Файл Генотека в GEDmatch, FTDNA. Прошу помощи!

[Vicand]

Используйте DNAKitStudio 2.9 . Версия 2.8 дает ошибки.
Я делаю так:
Берем файл Генотек VCF  конвертируем его в формат 23andMe используя ВСЕ шаблоны (RAW Data Template). Т.е., Вы должны создать разные файлы 15 штук и сложите их в отдельную папочку для удобства.
 Далее идем в раздел RAW merger и дабавляем все эти 15 файлов. Делаем Merge в формат 23andMe и получаем один большой файл.
В этом файле будут присутствовать все RSID (известные SNP, которые снимаются с Чипов) Некоторые пустые, но это не помешает.  При этом вы 100% получите ВСЕ снипы с чипа от Генотек!
Например, Х хромосома с чипа Генотек имеет в 2 раза больше снипов, чем FTDNA (9800 против 18000). Это позволяет увидеть на порядок больше родственников в Gedmath. 
При конвертации только в формат 23 V5 много RSID теряется, так как конвертер просто отбросит те RSID, которых нет в шаблоне V5.
Для очистки от пустых RSID и уменьшения размера файла используйте вкладку RAW extract снизу SNP Extrcat and manipulations. Но это долго объяснять. Кому нужно, тот разберется. Для загрузки полного файла на Gedmatch это не требуется.   

[Lesla]

на МХ - платный файл от Генотека в формате 23эндМи в.5 срабатывает всегда. Конвертированный из бесплатного файла vcf - чаще срабатывает, но бывают осечки.

Если бы:(

Этот файл не подходит для аутосомного экспорта. Пожалуйста, следуйте этим шагам и попробуйте снова.

Пробовал три раза подряд. V5

Все получилось, загрузили.

[guenther]

Используйте DNAKitStudio 2.9 . Версия 2.8 дает ошибки.
Я делаю так:
Берем файл Генотек VCF  конвертируем его в формат 23andMe используя ВСЕ шаблоны (RAW Data Template). Т.е., Вы должны создать разные файлы 15 штук и сложите их в отдельную папочку для удобства.
 Далее идем в раздел RAW merger и дабавляем все эти 15 файлов. Делаем Merge в формат 23andMe и получаем один большой файл.
В этом файле будут присутствовать все RSID (известные SNP, которые снимаются с Чипов) Некоторые пустые, но это не помешает.  При этом вы 100% получите ВСЕ снипы с чипа от Генотек!
Например, Х хромосома с чипа Генотек имеет в 2 раза больше снипов, чем FTDNA (9800 против 18000). Это позволяет увидеть на порядок больше родственников в Gedmath. 
При конвертации только в формат 23 V5 много RSID теряется, так как конвертер просто отбросит те RSID, которых нет в шаблоне V5.
Для очистки от пустых RSID и уменьшения размера файла используйте вкладку RAW extract снизу SNP Extrcat and manipulations. Но это долго объяснять. Кому нужно, тот разберется. Для загрузки полного файла на Gedmatch это не требуется.   

Здравствуйте! Спасибо. Скажите, пожалуйста,  FTDNA этот файл принял, в итоге?

[Шад]

на МХ - платный файл от Генотека в формате 23эндМи в.5 срабатывает всегда. Конвертированный из бесплатного файла vcf - чаще срабатывает, но бывают осечки.

Если бы:(

Этот файл не подходит для аутосомного экспорта. Пожалуйста, следуйте этим шагам и попробуйте снова.

Пробовал три раза подряд. V5

Все получилось, загрузили.

Да, все получилось. Не только загрузилось, но уже и интепретация MyHeritage прошла. Спасибо уважаемому Lesla за помощь.

[gecube_ru]

Например, Х хромосома с чипа Генотек имеет в 2 раза больше снипов, чем FTDNA (9800 против 18000). Это позволяет увидеть на порядок больше родственников в Gedmath.

не понимаю, почему это преимущество, если общая емкость чипа все равно примерно одинаковая?

[aldosha]

привет. инструкция работает по генотек в фтдна? в прошлом году из Атласа в ФТДНА без проблем преобразовалось. а вот потом из фтдна в генотек никак