АвторТема: Лаборатории по анализу сложных биоматериалов (кровь, зубы, волосы, ногти)  (Прочитано 22576 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15186
  • Страна: az
  • Рейтинг +4549/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Евгений, Ваш вопрос понятен. Могу поделиться своим опытом:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,12488.0.html

15 тыс. руб. - это стоимость извлечения ДНК, без амплификации. Этого количества гарантированно ни на что не хватит. С амплификацией (ПЦР, т. е. размножением ДНК) стоимость поднимется раза эдак в три.

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 987
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-11
  • Y-ДНК: G2a1

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Евгений, Ваш вопрос понятен. Могу поделиться своим опытом:
http://forum.molgen.org/index.php/topic,12488.0.html

15 тыс. руб. - это стоимость извлечения ДНК, без амплификации. Этого количества гарантированно ни на что не хватит. С амплификацией (ПЦР, т. е. размножением ДНК) стоимость поднимется раза эдак в три.

Благодарю, всё очень хорошо изложено! Тогда не могу понять, почему же наши официальные, государственные лаборатории оценивают анализ останков в ту же сумму, что и тестирование живых людей, если изначально ясно, что без амплификации не обойтись?

??? 40 тыс.евро у датчан?
http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg382003.html#msg382003

Вероятно, это анализ не единственного образца?

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 987
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-11
  • Y-ДНК: G2a1
Возможно
http://forum.molgen.org/index.php/topic,70.msg458208.html#msg458208
"Отсеквенировать человеческий геном стоит примерно 1000 долларов. А для того, чтобы  секвенировать древний геном, нужно в несколько раз больше, 5–10 тысяч долларов."

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
15 тыс. руб. - это стоимость извлечения ДНК, без амплификации. Этого количества гарантированно ни на что не хватит. С амплификацией (ПЦР, т. е. размножением ДНК) стоимость поднимется раза эдак в три.

Мне кажется, амплификация не так сильно поднимает цену. В заявке на грант, подготовленной в 2017 году сотрудниками одного научно-исследовательского центра в Москве, общая стоимость выделения ДНК из останков и амплификации СТР-фрагментов для группы из 79 человек оценивалась в 600 тысяч рублей. Такая же сумма планировалась на анализ родственников погибших (образцы слюны, тоже с амплификацией).

Для амплификации планировалось использовать следующие коммерческие наборы (цены взял из интернета):
для аутосом: AmpFLSTR™ NGM™ PCR Amplification Kit - 1,000 reactions - 31 450,00 евро
для Y-хромосомы: AmpFLSTR™ Yfiler™ PCR Amplification Kit - 100 reactions - 5,000.00 евро

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15186
  • Страна: az
  • Рейтинг +4549/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Евгений, если  всё действительно настолько радужно (т. е. извлечение ДНК из твёрдых биоматериалов и впрямь подешевело до менее чем 250$), то рискните.
Тут либо неведомый нам прогресс, либо неведомые подводные камни.

Уточните у них следующее:
1) исходный материал - кость или зуб (это архиважно!)
2) подтверждение половой принадлежности субъекта
3) собственно сам тест (игрек, мито и др.)
4) форма выдачи результата
5) возможность сравнения с тестами живых людей (конвертируемы ли выдаваемые результаты в другие форматы)

Это только первичный перечень вопросов. Будем надеяться, что Вам будут отвечать быстро и чётко. По ответам станет ясно, имеет ли смысл дальнейшее общение.

)Рекомендую dnk-nasledie.ru как уже проверенный вариант(
« Последнее редактирование: 08 Февраль 2020, 08:47:03 от Farroukh »

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15186
  • Страна: az
  • Рейтинг +4549/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Когда мы тестируем живого в какой-нибудь ФТДНА, то нас интересует будут ли совпаденцы и хватит ли денег на бесконечные апгрейды и прочую бню. Вопрос том, что из материала что-то там может не извлечься или он будет битым или загаженным даже не возникает.

Когда тестируешь мёртвое, то ситуация совсем другая. Апгрейды нереальны, совпаденцы гипотетичны. Само извлечение - это успех 95% дела. Игры с маркёрами, как ни странно, станлвятся вторичными.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Farroukh, спасибо! Всё чётко и по делу. С ДНК-Наследием я уже связался, жду от них предложения. Насчёт конвертации выдаваемых результатов в другие форматы, есть какие-то стандартные определения форматов? Насколько я понимаю, для аутосом желательным стандартом является "Build 37 (GRCh37/hg19)", который принимается Гедматчем. Для 27 маркеров Y-хромосомы - возможно ли размещение этого результата (после нормализации) в какой-либо существующей базе?

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15186
  • Страна: az
  • Рейтинг +4549/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
По аутосомам вопрос сложный. Поясню в чём суть. Формат, который выдают лаборатории не идентичен ФФ. Что именно это за формат и как его конвертировать в ФФ - не могу сказать. Это надо спросить у самой лаборатории.

С игреком выход только один - сравниваться с базой ФТДНА

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Если они делают аутосомные СТР-маркеры, оттуда вообще никак не получить FF, это разные данные.

Оффлайн Evgeny Kolchugin

  • Сообщений: 474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +182/-0
  • Y-ДНК: R1a-Y82720; R1a-YP1698; R1a-YP578; R1a-Y16755
  • мтДНК: K1a1b; Т2
Если они делают аутосомные СТР-маркеры, оттуда вообще никак не получить FF, это разные данные.

Благодарю, я уловил разницу. Но пока общая ситуация выглядит очень странно и непонятно. ФФ покрывает тысячи снипов и стоит 50 долларов. Бюро судебно-медицинских экспертиз анализирует 40 маркеров (тоже у живых) и берёт за это 250 долларов. Бой в Крыму, всё в дыму...

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15186
  • Страна: az
  • Рейтинг +4549/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Евгений, ФФ извлекается из слюны, в которой тонны готовой ДНКи.
С твёрдым материалом возни на порядки больше. Эта ДНК вообще может не извлечься по причине деструкции.
« Последнее редактирование: 09 Февраль 2020, 08:19:07 от Farroukh »

Оффлайн mdn

  • Сообщений: 263
  • Страна: fi
  • Рейтинг +142/-0
  • Y-ДНК: R-FGC56440
  • мтДНК: R1a1a1
totheletterdna, делавшие ДНК с конвертов, временно прекратили принимать новые заказы. Временно - до разработки лучших методов.
https://www.totheletterdna.com/news/2020/5/18/batch-11-outcomes

В последних анализах 5 из 17 материалов - совсем не найдена ДНК, и во всех случаях невозможен "дешевый" вариант (дешевый - это, кажется, около 500$, точную цену не помню), возможен только полный WGS (около 3000$ - тоже не помню точно) с шансом ничего не получить.

Надеются, что до конца года разработают более эффективный вариант.

Оффлайн FarroukhАвтор темы

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15186
  • Страна: az
  • Рейтинг +4549/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Если кому интересно, то есть специальная тема:
ДНК из отпечатков пальцев

Оффлайн kardes

  • Сообщений: 987
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1277/-11
  • Y-ДНК: G2a1
Интересно, а как происходит процесс инициирования вопроса исследования останков того или иного человека? Как можно нашим научным деятелям нашептать на ушко, что бы полезно исследовать останки представителей замечательного рода Черкасских. Если вопрос будет только в финансировании, то краудфандинговую компанию можно организовать.
Познакомить ваших научных деятелей с  генетическими лабораториями, весь разговор работу и переговоры вести вам, а именна в работе только тех научных деятелей, но и генетиков конечно, и деньги с вас, если нет финансирования, как это иногда бывает на эпоху бронзы железа Энеолита .
Я с моими друзьями, ( а так же и люди например из Грузинского проекта но мы больше остальных) все что могли сделать сделали и с Эстонцами и с Датчанами и с Австралийцами и с Гермацами и с Китайцами итд, связывали наших и не наших научных деятелей, и останки отправлять четко каждый по отдельности с номерами, и всей археологической информацией которая привязана к номеру все это через каких нибудь ваших людей передвигающихся по странам.

Интересно, а как происходит процесс инициирования вопроса исследования останков того или иного человека? 
Всё просто, пошагово:
1. 2. , 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9.
10. ждать 5 лет, а может и дольше
https://sun1-92.userapi.com/3hvmWLTYxUCNBOxM3yV3UKQs9j5C23vrtoGmcQ/SZid3f7jxak.jpg
https://sun9-54.userapi.com/XsYewbacTem3Dr4UKJdzIEyTOx8N-He2segz0A/SVQbq7YNRg4.jpg
https://sun9-46.userapi.com/4Oao-Vt5tvuLe6H-O3gn1n25Es1LYQiqvJARhg/oN-9Sr5F4kE.jpg
https://sun9-14.userapi.com/Zb2vjFCRACZvTtkzv8CWK1szLKtHnOp_7z6JLA/jPAQRCUL32U.jpg                   

Про тесты днк по эксгумированным останкам и биоматериалам в передачах ДНК НТВ:
https://www.ntv.ru/video/1743502/#ts=2694
https://youtu.be/FOnujeIGthw?t=2246
https://www.youtube.com/watch?v=vBaIoyM24iM
https://www.youtube.com/watch?v=PXBbvDzrLds
https://youtu.be/TY1TMHY3QCA?t=2710
Вопросы по тел. 8 499 922 81  55.
« Последнее редактирование: 29 Октябрь 2020, 00:26:21 от kardes »

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.