Вопрос по тесту митохондриальной ДНК (просветите новичка)

[Valery]

Счетчик возраста Вадима Урасина наверное дает такую величину для клады из троих идентичных.

[Навля]

Доброго дня!
Правильно ли понимаю, что два (+ископаемый) образца живут в настоящее время с мутацией которая образовалась 8700 лет назад ?
Спасибо!

[Valery]

Доброго дня!
Правильно ли понимаю, что два (+ископаемый) образца живут в настоящее время с мутацией которая образовалась 8700 лет назад ?
Спасибо!

да, абсолютно

[Навля]

Доброго дня!
Правильно ли понимаю, что два (+ископаемый) образца живут в настоящее время с мутацией которая образовалась 8700 лет назад ?
Спасибо!

да, абсолютно

Спасибо.
У этих двух образцов общая мать родилась около 1840 года.
Прикольно, что мутация столько лет может существовать.

[Valery]

Я не совсем понял. Разве они идентичны предку, жившему 9000 лет назад и не имеют привата? Кто тогда 1 и 2, имеющие общую 16294T, отличающую их от предка? Как соотносятся брянские на дереве с вашими 1 и 2?

Удивления достоин именно случай "неизменности" линии много тысяч лет. Но и он не уникален, разве что несколько меньше, 5000-6000 лет. Например, крупные неолитические клады H и JT в Европе и D в Китае имеют такие линии. В Европе например есть под сотню полных сиквенсов T1a1, идентичных предку, жившему 5000 лет назад.

[Yaroslav]

Я, кстати, давно хотел узнать. Поэтому, воспользуюсь случаем.

Вот эти например три образца HV4a1-a* (2 русских и болгарский) со ВБОПом ~8700 лет - у каждого из этих трёх образцов HV4a1-a* свои приваты, или у них вообще за эти почти девять тысяч лет не возникло ни одного привата? Или же может быть оба варианта, смотря у кого как?

Потому что я видел целые гроздья образцов в таких ~20000-летних антиквариатах типа H* или K1* - это всё народ с пока что приватными мутациями у каждого? Не может же быть, что за ~20000 лет у людей в митохондриях не было ни одной мутации.

[Навля]

Я не совсем понял. Разве они идентичны предку, жившему 9000 лет назад и не имеют привата? Кто тогда 1 и 2, имеющие общую 16294T, отличающую их от предка? Как соотносятся брянские на дереве с вашими 1 и 2?

Удивления достоин именно случай "неизменности" линии много тысяч лет. Но и он не уникален, разве что несколько меньше, 5000-6000 лет. Например, крупные неолитические клады H и JT в Европе и D в Китае имеют такие линии. В Европе например есть под сотню полных сиквенсов T1a1, идентичных предку, жившему 5000 лет назад.

Спасибо.
Не, выше в сообщениях были другие совпаденцы.
В сообщении от сегодня другой случай.
2 образца на дереве yfull (id:YF94583,  id:YF89723)   имеют общую мать около 1840 года рождения.
Может возраст еще изменится в обновлении на yfull




1 обраец



2 образец

[Valery]

1 обраец



2 образец

у них есть 16189C и вернулась обратно 16221. Это уже много отличий от гаплогруппного предка!

[Valery]

Так что как пример неизменности они не катят. Мой пример выше с T1a1 поярче будет: 0 мутаций за 5000 лет это меньше, чем 2 за 9000 лет.

[Valery]

Потому что я видел целые гроздья образцов в таких ~20000-летних антиквариатах типа H* или K1* - это всё народ с пока что приватными мутациями у каждого? Не может же быть, что за ~20000 лет у людей в митохондриях не было ни одной мутации.

без приватностей - это когда на YFull есть клада с именем вида HG* и под ней образцы.
например тут:

https://www.yfull.com/mtree/T1a1/

Среди них есть:

- реально разные немутантные линии, сходящиеся к древнему предку
- разные некогда мутантные линии с обратными заменами
- клады с недавним предком без мутаций (или мутировавшим обратно), у которого бывают потомки и без мутаций, и с мутациями, последние - повешены с этим приватом на дереве совсем в другом месте


Все это нереконструируемые события.

[Valery]

Реконструкция деревьев без мутаций (такие ветви в традиционной филогенетике сжимаются, collapsed) - несколько иной предмет, чем реконструкция по мутациям. Парсимония и праводоподобие не работают с отсутствием мутаций. С точки зрения этих подходов линки без мутаций имеют фиксированную нулевую стоимость и тривиальное правдоподобие. Но Байес может с этим работать, тк он моделирует рождения и смерти безотносительно наличия мутаций.

Однако его работа здесь специфична. Более всего на результат влияет выбор relaxed clock vs strict clock - как скорррелированы мутационные длины ветвей в разных частях дерева. При выборе первой установки допускается довольно долгая жизнь без мутаций, соответственно лезет большое число линий, восходящий к общему предку без единой мутации. Вторая установка наоборот в своей крайности поместит все идентичные сиквенсы HG* под одного недавнего предка. То есть различия тут в общей длине времени, которое не возникает мутаций: таковое допускается либо большим, либо меньшим, программа оценивает правдоподобие по этой установке. Стандартная же функция ML работает только с матрицей замен, не умея оценивать правдоподобие "жизни без мутаций", тк чистый ML не знает времени, как и парсимония (MP).

Поскольку выбор клока strict vs relaxed зависит от воли исследователя, то вывод: как захочу, так и будет 

[Valery]

Дерево YFull является парсимонным с коллапсом (почти) всех non-leaf линков. Это значит, что идентичные сиквенсы не помещаются в корень своей клады HG, а подвешиваются на отдельном техническом узле HG*. Это условность передачи, это не значит, что живые динозавры связаны близким родством! Они могут иметь более мутантных близких родственников в виде отдельно стоящих под узлом HG таксонов, с их приватом.

Мое старое дерево околодесятилетней давности следовало тому же принципу, например под узлом T1a1 помещался технический узел для подвешивания живых динозавров.

[Valery]

Мое старое дерево

Разве что последний столбец вот этой таблицы может представлять интерес с т.зр. определения веса мутаций: величина, обратная нормированному на медиану значению, коррелирует с "тяжестью" мутационного перехода.

[Bakalavrr]

Одной моей приватной  8640T нет в таблице остальные есть.

[Valery]

этой таблице годочков уже 9 будет, и то она сделана не по всем на тот момент данным. Я занимался мт с начала 00х по 2013.