Полное совпадение

[SubbotaAnton]

Дамы и господа, были ли у кого-нибудь из вас полные (HVR1 + HVR2 + Coding regions) совпаденцы по мито?

Если да, то
1) у вас они видны на FF?
2) вы сумели идентифировать общего митопредка?

[Bakalavrr]

У меня есть полное мито с дистанцией 0. Остальные пункты неизвестны. Надо поискать на FF.

[Илья М]

У меня есть 402 полных совпаденца, из них 160 есть в FF. Но толку никакого, женская линия обрывается на прабабушке. Любой достижимый мито совпаденец должен быть 1-3 cousin в FF чтобы я смог с ним что-то сделать, а таких нет.
Крайне сомнительно также, что 95% от этих 402 совпаденцев имели общего предка в районе 1400х. Это я о витающей на форуме, и, вроде как, неподтвержденной информации о 95% вероятности и 22 поколениях до MRCA при полном мито совпадении.

[SubbotaAnton]

Это я о витающей на форуме, и, вроде как, неподтвержденной информации о 95% вероятности и 22 поколениях до MRCA при полном мито совпадении.

Эта информация - отсюда

PS У них также указано, что "22 Generations to Common Ancestor = about 550 years", то есть 25 лет на поколение

Ну не знаю, у меня есть три примера из древа, не подпадающие под эти вычисление.

Merten Schwachheim - 13 поколений назад - родился примерно в 1540 году, 480 лет назад = 36 лет на поколение
Павел Чигирь, 11 поколений назад, примерно 1610 год рождения, 410 лет назад = 37 лет на поколение
Иван Калита, 22 поколения назад, родился в 1283 году, ~740 лет назад, 33.6 на поколение

[TK]

Эти вычисления - в большей степени реклама.
С датировкой mt-ДНК всё совсем непросто

Вот, пожалуйста - куча совпаденцев в гаплогруппе U2e1a1 по всему миру (от Южной Африки до Финляндии и от Ирана до Испании) https://yfull.com/mtree/U2e1a1*/
При этом время до общего предка - 4-12 тысяч лет.

Конечно, вероятно, после расчетов кто-то из них ещё образует ветки, но аналоги легко найти и в других гаплогруппах, например,
гаплогруппа R* https://yfull.com/mtree/R*/ - времена до общего предка около 50 тыс. лет назад
При этом все они могут иметь полностью идентичную mt-ДНК.

[Mich Glitch]

Общий субклад (да ещё и по всему миру) - не означает идентичности митосиквенса. Просто по разным причинам не прошло ещё разбиение на ветви.

Вопрос был именно о полных совпаденцах по мито.

95% доверительный интервал на уровне 550 лет - вполне себе реалистичен.
Полностью фраза звучит так: при полном совпадении по мито, ВБОП в 95% случаев не превышает 550 лет. (А в 5% случаев больше 550 лет.)


*** По моим полным митоскивенсам (всем!) нет ни одного 100% совпаденца. Так что с помощью ФФ и оценивать нечего.   

[Mich Glitch]

Порядок чисел верен. Иначе не могли бы получить всего нынешнего миторазнообразия, полагая, что мито Ева жила около 200 лет тому назад.

[Bakalavrr]

В y full определяют до 1 года: У моего H5d* возраст 1889 лет.

[TK]

Общий субклад (да ещё и по всему миру) - не означает идентичности митосиквенса. Просто по разным причинам не прошло ещё разбиение на ветви.

Вопрос был именно о полных совпаденцах по мито.

95% доверительный интервал на уровне 550 лет - вполне себе реалистичен.
Полностью фраза звучит так: при полном совпадении по мито, ВБОП в 95% случаев не превышает 550 лет. (А в 5% случаев больше 550 лет.)


*** По моим полным митоскивенсам (всем!) нет ни одного 100% совпаденца. Так что с помощью ФФ и оценивать нечего.   

Да, статистически-то более-менее верно.
Однако, я хочу сказать (и у меня есть образцы примеров), когда есть абсолютно полные совпаденцы (причем с образцами из NCBI, так что я проверил, что новых субкладов не будет), при этом возраст до общего предка для субклада оценивается также в 6-10 тыс. лет. Генеалогия проработана не так чтобы совсем сильно (по женской линии всегда сложнее), но - уже за пределами FF.
И для этого образца теоретически по данным мито, общий предок мог быть и 5 тыс. лет назад, то есть просто датировка по мито - не помогает, нужно уже историю изучать (кто куда мигрировал).

Тут бы и можно сказать, что попал в 5% тех, кто имеет общего предка более 550 лет назад, ан нет!
История дает варианты, когда общий предок мог быть и 300 лет назад, и 1000... Так что пока - даже не оценить как следует, где копать

[SubbotaAnton]

Есть такая информация:

Фактически в крестьянских семьях практически все мужчины вступали в брак в возрасте от 18 до 30 лет. Более 80% женилось до 25 лет, больше половины – в возрасте от 18 до 21 года. Более поздние браки в конце XIX – начале XX в. обычно были связаны с военной службой: отставные солдаты женились, как правило, в возрасте 25–30 лет. У женщин абсолютное большинство браков приходится на возраст до 20 лет. Самый распространённый брачный возраст – 17 лет. После 20 лет вероятность выйти замуж снижалась и после 30-ти была практически исключена. Большинство браков в крестьянских семьях заключалось между людьми с разницей в год – два, реже – с ровесниками. Однако браки, где муж был старше на 6 и более лет, по статистике составляли около трети всех браков.

Взял отсюда

[SubbotaAnton]

есть абсолютно полные совпаденцы (причем с образцами из NCBI, так что я проверил, что новых субкладов не будет), при этом возраст до общего предка для субклада оценивается также в 6-10 тыс. лет.

Расскажите, как удалось определить возраст до общего предка?

[TK]

есть абсолютно полные совпаденцы (причем с образцами из NCBI, так что я проверил, что новых субкладов не будет), при этом возраст до общего предка для субклада оценивается также в 6-10 тыс. лет.

Расскажите, как удалось определить возраст до общего предка?

Оценка сделана учеными, например, в работе:
Behar, D. M., van Oven, M., Rosset, S., Metspalu, M., Loogväli, E. L., Silva, N. M., … Villems, R. (2012). A "Copernican" reassessment of the human mitochondrial DNA tree from its root. American journal of human genetics, 90(4), 675–684. doi:10.1016/j.ajhg.2012.03.002
https://linkinghub.elsevier.com/retrieve/pii/S0002929712001462
В данной работе использовался метод филогении, насколько я помню.

Есть и другие работы - с оценкой времен не на основании филогении, а на основании датировок дДНК (только под руками нет ссылки сходу).

[Yaroslav]

Как-то подсчитал у себя по мужской предковой:

Немного о возрастах.

Матвей Иванов родился в ~1771 году.

Алексей Матвеев родился в ~1806 году, его отцу было 35 лет. Причём в исповедке 1825 г. записан самым старшим ребёнком.

Александр Алексеев родился в ~1840 году, его отцу было 34 года.

Ливерий Александров родился 27.08.1868 года (по новому стилю), его отцу было 28 лет.

Александр Ливериевич Волков родился 22.01.1906 года (по новому стилю), его отцу было 38 лет.

Мой отец родился в 1937 году, его отцу был 31 год.

Я родился в 1974 году, моему отцу было 36 лет (ещё не исполнилось 37).

Ось такi, малята, поколенные интервалы. Среднее арифметическое у 6 человек получается ~33 года.

Можно добавить что Матвей Иванов родился в ~1771 г., когда его отцу было 29 лет.

Отец Матвея, Иван Иванов, родился в ~1742 г, когда его отцу было 20 лет.