АвторТема: J2a-PF5197  (Прочитано 8152 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
J2a-PF5197
« : 09 Март 2015, 22:24:07 »
Получил результаты интерпретации своего секвенса в FullGenomes  командой YFULL (пока без STRов).
Прежде всего, хочется сравнить продукт FullGenomes и BigY (делал для другой своей предковой линии):

и

Таким образом, имеем:
размер файла после обрезания ненужного 2,3 Гб против 0,5 Гб;
длину покрытия 89% против 55%;
"no call" в BigY в 4 раза больше!

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #1 : 09 Март 2015, 22:35:42 »
Далее: получил в приватные только лишь с надежность 4 звездочки 15(!) "именных" снипа (в основном с префиксом PF). Что-то мне подсказывает, что не такие уж они и приватные. Я так понимаю, что это лишь вопрос времени.
 PF5182   level J-PF5177  private   
 PF5185   level J-PF5177  private   
 PF5195   level J-PF5177  private   
 PF5198   level J-PF5177  private   
 PF5222   level J-PF5177  private   
 PF5228   level J-PF5177  private   
 PF5229   level J-PF5177  private
 PF5236   level J-PF5177  private   
 PF5251   level J-PF5177  private   
 PF5252   level J-PF5177  private   
 PF5254   level J-PF5177  private
 PF5256   level J-PF5177  private   
 PF7427   level J-PF5177  private
 PF6831   level J-PF5177  private   
 Z4677     level J-PF5177  private   

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #2 : 09 Март 2015, 22:41:58 »
Всего новелей 104 штуки

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #3 : 03 Апрель 2015, 13:00:10 »
Сегодня YFULL завершили  интерпретацию STR. Как и ожидалось совпаденцев небогато

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #4 : 10 Май 2015, 02:03:22 »
Благодаря любезности уважаемого Шада, удалось ознакомиться с приложением к работе Francalacci et al. 2015, в котором имеются данные по сиквенсу более тысячи сардинцев.
В принципе, давным-давно известно, что на Сардинии обитают интересные мне J2a-PF5174. Радужные ожидания меня не подвели: среди протестированых оказались: 1 представитель Z6092 и 2 представителя PF5177 (если не считать странного образца №871, у которого обозначено всего три собственных снипа и, я так понял, он почти полностью идентичен №876, поэтому его в расчет не берем). Ветвь J2a-Z6092, по очевидным причинам, лично для меня менее интересна, чем J2а-PF5177, в связи с этим о ней напишу потом.
А как раз с  PF5177 всё получилось очень удачненько :) Напомню, что на дереве YFull на данный момент присутствуют 2 образца данного субклада: YF02989 (ваш покорный слуга) и YF02305 (некий господин Хиггинс). 
И надо же было так удачно получиться, что один из протестированных по снипам явно проявил удивительную близость к моему образцу (общих до 15 снипов и до 12 новелей), а второй - не менее удивительную к образцу Хиггинса (общих до 11 снипов и до 7 новелей) :D
Таким образом, вышеуказанная работа показала наличие как минимум двух древних, четко определяемых субкладов под PF5177. С чем я себя и поздравляю :)
Нужно срочно писать ребятам в YFull, чтобы застолбить номера за новелями, превратившимися в снипы ;D
Соответсвующий слайд в следующем посте,

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #5 : 10 Май 2015, 02:32:01 »
Очевидно, будут уточнения, но пока так:

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #6 : 12 Май 2015, 09:14:57 »
Снип FGS16686/Y5621 стабильно  маркирует уровень PF5174. Но на дереве YFULL он отсутсвует. Интересно было бы получить комментарий.

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #7 : 14 Май 2015, 13:38:45 »
Теперь про обещанного J2a-Z6092 из работы Francalacci et al. 2015.
В статье он присутствует в единственном экземпляре - №685. У него подтверждено 8 снипов уровня Z7308, включая сам этот снип, и всего один (!) из 37 указанных на дереве YFULL снипов уровня Z6092. При этом у образца №685 имеется еще один снип в позиции 9900031, который хорошо маркирует  уровень Z6092 и которого на данный момент нет на дереве YFULL. Обозначение данного снипа в статье  - FJ1171.

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #8 : 04 Сентябрь 2015, 15:38:25 »
Хорошая новость для субклада:
Солгасно https://genetiker.wordpress.com/2015/09/01/more-y-snp-calls-from-iron-and-bronze-age-bulgaria/#comments

Фракиец К8 оказался из ветки J2а-PF5197, точнее
J2-M410-PF4610-L26-PF5087-PF5160-PF5197-YSC0000253-Z7402

Думаю, болгарину YSC0000253+, YSC0000246+ эта новость будет особенно приятна :)

Оффлайн JaG

  • Сообщений: 504
  • Страна: fm
  • Рейтинг +131/-0
  • Y-ДНК: J2a-L556 (Y13511+)
  • мтДНК: H5c2
Re: J2a-PF5197
« Ответ #9 : 04 Сентябрь 2015, 20:23:43 »
Звезда геномного фричества Genetiker в новом эпизоде сериала "Shit in - shit out".

В предыдущей серии Genetiker показал, что женщины доколумбовой культуры Chachapoya принадлежали к мужской гаплогруппе G.

Достигнув нового уровня, Genetiker сражается с геномом К8, извлеченным из моляра найденного в древнем тракийском погребении. Этот геном поставил в тупик ученых авторов оригинальной статьи, т.к. оказался  (а) женским ( déjà vu ?), (б) нетипичным для древней ДНК, (в) с недостаточным покрытием даже для определения митогаплогруппы. Авторы списали это на контаминацию и сим ограничились. Но разве низкое качество и проблематичность выделенной ДНК остановит настоящего бойца геномного фронта. Еще АКадемик показал, что и по 6 Y-STR можно писать мировую историю, а тут целые куски генома. А не завалялись ли в этом мусоре несколько дюжин снипов игрек хромосомы? Для геномного фрика ответ очевиден.

References:
1. Carpenter et al (2013)
2. Dimitrova (2012)

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #10 : 05 Сентябрь 2015, 21:40:33 »
JaG, спасибо за подсказку. Впредь буду знать. Сам поленился проверить источник.

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #11 : 04 Ноябрь 2015, 21:57:11 »
За последнее время в ветке PF5174 произошли значимые события. Это касается в первую очередь подветки Z7308, параллельной к PF5177. Ранее существование это подветки было установлено с помощью образцов 1000 геномов. При этом были не известны STR-маркёры этих образцов, а соответсвенно никто понятия не имел, какие из уже имеющихся гаплотипов могут быть отнесены к Z7308.
Благодаря результатам  БигУ #115615 Fakhro и J2a SNP-Pack #297963 Pickering у нас теперь имеется 2 подтверждённых гаплотипа Z7308>Z6082. Дополнительную ценность этому факту придаёт то обстоятельство, что один из них - арабский, а другой - европейский.
Всего же на сегодня можно с достаточной уверенностью отнести к этой подветке 5 кластеров, из которых 3 арабских (Катар, Саудовская Аравия, ОАЭ) и 2 европейских (Британия, Италия).
Кроме того, на днях заказан ещё один БигУ продиктованного по STR араба (а теперь мы знаем как они выглядят :) ) как Z6082. Надеюсь, это позволит определить снипы, маркирующие аравийскую ветвь и определить время её формирования.
Добавлю, что  до сих пор не выявлено ни одно образца с тестированными STR, принадлежащего к сестринской  по отношению к Z6082 ветке Z6092, к которой относятся упоминавшиеся мной раннее сардинцы из работы Francalacci.

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #12 : 20 Ноябрь 2015, 10:09:59 »
В YFull приступили к размещению на дереве сардинских образцов из работы Francalacci. За что ребятам из YFull большое спасибо! "Мой" сардинец уже на ветке

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #13 : 10 Декабрь 2015, 00:11:18 »
С нетерпением ждал появления 18-ой версии дерева YFull.  Было очень  интересно узнать как внедрённый к нам сардинец повлияет на расклад внутри PF5177. Увы, на этот раз повезло Хиггинсу: сардинец оказался с его ветки (вероятно, это был образец 868). Надеюсь, со временем ребята добавят на дерево и сардинца с моей веточки, например, образец  876 ::)
О "распределении" сардинцев здесь: http://forum.molgen.org/index.php/topic,7979.msg295978.html#msg295978
В итоге получилась такая картина:


Ещё удивил скачек во времени в определении общего предка для новой подветви PF7421 (Хигггинс-сардинец). Всего 15 новых снипов и 9300 лет превратились в 1500 лет :-\

Оффлайн mikhail a.Автор темы

  • Сообщений: 1474
  • Страна: ru
  • Рейтинг +472/-0
  • Y-ДНК: J2a-PF5252
  • мтДНК: T2b
Re: J2a-PF5197
« Ответ #14 : 16 Декабрь 2015, 00:22:46 »
Отличная новость для ветви J2-PF5174: 324519 Abdulrahman, Kuwait - заказал снип-пакет J-M172! Таким образом, скоро прояснится позиция ещё одного интересного кластера "PF5169+ L1064- DYS391=9 DYS392=12". Очевидно, что это будет PF5174, а вот далее уже интереснее...

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.