АвторТема: ДНК от Estonian biocentre  (Прочитано 9049 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #15 : 01 Март 2015, 06:05:43 »
Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.
Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #16 : 01 Март 2015, 06:08:50 »
И долго пытался понять, что за номенклатура такая ???
На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )
Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?
Обрабатываю VCF файл.

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9369
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2669/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #17 : 01 Март 2015, 09:13:02 »
Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?
Процитирую свое объяснение другому товарищу:

Ну скачай табличку http://evolbio.ut.ee/chrY/Y_data_metainfo.xlsx
там выбери интересную персону и скопируй ее номер в графе "Deliverable_ID"
потом в http://evolbio.ut.ee/chrY/
поиск по номеру, входишь в папку, потом папка ASM/
там находишь файл начинающийся с var_chrY...
скачивай, разархивируй, открой Экселем и ищешь по позициям интересующий снип

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #18 : 01 Март 2015, 10:06:43 »
Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?
Процитирую свое объяснение другому товарищу:

Ну скачай табличку http://evolbio.ut.ee/chrY/Y_data_metainfo.xlsx
там выбери интересную персону и скопируй ее номер в графе "Deliverable_ID"
потом в http://evolbio.ut.ee/chrY/
поиск по номеру, входишь в папку, потом папка ASM/
там находишь файл начинающийся с var_chrY...
скачивай, разархивируй, открой Экселем и ищешь по позициям интересующий снип


Точно!

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #19 : 01 Март 2015, 11:16:15 »
Зачем Эксель?
Обрабатывайте в vcftools.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #20 : 01 Март 2015, 11:28:51 »
У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #21 : 01 Март 2015, 11:33:01 »
У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Я использую Ultra Edit под Windows. Читает большие файлы без проблем.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #22 : 01 Март 2015, 11:43:48 »
Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.
Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то  GoldenStandard)

Обследуемая область состоит из 10 регионов со следующими координатами (в единицах физической карты генома).

2549807 3017723
6516752 9300000
9700000 10000000
13770438 16195786
16070614 18086473
17917095 18371273
18437846 19667356
20932221 22316158
22413120 23597661
28357993 28906758

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #23 : 01 Март 2015, 11:44:40 »
У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Поставьте себе Ubuntu, Linux Mint, CentOS или любой другой Linux на dual boot, либо виртуальную машину через VirtualBox.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #24 : 01 Март 2015, 11:48:52 »
Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.
Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то  GoldenStandard)
Пересечение Big Y и Poznik et al (2013) - это область combBED из статьи Адамова и др. по калибровке скорости мутаций. В данных от Эстонского биоцентра вижу, что область чтения побольше будет.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #25 : 01 Март 2015, 11:52:11 »
У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Поставьте себе Ubuntu, Linux Mint, CentOS или любой другой Linux на dual boot, либо виртуальную машину через VirtualBox.
Ооо, сколько головняка. Пожалуй, обойдусь Экселом.

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #26 : 01 Март 2015, 11:55:01 »
Никакого головняка :)  А без Linuxа сложно - так как практически весь биоинформатический софт пишется под него.

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #27 : 01 Март 2015, 12:04:29 »
Никакого головняка :)  А без Linuxа сложно - так как практически весь биоинформатический софт пишется под него.
Я не продвинутый пользователь в плане операционных систем. Все, что было заточено и накоплено под Виндоуз - это пропадет?

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #28 : 01 Март 2015, 12:25:13 »
Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.
Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то  GoldenStandard)

Обследуемая область состоит из 10 регионов со следующими координатами (в единицах физической карты генома).

2549807 3017723
6516752 9300000
9700000 10000000
13770438 16195786
16070614 18086473
17917095 18371273
18437846 19667356
20932221 22316158
22413120 23597661
28357993 28906758

Для примера. Есть снип Y9303 (5275287AG) - он не попадает в область измерения?

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #29 : 01 Март 2015, 13:04:23 »
Этот вопрос не ко мне.
Вышеуказанный интервал фигурирует у них везде в качестве  "высококачественного региона".
Я не знаю, содержат ли опубликованные сиквенсы весь сиквенс, или только его подмножество.

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.