АвторТема: Сравнение ВБОПов и возрастов субкладов, рассчитанных по снипам и СТРам  (Прочитано 2106 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Коллеги,
В связи с выходом статьи по расчёту ВБОПов с помощью снипов, предлагаю в данной ветке форума сравнить возрасты субкладов, полученные ранее на основании СТР филогении с возрастами, исчисленными по снипам.

:)

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6691
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1025/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Коллеги,
В связи с выходом статьи по расчёту ВБОПов с помощью снипов, предлагаю в данной ветке форума сравнить возрасты субкладов, полученные ранее на основании СТР филогении с возрастами, исчисленными по снипам.

:)
У меня получилось что возраста хронологически в 2-7 тыс. лет вполне сходятся на верхней границе интервала.
А вот старше 8 тыс. лет получилось что возраста по снипам приближаются к расчетам по скоростям Животовского, т.е. чем глубже - тем нужнее эта его поправка и коэффициент.
Причем если до 7 тыс. лет расчет по СТР с генеалогической скоростью можно использовать, то при более старших я бы использовал только снип-метод, все таки главное его отличие, что он не требует ввода поправок.

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a
Евгений,
Можно небольшую сводку табличку, пожалуйста?
Название субклада - вилка датировок по СТРам - вилка по снипам.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6691
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1025/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
Евгений,
Можно небольшую сводку табличку, пожалуйста?
Название субклада - вилка датировок по СТРам - вилка по снипам.
Михаил,

N-CTS8173 по снип-методу 1650-2600. По СТР-методу (ВП)~2100.
N-L1025 по снип-методу 2200-2900. По СТР-методу (ВП) ~2900.
N-L550 по снип-методу 2300-3100. По СТР-методу (ВП) ~3300.
N-L1026 по снип-методу 3400-4800. По СТР-методу (ВП) ~6000.

А вот дальше получается что в глубину возраста по снипам наоборот стали выше чем по СТР
N-M178 по снип-методу 9600-13800. По СТР-методу (ВП)~7000.
N-L729 по снип-методу 13100-16700. По СТР-методу (ВП)~9000.
N по снип-методу 19700-24200. По СТР ~ 12000.

***Возраста по снипам взял у yfull. Возраст для обоих методов указан как TMRCA.

Оффлайн Eugene

  • Санктпетербурхъ
  • Сообщений: 6691
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1025/-41
    • N1c1 Y-DNA Project
  • Y-ДНК: N-BY32524
  • мтДНК: U-C1341T
а можно ссылочку на табличку или программку определения возраста по СТР-методу (ВП)  - наиболее правдоподобную..
Все вручную посчитано.
Сам метод выб. пар описан в статье RJGG.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Мы исходили из допущения, что mutation rate - это именно константа, что и отражено в названии статьи.
Хотя я не только допускаю, но и скорее уверен в том, что константой она является только на определенном временном промежутке. На мой взгляд, влияние среды обитания и условий жизни на mutation rate присутствует, но в современных условиях мы не имеем никакого инструментария для исследования этого феномена.
Таким образом, мы исходим из того, что это влияние является незначительным и не влияет на величину mutation rate (по крайней мере в пределах вычисленного доверительного интервала).

Оффлайн Mich GlitchАвтор темы

  • Genus regis
  • Сообщений: 37027
  • Страна: ca
  • Рейтинг +3757/-48
  • Y-ДНК: J2b1
  • мтДНК: H6a1a5a

Оффлайн Farroukh

  • Maternal Y-DNA: R1b-L584
  • ...
  • Сообщений: 15197
  • Страна: az
  • Рейтинг +4562/-16
  • Paternal Mt-DNA: M9a1b1
    • Azerbaijan DNA Project
  • Y-ДНК: E-Y37518
  • мтДНК: F2f1
Приведу на личном примере случай нетривиальных значений локусов, которые удревняют ВБОП.
Итак, по SNP между мной и субъектом 21 поколение (~650 лет).

При этом по STR у нас:
  • на 67 маркёрах дистанция 25 шагов (при типично ожидаемых 6 шагах)
  • на 37 маркёрах дистанция 14 шагов (при типично ожидаемых 4 шагах)
  • на 25 маркёрах дистанция 7 шагов (при типично ожидаемых 2 шагах)
  • на 12 маркёрах дистанция 3 шага (при типично ожидаемом полном совпадении)

Все те, у кого со мной 12/12 - из крайне далёких от меня субкладов (точка коалесценции 20 тыс. лет назад)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.