АвторТема: ДНК от Estonian biocentre  (Прочитано 9067 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6185
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2439/-13
  • мтДНК: H1b
ДНК от Estonian biocentre
« : 27 Февраль 2015, 09:03:56 »
307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.


Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9566
  • Страна: gr
  • Рейтинг +883/-130
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #1 : 27 Февраль 2015, 17:11:29 »
307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.
Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?

Оффлайн Виталий77

  • Однодворец ищущий свои корни
  • Сообщений: 1514
  • Страна: ru
  • Рейтинг +468/-0
  • FTDNA: 297613
  • Y-ДНК: R1a-A7015
  • мтДНК: H13a1a1c
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #2 : 27 Февраль 2015, 17:25:01 »
307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.
Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?
Присоединяюсь к вопросу! Есть ли такая возможность?!

Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9566
  • Страна: gr
  • Рейтинг +883/-130
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #3 : 27 Февраль 2015, 18:43:47 »
307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.
Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?
Их страница подготавливается для публикации
-> http://evolbio.ut.ee/

Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1064
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #4 : 28 Февраль 2015, 16:31:07 »
Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3?  :-\

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #5 : 28 Февраль 2015, 18:27:00 »
Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3?  :-\

Похоже у них какая-то своя своеобразная нотация.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #6 : 28 Февраль 2015, 18:28:16 »
307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.
Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?

BAM, кроме двух A00, там нет.
YFull использует только данные в формате BAM, так что загрузки данных не будет.

Оффлайн Yaroslav

  • Сообщений: 17572
  • Страна: ru
  • Рейтинг +4195/-13
  • 76% East Europe + 17% Finland
  • Y-ДНК: J1a2b1a ZS3067, ЖМ: I2a1a2b1a1a1a1 FT37540, МЖМ: G2a2b1a1a1a2b2a FT159945
  • мтДНК: K1b1a1 T199C, МЖ: H13a1a1d
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #7 : 28 Февраль 2015, 20:05:44 »
Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3?  :-\

Похоже у них какая-то своя своеобразная нотация.

Да, что есть, то есть. Нашёл 16 своих братьев по M267:

MArab2   J1b1   Muslim-Arabs-Israel
Saudi1   J1b1   Saudi-Arabians
Saudi2   J1b1   Saudi-Arabians
ISR35   J1b2   Druze
Jord2   J1b4   Jordanians
ISR41   J1b1   Yemenite-Jews
Avar1   J1a1   Avars
Kumk2   J1a1   Kumyks
Lezg2   J1a2   Lezgins
Tabas4   J1a1   Tabasarans
Armen3   J1b1   Armenians
Azerb13   J1c   Azerbaijanis
Alban3   J1b3   Albanians
Armen2   J1b3   Armenians
Armen5   J1b5   Armenians
Armen4   J1b6   Armenians


И долго пытался понять, что за номенклатура такая ???

Оффлайн Lesla

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 9369
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2669/-9
  • FTDNA: 154400 (Big Y - 283049)
  • Y-ДНК: R1a-YP682 (VK06+)
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #8 : 28 Февраль 2015, 23:00:56 »
И долго пытался понять, что за номенклатура такая ???
На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6331
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1288/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #9 : 28 Февраль 2015, 23:08:56 »
Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.

Оффлайн asan-kaygy

  • ...
  • Сообщений: 9348
  • Страна: kz
  • Рейтинг +915/-5
  • Y-ДНК: R1a1a1b2a1a-L657+,Y9+,Y944+
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #10 : 28 Февраль 2015, 23:53:38 »
статья полностью в марте должна выйти

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +757/-8
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #11 : 01 Март 2015, 00:27:46 »
Интересует вопрос, насколько топология NJ-деревьев (полученные в программе BEAST по элайнментам этих сиквенсов) соответствует истинному мутационному дереву? Сейчас у меня нет времени проверять, но возможно кто-то глянет (гаплогруппы GS- и NA-сэмплов есть в XSL файле с метаданными)


Оффлайн kirroid

  • Выгляда як ядвинга
  • Сообщений: 1064
  • Страна: by
  • Рейтинг +338/-6
  • Из Вайшнории
  • Y-ДНК: I1-M227
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #12 : 01 Март 2015, 01:45:44 »
И долго пытался понять, что за номенклатура такая ???
На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )
Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #13 : 01 Март 2015, 05:59:29 »
Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3?  :-\
Продолжают развивать номенклатуру YCC 2002

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2356
  • Рейтинг +731/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: ДНК от Estonian biocentre
« Ответ #14 : 01 Март 2015, 06:03:02 »
Интересует вопрос, насколько топология NJ-деревьев (полученные в программе BEAST по элайнментам этих сиквенсов) соответствует истинному мутационному дереву? Сейчас у меня нет времени проверять, но возможно кто-то глянет (гаплогруппы GS- и NA-сэмплов есть в XSL файле с метаданными)

Ветвь М2019 гаплогруппы N1c1 (у авторов обозначена как N3a2) отражена правильно. В составе ветви 3 якута, эвен и ливанец (!).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.