Карта древних ДНК

[rozenblatt]

Добрый вечер!

Я недавно создал карту, показывающую где были найдены исследованные образцы древней ДНК, вот она: http://umap.openstreetmap.fr/en/map/ancient-human-dna_41837#3/43.64/103.89 . Есть более ранняя версия - https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=zPTFaw2rnx-E.kfoCf5XA8Lgw

Тут надо сделать оговорку: на данной карте показаны только результаты исследований аутосомной ДНК. Причина в том, что количество исследований древней мтДНК и/или Y-ДНК существенно больше, и нанесение их на карту потребует больше усилий.

Насколько я понимаю карта в общем оказалась полезной, поэтому я хочу обратиться к вам с вопросом как её можно улучшить.

1) Стоит ли добавить исследования древней мтДНК/Y-ДНК ? Насколько я понимаю такая карта была бы полезна, но я боюсь тут нужно несколько человек(или один сверхмотивированный, я для такого ленив). Если такие добровольцы найдутся, то я готов им помочь.

2) Стоит ли продолжать обновлять карту. Дело в том, что недавно появился сайт с похожей картой: https://www.oagr.org.au/ . Там правда иная направленность сайта, так что и карта другая.

3) Если внимательно посмотреть на карту, то станет заметно что нет общего стандарта представления данных. Я сам не до конца понимаю какой он должен быть, отсюда и разнобой.

4) Стоит ли менять платформу карты? Изначальная версия была сделана на Google Maps, но потом я перенёс данные на OSM, так как строго говоря вся эта информация лежит в открытом доступе и таковой и должна оставаться. Однако и Google Maps и OSM имеют ограниченный функционал, так что возможно стоит искать другую платформу.

В общем интересно ваше мнение.   

Очередная интерактивная карта с образцами дДНК
http://homeland.ku.dk/
на этот раз от проекта по изучению происхождения ранних индо-европейцев от Копенгагенского университета, с наложенными поверх культурами и степными R1-ДНК

[МашкИн]

В общем интересно ваше мнение.

Учли ли вы архаику с Гедматча?

[rozenblatt]

Учли ли вы архаику с Гедматча?

Я пока вводил данные только из опубликованных статей. На гедматче не зарегистрирован, так что пока не учитывал.

[Аббат Бузони]

Учли ли вы архаику с Гедматча?

Я пока вводил данные только из опубликованных статей. На гедматче не зарегистрирован, так что пока не учитывал.

Еще бы узнать что это такое "архаика с Гедматча".

[FenriR]

Учли ли вы архаику с Гедматча?

Я пока вводил данные только из опубликованных статей. На гедматче не зарегистрирован, так что пока не учитывал.

Еще бы узнать что это такое "архаика с Гедматча".

"archaic DNA matches", видимо

[Srkz]

2) Стоит ли продолжать обновлять карту. Дело в том, что недавно появился сайт с похожей картой: https://www.oagr.org.au/ . Там правда иная направленность сайта, так что и карта другая.

Стоит, пока у вас это вызывает интерес ))

Я пока вводил данные только из опубликованных статей. На гедматче не зарегистрирован, так что пока не учитывал.

Там тоже палеоДНК только из числа публично доступных образцов.

[Arthwr]

Карта древних R1b:
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=z_sglqYam1DA.k1cDyWcJNg9c&usp=sharing

[Asmat headhunter]

Els Trocs, помнится, должен быть в горном Арагоне почти на границе с Францией где-то, а тут на юг отнесло прилично. Как так?

[Vernyj]

Карта древних R1b:
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=z_sglqYam1DA.k1cDyWcJNg9c&usp=sharing

Есть одна проблема, почему-то не указанная на сайте с которого брались эти данные, но известная из других источников.

Цитата: "RISE1. Corded Ware. R1b. This sample is very low coverage and uncertain below R, it seems from discussion Genetiker, Richard Rocca and JDean."

[Vernyj]

[Аббат Бузони]

Карта древних R1b:
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=z_sglqYam1DA.k1cDyWcJNg9c&usp=sharing

Это у меня на телефоне самарские R1b разбросало или так задумано было?

[Arthwr]

Карта древних R1b:
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=z_sglqYam1DA.k1cDyWcJNg9c&usp=sharing

Есть одна проблема, почему-то не указанная на сайте с которого брались эти данные, но известная из других источников.

Цитата: "RISE1. Corded Ware. R1b. This sample is very low coverage and uncertain below R, it seems from discussion Genetiker, Richard Rocca and JDean."

Сам Allentoft определил RISE1 baCw как R1b:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4664-Request-Y-DNA-haplogroup-results-from-Allentoft-2015&p=89569&viewfull=1#post89569

Els Trocs, помнится, должен быть в горном Арагоне почти на границе с Францией где-то, а тут на юг отнесло прилично. Как так?

Это у меня на телефоне самарские R1b разбросало или так задумано было?

Не знаю, надо спросить у автора карты 

[Vernyj]

Карта древних R1b:
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=z_sglqYam1DA.k1cDyWcJNg9c&usp=sharing

Есть одна проблема, почему-то не указанная на сайте с которого брались эти данные, но известная из других источников.

Цитата: "RISE1. Corded Ware. R1b. This sample is very low coverage and uncertain below R, it seems from discussion Genetiker, Richard Rocca and JDean."

Сам Allentoft определил RISE1 baCw как R1b:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4664-Request-Y-DNA-haplogroup-results-from-Allentoft-2015&p=89569&viewfull=1#post89569

Определил то он определил, но это в высшей степени ненадежно, вероятность ошибки приближается к 100%, очень низкое покрытие и нет подтверждений (надежно только что это R). Другие в этом случае ставят знак вопроса.

In fact, most of the samples look like they are R1a and the only one that may be R1b (RISE1) is one of the worse quality samples in the dataset.

may be это не can be, это высокая степень неуверенности. И то что эту высокую степень неуверенности не отражают в базах данных очень плохо.

[Arthwr]

Карта древних R1b:
https://www.google.com/maps/d/u/0/viewer?mid=z_sglqYam1DA.k1cDyWcJNg9c&usp=sharing

Есть одна проблема, почему-то не указанная на сайте с которого брались эти данные, но известная из других источников.

Цитата: "RISE1. Corded Ware. R1b. This sample is very low coverage and uncertain below R, it seems from discussion Genetiker, Richard Rocca and JDean."

Сам Allentoft определил RISE1 baCw как R1b:
http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4664-Request-Y-DNA-haplogroup-results-from-Allentoft-2015&p=89569&viewfull=1#post89569

Определил то он определил, но это в высшей степени ненадежно, вероятность ошибки приближается к 100%, очень низкое покрытие и нет подтверждений (надежно только что это R). Другие в этом случае ставят знак вопроса.

In fact, most of the samples look like they are R1a and the only one that may be R1b (RISE1) is one of the worse quality samples in the dataset.

may be это не can be, это высокая степень неуверенности. И то что эту высокую степень неуверенности не отражают в базах данных очень плохо.

Вы наверняка пропустили конечные результаты дискуссии ДНК-блогеров по RISE1 - их выводы совпадают с определением Allentoft:

RISE1 is R1b1-L1345+. The only reason why genetiker said it wasn't R1b is because it is too upstream for his liking given its age. To me, that is not a convincing enough reason to not label it what the data says it is, which is R1b1. Apparently the authors of the paper were comfortable enough that they designated it as such.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4657-R1b-findings-by-(Allentoft-et-al-2015)&p=90682&viewfull=1#post90682

Smal pointed out that Rise one was positive for a SNP at the R1b1 level

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4657-R1b-findings-by-(Allentoft-et-al-2015)&p=92220&viewfull=1#post92220

Thanks for that flurry of discussion. What I can take to the bank then is that RISE1 is solidly R1b1 but of too low coverage to squeeze anything further out of him. The possibility that he was L11 derived cannot be eliminated.
So, we have at least one Corded Ware R1b and that in Poland.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4657-R1b-findings-by-(Allentoft-et-al-2015)&p=92263&viewfull=1#post92263

OK - so it is between R1b1 and R1b1a or R1b1c. So I put R1b1. Thank you.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4657-R1b-findings-by-(Allentoft-et-al-2015)&p=92264&viewfull=1#post92264

Not as high a probability, but RISE1 could also be R-Z2103 since it is ~5-6% in Poland.

http://www.anthrogenica.com/showthread.php?4657-R1b-findings-by-(Allentoft-et-al-2015)&p=92290&viewfull=1#post92290

[Vernyj]

Блоггеры договорились, ну это их дело. Однако уверенность это не договоренность, никто не отменял что образец очень плохой и что там вероятно просто ошибка, что весьма вероятно для таких образцов - не в первый раз, вспомним мальчика с Афонтовой горы.

Надежно только это
RISE1    Poland          Corded Ware  R
https://genetiker.wordpress.com/2015/06/11/y-haplogroups-for-prehistoric-eurasian-genomes/