АвторТема: Полный сиквенс генома от Full Genomes  (Прочитано 4143 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 213
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #15 : 02 Март 2015, 01:44:51 »
How about autosomal STRs?
Honestly, I don't know how many STRs exist in whole autosomal genome but is it possible to receive at least 26-markers panel (like DNAtribes example below)?



It depends on the beta results. My hypothesis would be that at least 15x is required for STRs, depending on the STR in question. The read length for this is 150bp.

Оффлайн forbid

  • Сообщений: 76
  • Страна: 00
  • Рейтинг +41/-0
  • Y-ДНК: R-YP969* YP969/FGC4529
  • мтДНК: H1e2
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #16 : 20 Ноябрь 2015, 10:39:12 »
Есть ли смысл делать Whole Genome Sequencing 2x или 4x?
10 и 30 точно не потяну.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 6835
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3620/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #17 : 20 Ноябрь 2015, 11:04:58 »
Есть ли смысл делать Whole Genome Sequencing 2x или 4x?
10 и 30 точно не потяну.
Нет, 4х будет очень много непрочитанных вариантов. 10х еще куда ни шло (хотя тоже не фонтан).

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #18 : 20 Ноябрь 2015, 14:12:35 »
Интересный пост о сравнении FGC Y Elite 2.0 и BigY от FTDNA
http://www.it2kane.org/2015/11/which-ngs-test-to-take/

Но интересно даже не само сравнение, а подробности о наличии в сиквенсе данных по другим хросомомам (кроме Y). Я, в принципе,и раньше встречал эту информацию при просмотре BAM-файлов, но сейчас возникли вопросы:

1) являются ли отсеквенированные участки других хромосом относительно постоянными при покупке тестовых продуктов, ориентированных на Y-хромосому? Или это просто побочный эффект от NGS и у разных клиентов секвенируются случайным образом разные участки аутосом?
2) если эти это одни и те же участки, то прослеживается ли перекрытие с аутосомными снип-панелями FF FTDNA и 23&Me? Можно ли использовать эти данные для этнокалькуляторов или диагностики заболеваний / определения наследуемых признаков?
3) планирует ли FGC предоставлять такую аналитику клиентам?

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.