0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.
Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.
Цитата: Lesla от 28 Февраль 2015, 23:00:56Цитата: Yaroslav от 28 Февраль 2015, 20:05:44И долго пытался понять, что за номенклатура такая На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?
Цитата: Yaroslav от 28 Февраль 2015, 20:05:44И долго пытался понять, что за номенклатура такая На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )
И долго пытался понять, что за номенклатура такая
Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?
Цитата: kirroid от 01 Март 2015, 01:45:44Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?Процитирую свое объяснение другому товарищу:Ну скачай табличку http://evolbio.ut.ee/chrY/Y_data_metainfo.xlsxтам выбери интересную персону и скопируй ее номер в графе "Deliverable_ID"потом в http://evolbio.ut.ee/chrY/поиск по номеру, входишь в папку, потом папка ASM/там находишь файл начинающийся с var_chrY...скачивай, разархивируй, открой Экселем и ищешь по позициям интересующий снип
У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.
Цитата: Шад от 28 Февраль 2015, 23:08:56Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.
Цитата: Nimissin от 01 Март 2015, 06:05:43Цитата: Шад от 28 Февраль 2015, 23:08:56Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то GoldenStandard)
Цитата: Nimissin от 01 Март 2015, 11:28:51У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.Поставьте себе Ubuntu, Linux Mint, CentOS или любой другой Linux на dual boot, либо виртуальную машину через VirtualBox.
Никакого головняка А без Linuxа сложно - так как практически весь биоинформатический софт пишется под него.
Цитата: Nimissin от 01 Март 2015, 06:05:43Цитата: Шад от 28 Февраль 2015, 23:08:56Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то GoldenStandard)Обследуемая область состоит из 10 регионов со следующими координатами (в единицах физической карты генома).2549807 30177236516752 93000009700000 1000000013770438 1619578616070614 1808647317917095 1837127318437846 1966735620932221 2231615822413120 2359766128357993 28906758