АвторТема: Полный сиквенс генома от Full Genomes  (Прочитано 4134 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Новая опция - по 65 долларов за однократное покрытие (x1) с возможностью масштабирования.
То есть можно за 130 долларов сделать х2 и так далее.
http://manuelcorpas.com/2015/02/23/just-ordered-my-whole-genome-sequence-for-130-2x/

Цитировать
Having friends who share your passion has its advantages. Dan Bolser put me in contact with Justin Loe who together with Greg Magoon lead the FullGenomes company. FullGenomes has now teamed with a Chinese company, Novogene, located in Beijing, and are able to provide multiples of 1x whole genome sequencing for $65 each. Apparently, the co-creator of the well known genome assembler SOAPdenovo, Dr. Ruiqiang Li, is Novogene’s CEO.
I wanted to give it a try and since I am short of cash these days, I am spending $130 for a 2x whole sequencing of my personal genome. The good thing about this deal is that the libraries are stored and can be used later if I have some more cash or I want to sequence the DNA with newer technologies.
Justin has just told me that he has sent me 10 Biomatrica kits, which will be delivered promptly to my home address. It’s being a while since I have not felt the excitement of delving into the depths of our family genomes, but it seems that the time is ripe, the technology sufficiently accessible and the price affordable enough for the Corpas family to embark on the ultimate genome sequencing journey, the sequencing of our whole genomes.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #1 : 01 Март 2015, 19:05:27 »
То есть, скажем, если кто-то решит сделать с покрытием х50, полный геном обойдётся в 3250 долларов.
Правильно понял?

Оффлайн ШадАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6330
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1285/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #2 : 01 Март 2015, 22:27:03 »
То есть, скажем, если кто-то решит сделать с покрытием х50, полный геном обойдётся в 3250 долларов.
Правильно понял?

Из текста следует, что так:)
Фаундеры пока молчат.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 213
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #3 : 01 Март 2015, 22:34:02 »
То есть, скажем, если кто-то решит сделать с покрытием х50, полный геном обойдётся в 3250 долларов.
Правильно понял?

Из текста следует, что так:)
Фаундеры пока молчат.

Hello,

That is correct. $65/1x.
Это правильно. $65/1x
So
1x = $65
5x = $325 [corrected]
50x = $3250

Note.
30x is $1850
« Последнее редактирование: 01 Март 2015, 22:42:00 от warwick »

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #4 : 01 Март 2015, 22:48:20 »
Hello,

That is correct. $65/1x.
Это правильно. $65/1x
So
1x = $65
5x = $325 [corrected]
50x = $3250

Note.
30x is $1850

Thank you for details.
I'm just curious, which coverage is "reasonable" by you? I ask about price-quality ratio.
x10?
x20?
x30?
etc.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 213
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #5 : 01 Март 2015, 22:51:20 »
Hello,

That is correct. $65/1x.
Это правильно. $65/1x
So
1x = $65
5x = $325 [corrected]
50x = $3250

Note.
30x is $1850

Thank you for details.
I'm just curious, which coverage is "reasonable" by you? I ask about price-quality ratio.
x10?
x20?
x30?
etc.

It depends on the goal. For example, the Y chromosome tests are generally 30x or better coverage. Some research studies are done at 5x coverage. It depends on the quality of the software and the goal of the test.

If you want 99.9% certainty then you need > 30x coverage.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #6 : 01 Март 2015, 22:53:35 »
Could you estimate no-calls percentage for x30?

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 213
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #7 : 01 Март 2015, 22:55:52 »
Could you estimate no-calls percentage for x30?

We already sequenced pilot samples at 30x coverage. So, we can estimate the number of no-calls from that. I'll look into it.

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #8 : 01 Март 2015, 22:59:46 »
I'll look into it.
Just to compare, here is the last results for one of my samples FTDNA (lab processing) + Yfull (interpretation):

Цитировать

ChrY BAM file size:   0.72 Gb   
Reads (all):   12080535   
Mapped reads:   12080535 (100.00%)   
Unmapped reads:   0   
Length coverage:   13929068 bp (54.30%)   
Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   7288X   
Mean depth coverage:   91.23X   
Median depth coverage:   60X   
No call:   11724498 bp

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 213
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #9 : 01 Март 2015, 23:02:04 »
I'll look into it.
Just to compare, here is the last results for one of my samples FTDNA (lab processing) + Yfull (interpretation):

Цитировать

ChrY BAM file size:   0.72 Gb   
Reads (all):   12080535   
Mapped reads:   12080535 (100.00%)   
Unmapped reads:   0   
Length coverage:   13929068 bp (54.30%)   
Min depth coverage:   1X   
Max depth coverage:   7288X   
Mean depth coverage:   91.23X   
Median depth coverage:   60X   
No call:   11724498 bp

Right, but a number of well-known SNPs are no-calls on the Big Y as I recall.

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9556
  • Страна: gr
  • Рейтинг +883/-130
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #10 : 02 Март 2015, 00:19:40 »
интересно по тесту  "  x1 "  можно получить 460 STR маркеров после интерпретации?

Оффлайн Centurion

  • 100% Earth (Solar System) genofond
  • Администратор
  • *****
  • Сообщений: 9589
  • Страна: ru
  • Рейтинг +571/-2
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #11 : 02 Март 2015, 00:24:21 »
интересно по тесту  "  x1 "  можно получить 460 STR маркеров после интерпретации?
однозначно - нет.

Оффлайн warwick

  • Сообщений: 213
  • Рейтинг +65/-0
  • Y-ДНК: R1b U106
  • мтДНК: K1a1b1a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #12 : 02 Март 2015, 00:24:58 »
интересно по тесту  "  x1 "  можно получить 460 STR маркеров после интерпретации?

The 1x test is not for the Y chromosome. For that, Y Prime, Y Elite or 30x whole genome is required.

Тест 1x не для Y-хромосомы. Для этого, Y премьер, Y Elite или 30x весь геном требуется.

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9556
  • Страна: gr
  • Рейтинг +883/-130
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #13 : 02 Март 2015, 00:39:44 »
Тоесть регионы Y-dna этим тестом вообще не тестируются?
Только аутосомы?

Оффлайн Mich Glitch

  • Genus regis
  • Модератор
  • *****
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Re: Полный сиквенс генома от Full Genomes
« Ответ #14 : 02 Март 2015, 01:38:26 »
How about autosomal STRs?
Honestly, I don't know how many STRs exist in whole autosomal genome but is it possible to receive at least 26-markers panel (like DNAtribes example below)?


 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.