ДНК от Estonian biocentre

[Nimissin]

Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.

Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

[Nimissin]

И долго пытался понять, что за номенклатура такая

На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )

Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?

Обрабатываю VCF файл.

[Lesla]

Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?

Процитирую свое объяснение другому товарищу:

Ну скачай табличку http://evolbio.ut.ee/chrY/Y_data_metainfo.xlsx
там выбери интересную персону и скопируй ее номер в графе "Deliverable_ID"
потом в http://evolbio.ut.ee/chrY/
поиск по номеру, входишь в папку, потом папка ASM/
там находишь файл начинающийся с var_chrY...
скачивай, разархивируй, открой Экселем и ищешь по позициям интересующий снип

[Шад]

Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?

Процитирую свое объяснение другому товарищу:

Ну скачай табличку http://evolbio.ut.ee/chrY/Y_data_metainfo.xlsx
там выбери интересную персону и скопируй ее номер в графе "Deliverable_ID"
потом в http://evolbio.ut.ee/chrY/
поиск по номеру, входишь в папку, потом папка ASM/
там находишь файл начинающийся с var_chrY...
скачивай, разархивируй, открой Экселем и ищешь по позициям интересующий снип

Точно!

[I2a1a]

Зачем Эксель?
Обрабатывайте в vcftools.

[Nimissin]

У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

[Шад]

У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Я использую Ultra Edit под Windows. Читает большие файлы без проблем.

[I2a1a]

Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.

Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то  GoldenStandard)

Обследуемая область состоит из 10 регионов со следующими координатами (в единицах физической карты генома).

2549807 3017723
6516752 9300000
9700000 10000000
13770438 16195786
16070614 18086473
17917095 18371273
18437846 19667356
20932221 22316158
22413120 23597661
28357993 28906758

[I2a1a]

У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Поставьте себе Ubuntu, Linux Mint, CentOS или любой другой Linux на dual boot, либо виртуальную машину через VirtualBox.

[Nimissin]

Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.

Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то  GoldenStandard)

Пересечение Big Y и Poznik et al (2013) - это область combBED из статьи Адамова и др. по калибровке скорости мутаций. В данных от Эстонского биоцентра вижу, что область чтения побольше будет.

[Nimissin]

У меня Windows 8. Не смог загрузить vcftool. Вынужден пользоваться вордпадом. Большие файлы вордпад не может читать. Тогда использую VIM.

Поставьте себе Ubuntu, Linux Mint, CentOS или любой другой Linux на dual boot, либо виртуальную машину через VirtualBox.

Ооо, сколько головняка. Пожалуй, обойдусь Экселом.

[I2a1a]

Никакого головняка   А без Linuxа сложно - так как практически весь биоинформатический софт пишется под него.

[Nimissin]

Никакого головняка   А без Linuxа сложно - так как практически весь биоинформатический софт пишется под него.

Я не продвинутый пользователь в плане операционных систем. Все, что было заточено и накоплено под Виндоуз - это пропадет?

[Шад]

Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.

Согласен! Сижу в N1c1 и С3с. Авторам спасибо - замечательные данные. Жаль, не хватает мастерства вытащить размер области измерений. Но вижу, что область палиндромов выкинули.

BED региона был определен путем пересечения пяти разных стандартов (включая BigY, bed из статьи Позника, BWA quality и какой-то  GoldenStandard)

Обследуемая область состоит из 10 регионов со следующими координатами (в единицах физической карты генома).

2549807 3017723
6516752 9300000
9700000 10000000
13770438 16195786
16070614 18086473
17917095 18371273
18437846 19667356
20932221 22316158
22413120 23597661
28357993 28906758

Для примера. Есть снип Y9303 (5275287AG) - он не попадает в область измерения?

[I2a1a]

Этот вопрос не ко мне.
Вышеуказанный интервал фигурирует у них везде в качестве  "высококачественного региона".
Я не знаю, содержат ли опубликованные сиквенсы весь сиквенс, или только его подмножество.