101 ancient genomes from Bronze/Iron Age Europe, Caucasus, Armenia and Kazakhstan

[FenriR]

скоро будут результаты по армянской дДНК:
http://eurogenes.blogspot.de/2015/06/isabs-2015-abstracts.html?showComment=1433594495704#c4329502696486933631

Aram Palyan said...
The Armenian aDNA is also ready. It seems that there was a lot off continuity from Bronze Age to modern Armenians. The aDNA is from Republic of Armenia.
...
There is no yet a link. It will be published in Nature in the coming days. Yesterday I just hear it from someone who knows this stuff.
...
There are some 108 new aDNA. I don't know are they related to this abstracts. From Russia, Kazakhstan and Europe.
...
Davidski.
As far as I understand there is no aDNA from Neolithic in Armenia.

может быть, Allentoft et al?

P.S. Статья опубликована:

Population genomics of Bronze Age Eurasia

Morten E. Allentoft et al.

Abstract

The Bronze Age of Eurasia (around 3000–1000 BC) was a period of major cultural changes. However, there is debate about whether these changes resulted from the circulation of ideas or from human migrations, potentially also facilitating the spread of languages and certain phenotypic traits. We investigated this by using new, improved methods to sequence low-coverage genomes from 101 ancient humans from across Eurasia. We show that the Bronze Age was a highly dynamic period involving large-scale population migrations and replacements, responsible for shaping major parts of present-day demographic structure in both Europe and Asia. Our findings are consistent with the hypothesized spread of Indo-European languages during the Early Bronze Age. We also demonstrate that light skin pigmentation in Europeans was already present at high frequency in the Bronze Age, but not lactose tolerance, indicating a more recent onset of positive selection on lactose tolerance than previously thought.

http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/full/nature14507.html
http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/full/nature14507.html#supplementary-information
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021

[falcon16]

Population genomics of Bronze Age Eurasia (2015) - http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/full/nature14507.html
Population Genomics of Bronze Age Eurasia. supplementary information - http://www.nature.com/nature/journal/v522/n7555/extref/nature14507-s1.pdf
BAM Files - http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021

Allentoft 2015 samples https://docs.google.com/spreadsheets/d/1HuNPykGuq2PbHkUOL5dCiwrveIy-OGO2qOklwfsayW8/edit?pli=1#gid=1195386997





- Late Neolithic, Bronze and Iron Age remains from Germany, Poland and/or Scandinavia
- Copper, Bronze and Iron Age remains from Bulgaria
- Bronze and/or Iron Age remains from Hungary
- Sintashta from Kazakhstan
- Maikop from Russia
- Yamnaya from Russia
- Afanasevo from Russia         

[FenriR]

Современные армяне являются потомками людей, населявших территорию Армении 5 тыс. лет назад

Подробности: http://novostink.ru/science-technology/111924-sovremennye-armyane-yavlyayutsya-potomkami-lyudey-naselyavshih-territoriyu-armenii-5-tys-let-nazad.html#ixzz3cNMPh9NI
Любое использование материалов допускается только при наличии гиперссылки на NovostiNK.ru

5-06-2015, 21:30
Современные армяне являются потомками людей, населявших территорию Армении 5 тыс. лет назад, сказал в пятницу журналистам заведующий лабораторией Института молекулярного биоразнообразия Национальной Академии наук Левон Епископосян, ссылаясь на данные международного генетического исследования.

Генетический анализ 101-го образца ДНК из разных уголков Евразии был сделан для уточнения генетического портрета человека бронзового века.

Восемь образцов ДНК были взяты из различных археологических памятников по всей территории Армении. Они датируются средним и поздним бронзовым, а также железным веками.

«Результаты генетического исследования показали, что образцы ДНК периода бронзового века, найденные на территории Армении имеют генетический портрет, который почти ничем не отличается от генетического портрета людей, проживающих сегодня на нашей территории», - отметил Епископосян.

Он подчеркнул, что на основе полученных результатов можно сделать вывод, что современный народ, проживающий на территории Армении, имеет достаточно глубокие корни.

«Участвуя в этом исследовании, мы смогли решить не только вопрос генетического, исторического и археологического анализа, но и в какой то степени ответили на обвинения в том, что армяне проживают на территории Восточной Армении всего 200 лет» - добавил Епископосян.

Он также отметил, что Армения была единственной страной региона, принявшей участие в исследовании. «Возможно, причина в том, что у нас нет проблем, связанных с нашей историей, а у наших соседей, видимо, такие проблемы есть», - подчеркнул Епископосян.

«Исследование было проведено для того чтобы изучить генетический портрет прошлых поколений и решить один из важнейших вопросов – являемся ли мы, современные народы, прямыми потомками народов, проживавших на той или иной территории 5 тыс. лет назад», - отметил Епископосян.

В свою очередь директор Института археологии и этнографии НАН Павел Аветисян добавил, что результаты данного исследования, которые проводились в Копенгагенском университете, будут опубликованы уже через несколько дней в научной статье, авторами которой стали 44 эксперта из 13 стран.

«Армения впервые принимают участие в такого рода программе, и результаты, которые мы получили, были довольно интересными», - отметил Аветисян.

Подробности: http://novostink.ru/science-technology/111924-sovremennye-armyane-yavlyayutsya-potomkami-lyudey-naselyavshih-territoriyu-armenii-5-tys-let-nazad.html#ixzz3cNMVinha
Любое использование материалов допускается только при наличии гиперссылки на NovostiNK.ru

Видимо, уже сегодня опубликуют в Nature=)

[FenriR]

Краткое описание исследовательской деятельности авторов статьи - "(101 ancient genomes from Bronze/Iron Age Europe, Caucasus, Armenia and Kazakhstan)"  http://www.the-rise.se/pdfrise/Humanmobility.pdf
http://the-rise.se/
Friday 14th June
New aDNA results given by Morten Allentoft in the paper Initial results from ancient DNA
analysis of Bronze Age human remains

1. Several hundred south Scandinavian and central European (German and Polish) skeletons from the
3rd and 2nd millennium will be pre-screened for appropriate DNA survival and quality, in order to
generate a test dataset. Based on previous result, combined with new techniques that significantly
enhance success rates, we anticipate subsequently genotyping between 100 and 150 samples for
both mitochondrial (complete mtDNA genomes), Y chromosome and autosomal DNA (15,000
informative SNPs).

надеюсь, снипов, все-таки, побольше будет...
на южных скандинавов будет интересно посмотреть, вдруг N1c найдут=))

[FenriR]

на южных скандинавов будет интересно посмотреть, вдруг N1c найдут=))

N1c наверняка будут так как помимо Скандинавии представлены Эстония и Литва. С учетом того что псковко-смоленские мезолитчики N1c там уже 4500 лет под бронзу в том регионе подпадают.
http://armenpress.am/eng/news/808008/modern-armenian-genetically-closest-to-human-millennia-bc-4-2.html

круто)
кроме того, судя по списку стран, откуда происходят образцы, покрыта бОльшая часть территории расселения шнуровиков

[FenriR]

сама работа еще не опубликована, но образцы уже в открытом доступе:
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021

Name
Bronze Age population dynamics, selection, and the formation of Eurasian genetic structure

Centre Name
Technical University of Denmark

Secondary accession(s)
ERP010075

Description
The Bronze Age (BA) of Eurasia (c. 3,000-1,000 years BC, 3-1 ka BC) was a period of major cultural changes. Earlier hunter-gathering and farming cultures in Europe and Asia were replaced by cultures associated with completely new perceptions and technologies inspired by early urban civilization. It remains debated if these cultural shifts simply represented the circulation of ideas or resulted from large-scale human migrations, potentially also facilitating the spread of Indo-European languages and certain phenotypic traits. To investigate this and the role of BA in the formation of Eurasian genetic structure, we used new methodological improvements to sequence low coverage genomes from 101 ancient humans (19 > 1X average depth) covering 3 ka BC to 600 AD from across Eurasia. We show that around 3 ka BC, Central and Northern Europe and Central Asia receive genetic input through people related to the Yamnaya Culture from the Pontic-Caspian Steppe, resulting in the formation of the Corded Ware Culture in Europe and the Afanasievo Culture in Central Asia. A thousand years later, genetic input from North-Central Europe into Central Asia gives rise to the Sintashta and Andronovo Cultures. During the late BA and Iron Age, the European-derived populations in Asia are gradually replaced by multi-ethnic cultures, of which some relate to contemporary Asian groups, while others share recent ancestry with Native Americans. Our findings are consistent with the hypothesised spread of Indo-European languages during early BA and reveal that major parts of the demographic structure of present-day Eurasian populations were shaped during this period. We also demonstrate that light skin pigmentation in Europeans was already present at high frequency during the BA, contrary to lactose tolerance, indicating a more recent onset of positive selection in the latter than previously believed.

Все 101 образец


и таки есть спрос=)
http://eurogenes.blogspot.de/2015/06/101-ancient-eurasian-genomes.html

Davidski said...
Okay, quit what you're doing and look at this page.

http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021

Who wants to get in touch with Sergey or Felix? Because I don't have the bandwidth.

[rozenblatt]

А кстати было бы интересно провести опыт - даются древние геномы - угадать откуда они.

[FenriR]

А кстати было бы интересно провести опыт - даются древние геномы - угадать откуда они.

сделаем)
сейчас на самом первом и попробую=)

[mouglley]

на южных скандинавов будет интересно посмотреть, вдруг N1c найдут=))

N1c наверняка будут так как помимо Скандинавии представлены Эстония и Литва. С учетом того что псковко-смоленские мезолитчики N1c там уже 4500 лет под бронзу в том регионе подпадают.
http://armenpress.am/rus/news/808008/modern-armenian-genetically-closest-to-human-millennia-bc-4-2.html

Насчёт государств Прибалтики, Швеции и Норвегии я абсолютно не увеерен в наличии N1c в образцах того времени.
По подсчётам все ныне живущие представители N1c, проживающие на данных территориях, имеют своих общих предков  во времена, намного близкие к сегодня. Скорее всего, N1c еще не добрались до данных регионов в период 4-5 тысяч лет назад с территории северной России (N1c-Z1936), а некоторые, возсможно, ещё не перебрались в Европу из Сибири (N1c-VL-29).

[Шад]

Есть даже файлы в формате BAM
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021

[FenriR]

Есть даже файлы в формате BAM
http://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB9021

что радует - не надо опять лезть в линукс и обрабатывать данные 3-4 инструментами)
запустил первого (2.6 гига), ув. Srkz - шестого (1.2 гига)

[пенелопа]

запустил первого (2.6 гига), ув. Srkz - шестого (1.2 гига)

Ждем результаты Занятно.

[FenriR]

запустил первого (2.6 гига), ув. Srkz - шестого (1.2 гига)

Ждем результаты Занятно.

только запаситесь терпением - дело это не быстрое)

[пенелопа]

только запаситесь терпением - дело это не быстрое)

Это я в курсе Запаслась заранее. 

[FenriR]

только запаситесь терпением - дело это не быстрое)

Это я в курсе Запаслась заранее. 

и да, надеюсь мы не попадем с первой же попытки на древних земледельцев)