АвторТема: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians  (Прочитано 11332 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #30 : 24 Ноябрь 2015, 17:19:57 »
Видимо, тут будут геномы: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB11450

Как данные будут доступны для скачивания - просьба сообщить...

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6486
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2715/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #31 : 24 Ноябрь 2015, 17:55:13 »
Видимо, тут будут геномы: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB11450


Как данные будут доступны для скачивания - просьба сообщить...
Обязательно ☺

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #32 : 24 Ноябрь 2015, 18:38:23 »
а чо тему закрыли?

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6486
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2715/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #33 : 24 Ноябрь 2015, 21:09:31 »
а чо тему закрыли?
Никто из модераторов этого не делал, может сбилось что  ???... открыта...

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2050
  • Страна: 00
  • Рейтинг +542/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #34 : 25 Ноябрь 2015, 16:04:39 »
вроде как, подтверждается логичная версия о том, что синташтинцы  и иже с ними получили свой неолитический адмикс от более восточных популяций земледельцев, обитавших, вероятно, где-то в районе Карпат, а не шли прямиком из Центральной Европы или, в частности, современной Германии.
http://eurogenes.blogspot.de/2015/11/qpadm-tour-of-eneolithicbronze-age.html
Цитировать
Andronovo
Yamnaya_Samara 0.745
Anatolia_Neolithic 0.233
Han Chinese 0.023
chisq 4.311 tail prob 0.229778

Potapovka
Yamnaya_Samara 0.629
Esperstedt_MN 0.371
chisq 2.133 tail prob 0.711255

Sintashta
Yamnaya_Samara 0.589
Anatolia_Neolithic 0.411
chisq 3.936 tail prob 0.414759

Sintashta(2)
Yamnaya_Samara 0.566
Starcevo_EN 0.434
chisq 3.939 tail prob 0.414306

Srubnaya
Yamnaya_Samara 0.667
Baalberge_MN 0.333
chisq 4.447 tail prob 0.348858

Interestingly, Early to Middle Neolithic Anatolian and Hungarian farmers provide much better fits for Andronovo and Sintashta than Middle Neolithic farmers from Germany. Thus, a population closely resembling the Neolithic Anatolians may have lived somewhere near the Carpathians during the Bronze Age and contributed in a big way to the formation of Andronovo and Sintashta.


ЗЫ геномы можно попросить у авторов статьи
Цитировать
In this analysis I used ancient samples from the recently published Jones et al. and Mathieson et al. studies, available on request and at the Reich lab website here, respectively. The present-day samples are from the Human Origins dataset, also available at the Reich lab website.
конкретно тут=)
http://genetics.med.harvard.edu/reichlab/Reich_Lab/Datasets.html
(
« Последнее редактирование: 25 Ноябрь 2015, 16:13:08 от FenriR »

Оффлайн rozenblatt

  • Сообщений: 1571
  • Страна: kg
  • Рейтинг +2077/-0
  • Y-ДНК: C-ZQ31
  • мтДНК: M8a
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #35 : 25 Ноябрь 2015, 16:17:38 »
вроде как, подтверждается логичная версия о том, что синташтинцы  и иже с ними получили свой неолитический адмикс от более восточных популяций земледельцев, обитавших, вероятно, где-то в районе Карпат, а не шли прямиком из Центральной Европы или, в частности, современной Германии.

Кукутени-трипольцы небось? Надеюсь их ДНК уже в лабораториях исследуют.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8464
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4814/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #36 : 25 Ноябрь 2015, 16:43:41 »
Что-то мне не нравится такая модель "ямники плюс неолитчики". А версия да, логичная :)
конкретно тут=)
http://genetics.med.harvard.edu/reichlab/Reich_Lab/Datasets.html
Сегодня посмотрю, надеюсь, не гаплоидные на этот раз.
« Последнее редактирование: 25 Ноябрь 2015, 16:51:10 от Srkz »

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #37 : 25 Ноябрь 2015, 18:04:24 »
Видимо, тут будут геномы: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB11450


Как данные будут доступны для скачивания - просьба сообщить...
Обязательно ☺

Датасет выложен на этой странице:
http://genetics.med.harvard.edu/reich/Reich_Lab/Datasets.html
Скачать можно по ссылке: http://genetics.med.harvard.edu/reich/Reich_Lab/Datasets_files/MathiesonEtAl_genotypes.tar.gz

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9548
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #38 : 25 Ноябрь 2015, 18:39:00 »
Видимо, тут будут геномы: http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB11450


Как данные будут доступны для скачивания - просьба сообщить...
Обязательно ☺

Датасет выложен на этой странице:
http://genetics.med.harvard.edu/reich/Reich_Lab/Datasets.html
Скачать можно по ссылке: http://genetics.med.harvard.edu/reich/Reich_Lab/Datasets_files/MathiesonEtAl_genotypes.tar.gz
что находится в этом "датасете"?
« Последнее редактирование: 25 Ноябрь 2015, 20:20:01 от Centurion »

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8464
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4814/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #39 : 25 Ноябрь 2015, 19:07:14 »
что находится в этом "датасете"?
аутосомные снипы

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #40 : 25 Ноябрь 2015, 20:23:18 »
что находится в этом "датасете"?
аутосомные снипы

А "игреки" там есть? Или только аутосомы?

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8464
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4814/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #41 : 25 Ноябрь 2015, 21:27:33 »
А "игреки" там есть? Или только аутосомы?
Похоже, немножко есть - в наборе full230 как хромосома 24. Я завтра посмотрю подробнее и перешлю.

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8464
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4814/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #42 : 25 Ноябрь 2015, 23:43:31 »
Сегодня посмотрю, надеюсь, не гаплоидные на этот раз.
Да. Опять гаплоидные. Наверное, не стоило ради этого сидеть до пол-третьего ночи ;D

Онлайн Srkz

  • Сообщений: 8464
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4814/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1-a C16134T
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #43 : 26 Ноябрь 2015, 14:57:17 »
А "игреки" там есть? Или только аутосомы?
Похоже, немножко есть - в наборе full230 как хромосома 24. Я завтра посмотрю подробнее и перешлю.
Вот эти игреки https://cloud.mail.ru/public/ByZu/AneiyN9eS

Для пробы сравнил RISE247 (по сапплементари I2a2a1 CTS9183) с деревом ISOGG (только плюсы):
CTS1800 + I 14073053 rs112910996 G->A
CTS3662 + CT 15097073 snp_24_15097073 G->A
CTS4039 + I2c 15349855 snp_24_15349855 G->A
CTS4209 + I 15479899 rs17221922 T->A
CTS7502 + I 17511797 rs111995663 A->G
CTS7503 + BT 17511829 snp_24_17511829 T->C
CTS8545 + I 18078759 rs112627517 T->A
CTS9183 + I2a2a1 18732197 CTS9183 A->G
CTS10512 + CT 19503081 rs113083531 C->A
CTS11358 + CT 23081753 rs113037654 A->G
CTS11468 + R1b1a2 23124367 rs17316372 T->G
FGC49 + R1b1a2 23124367 rs17316372 T->G
L35 + I2a2 22725379 rs7893064 C->A
L368 + I2a2a 6931594 L368 C->T
L418 + BT 10008803 rs78351457 C->G
L755 + I 8465165 rs113909671 C->T
L957 + CT 14079528 rs113195977 C->T
L1090 + A0-T 3544962 rs35597116 G->C
L1105 + A0-T 7590048 L1105 C->T
L1130 + A0-T 16661010 L1130 T->G
L1143 + A0-T 21593345 L1143 A->G
L1228 + I2a2a2a 15446045 L1228 C->G
M89 + F 21917313 rs2032652 C->T
M235 + F 14832620 rs7067496 T->G
M5593 + CT 7210130 rs111666432 G->A
M5622 + CT 8080397 rs112106489 T->A
M5640 + CT 8867489 rs113191844 T->C
M5662 + CT 14605758 snp_24_14605758 G->A
M5671 + CT 15097073 snp_24_15097073 G->A
M5734 + CT 17853378 rs112892410 C->T
M5769 + CT 19407727 rs111496359 C->G
M5772 + CT 19503081 rs113083531 C->A
M5775 + CT 21250559 rs112424630 C->G
M5808 + CT 23081753 rs113037654 A->G
M5809 + CT 23090404 rs113434066 G->A
M5813 + CT 23111277 rs113472516 C->A
M5822 + CT 23561669 rs112050694 A->T
M8949 + BT 2750722 snp_24_2750722 G->C
M8967 + BT 6779907 snp_24_6779907 G->A
M9001 + BT 7838397 snp_24_7838397 A->G
M9019 + BT 8330559 rs113193392 T->C
M9080 + BT 14075450 rs112276533 C->T
M9097 + BT 14386666 rs111431642 G->A
M9098 + BT 14401169 snp_24_14401169 T->C
M9129 + BT 15132194 rs113681921 T->G
M9139 + BT 15451147 snp_24_15451147 T->A
M9176 + BT 16608008 snp_24_16608008 T->C
M9204 + BT 17270785 rs111572225 C->A
M9213 + BT 17372321 snp_24_17372321 G->A
M9219 + BT 17511829 snp_24_17511829 T->C
M9237 + BT 17886479 snp_24_17886479 G->A
M9260 + BT 18628317 snp_24_18628317 G->A
M9263 + BT 18814791 snp_24_18814791 G->A
M9293 + BT 19416000 snp_24_19416000 C->G
M9295 + BT 19445252 snp_24_19445252 A->C
M9301 + BT 21092276 snp_24_21092276 C->T
M9334 + BT 21627877 snp_24_21627877 C->T
M9338 + BT 21665439 rs111239917 C->A
M9357 + BT 22719912 snp_24_22719912 G->A
M9387 + BT 23347971 snp_24_23347971 C->T
M9420 + BT 28657055 snp_24_28657055 G->T
M9421 + BT 28657056 snp_24_28657056 A->T
M11760 + BT 9869354 snp_24_9869354 C->A
M11779 + BT 21248962 snp_24_21248962 G->A
P80 + H1b1a 6739899 P80 G->C
P103 + O (Private) 15477831 P103 G->C
P316 + F 16839641 rs57194840 A->T
Page80 + F 14832620 rs7067496 T->G
PF286 + BT 8330559 rs113193392 T->C
PF318 + CT 8867489 rs113191844 T->C
PF468 + BT 13202478 snp_24_13202478 G->A
PF672 + BT 14386666 rs111431642 G->A
PF704 + CT 15097073 snp_24_15097073 G->A
PF707 + BT 15132194 rs113681921 T->G
PF890 + BT 17886479 snp_24_17886479 G->A
PF996 + CT 19407727 rs111496359 C->G
PF997 + BT 19416000 snp_24_19416000 C->G
PF1000 + BT 19445252 snp_24_19445252 A->C
PF1015 + BT 21092276 snp_24_21092276 C->T
PF1027 + BT 21248962 snp_24_21248962 G->A
PF1064 + BT 21665439 rs111239917 C->A
PF1209 + BT 22719912 snp_24_22719912 G->A
PF1237 + CT 23090404 rs113434066 G->A
PF1419 + CT 17853378 rs112892410 C->T
PF2665 + F 14832620 rs7067496 T->G
PF2746 + F 21917313 rs2032652 C->T
PF3659 + I 8465165 rs113909671 C->T
PF3665 + I 8643763 rs3853053 A->G
PF3677 + I 9891668 rs113040461 G->A
PF3699 + I 14073053 rs112910996 G->A
PF3723 + I2c 15349855 snp_24_15349855 G->A
PF3726 + I 15479899 rs17221922 T->A
PF3760 + I 17511797 rs111995663 A->G
PF3775 + I 18078759 rs112627517 T->A
PF3797 + I 21130059 rs113500102 A->G
PF3862 + I2a2 22725379 rs7893064 C->A
S150 + I2a2 22725379 rs7893064 C->A
V54 + CT 17853378 rs112892410 C->T
V190 + A0 2872583 rs190007270 C->G
V234 + B (Investigation) 7644670 rs112830720 C->T
Y1521 + CT 13234104 rs113332088 C->T
Y1525 + CT 14074463 rs113871441 C->T
Y1531 + CT 16131945 rs113222055 C->G
Y1791 + CT 13594339 rs113971096 C->T
YSC0000283 + I 8465165 rs113909671 C->T
Z1025 + E2b 21352776 snp_24_21352776 G->A
Z2650 + I2c 15349855 snp_24_15349855 G->A
Z11979 + BT 9930675 rs111969206 C->T
Z11989 + BT 13237474 snp_24_13237474 C->T
Z11997 + BT 13477897 rs76706607 C->T
Z12031 + BT 15218792 snp_24_15218792 T->C
Z12077 + BT 18262817 snp_24_18262817 G->A
Z17390 + BT 28746408 rs111591959 G->C
Z17711 + CT 13305551 rs74397272 G->T
Z17721 + CT 22477665 rs112273341 G->C
Видимо, мало пользы от их файлов по сравнению с БАМами, но что есть в наличии, то есть.

PS  у женских образцов тоже указаны некоторые снипы, видимо, гомология с X-хромосомой или еще что-то.

Оффлайн пенелопа

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6486
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2715/-13
  • мтДНК: H1b
Re: Genome-wide patterns of selection in 230 ancient Eurasians
« Ответ #44 : 28 Ноябрь 2015, 15:28:55 »
Как данные будут доступны для скачивания - просьба сообщить...
Обязательно ☺
БАМы появились по указанному адресу. http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB11450 Вкладка Read Files.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.