положением вещей.

Данный же вопрос решается элементарно.
<skip>
А именно - сравнение результатов ТНТ после получения снипов с теми же, до получения снипов.

Пока все построения подтверждаются приходящими снипами.

Если же уйти от "черезполосицы" и некоторых "сармат" перекочевавших к реликтам), то состав основных ветвей, в Вашем дереве, почти полностью соответсвуют моим построениям, и это очень хорошо, тк с помощью разных подходов, мы получаем одинаковый результат. Это говорит о том, что выделенные ветви, не имеющие снипов, но четко определяемые по филогении, действительно выделены правильно.

Засим откланиваюсь. Думаю мы правильно друг друга поняли.
Каждый имеет право на свое видение ситуации. )

[Елена Александровна]

Хочется сказать из фильма "девочки не сорьтесь", но вероятно, тут вернее "в споре рождается истина"
Простите, за слова дилетанта, но самое главное я почерпнула, что нам Z280 надо делать 111 маркер.
Что я и всем рекомендую.
Мечтаю увидеть где будет отец в таком древе. Вы его обновите к 23 февраля? И где можно будет на него посмотреть?

[andronn]

PANEL 1 (1-12)
Locus 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12
DYS# 393 390 19* 391 385a 385b 426 388 439 389-1 392 389-2
Alleles 13 24 17 10 11 14 12 12 11 13 11 29

PANEL 2 (13-25)
Locus 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25 26 27
DYS# 458 459a 459b 455 454 447 437 448 449 464a** 464b** 464c** 464d** 464e** 464f**
Alleles 16 9 9 11 11 23 14 20 32 12 13 15 15 15 16

PANEL 3 (26-37)
Locus 28 29 30 31 32 33 34 35 36 37 38 39
DYS# 460 GATA H4 YCA II a YCA II b 456 607 576 570 CDY a CDY b 442 438
Alleles 11 11 19 23 16 16 18 19 33 36 12 11

PANEL 4 (38 - 47)
Locus 40 41 42 43 44 45 46 47 48 49
DYS# 531 578 395S1a 395S1b 590 537 641 472 406S1 511
Alleles 11 8 17 17 8 11 10 8 12 10

PANEL 4 (48 - 60)
Locus 50 51 52 53 54 55 56 57 58 59 60 61 62
DYS# 425 413a 413b 557 594 436 490 534 450 444 481 520 446
Alleles 12 21 22 15 10 12 12 12 8 14 24 21 13

PANEL 4 (61 - 67)
Locus 63 64 65 66 67 68 69
DYS# 617 568 487 572 640 492 565
Alleles 12 11 13 11 11 12 13

*Also known as DYS 394
Вот наконец получил окончательные результаты, хотел попросить знатоков помочь мне определиться по конкретней. 
   

Давно не заходил на свою страничку, на ФТДНА, там многое изменилось, вот эта таблица, вроде не совсем сходится с моими результатами изначально, объясните пожалуста, сам не разберусь, в чем тут дело!
 

PANEL 1 (1-12)
Marker  DYS393  DYS390  DYS19**  DYS391  DYS385  DYS426  DYS388  DYS439  DYS389I  DYS392  DYS389II*** 
Value  13  24  17  10  11-14  12  12  11  13  11  29 

PANEL 2 (13-25)
Marker  DYS458  DYS459  DYS455  DYS454  DYS447  DYS437  DYS448  DYS449  DYS464 
Value  16  9-9  11  11  23  14  20  32  12-13-15-15-15-16 

PANEL 3 (26-37)
Marker  DYS460  Y-GATA-H4  YCAII  DYS456  DYS607  DYS576  DYS570  CDY  DYS442  DYS438 
Value  11  11  19-23  16  16  18  19  33-36  12  11 

PANEL 4 (38-47)
Marker  DYS531  DYS578  DYF395S1  DYS590  DYS537  DYS641  DYS472  DYF406S1  DYS511 
Value  11  8  17-17  8  11  10  8  12  10 

PANEL 4 (48-60)
Marker  DYS425  DYS413  DYS557  DYS594  DYS436  DYS490  DYS534  DYS450  DYS444  DYS481  DYS520  DYS446 
Value  12  21-22  15  10  12  12  12  8  14  24  21  13 

PANEL 4 (61-67)
Marker  DYS617  DYS568  DYS487  DYS572  DYS640  DYS492  DYS565 
Value  12  11  13  11  11  12  13 

Download:   
Micro Alleles

[VVR]

Что-то я не увидел изменений по сравнению с тем, что было. И субклад три года назад я Вам предсказал правильно. Сейчас могу уточнить. M458+,CTS11962+,L1029?, но скорее всего тоже плюс.

[andronn]

Что-то я не увидел изменений по сравнению с тем, что было. И субклад три года назад я Вам предсказал правильно. Сейчас могу уточнить. M458+,CTS11962+,L1029?, но скорее всего тоже плюс.

Спасибо!