ДНК от Estonian biocentre

[пенелопа]

307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.

[Fire]

307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.

Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?

[Виталий77]

307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.

Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?

Присоединяюсь к вопросу! Есть ли такая возможность?!

[Fire]

307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.

Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?

Их страница подготавливается для публикации
-> http://evolbio.ut.ee/

[kirroid]

Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3? 

[Шад]

Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3? 

Похоже у них какая-то своя своеобразная нотация.

[Шад]

307 high coverage human Y chromosome sequences

Статьи еще нет, даже препринта. А данные от Estonian biocentre размещены в открытом доступе: http://evolbio.ut.ee/chrY/.

Там их "БАМ" файлы?
Интересно YFull загрузит их на свое дерево?

BAM, кроме двух A00, там нет.
YFull использует только данные в формате BAM, так что загрузки данных не будет.

[Yaroslav]

Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3? 

Похоже у них какая-то своя своеобразная нотация.

Да, что есть, то есть. Нашёл 16 своих братьев по M267:

MArab2   J1b1   Muslim-Arabs-Israel
Saudi1   J1b1   Saudi-Arabians
Saudi2   J1b1   Saudi-Arabians
ISR35   J1b2   Druze
Jord2   J1b4   Jordanians
ISR41   J1b1   Yemenite-Jews
Avar1   J1a1   Avars
Kumk2   J1a1   Kumyks
Lezg2   J1a2   Lezgins
Tabas4   J1a1   Tabasarans
Armen3   J1b1   Armenians
Azerb13   J1c   Azerbaijanis
Alban3   J1b3   Albanians
Armen2   J1b3   Armenians
Armen5   J1b5   Armenians
Armen4   J1b6   Armenians


И долго пытался понять, что за номенклатура такая

[Lesla]

И долго пытался понять, что за номенклатура такая

На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )

[Шад]

Рисую! Классно получается. В день - по открытию. Во всяком случае, в области Q1a.

[asan-kaygy]

статья полностью в марте должна выйти

[I2a1a]

Интересует вопрос, насколько топология NJ-деревьев (полученные в программе BEAST по элайнментам этих сиквенсов) соответствует истинному мутационному дереву? Сейчас у меня нет времени проверять, но возможно кто-то глянет (гаплогруппы GS- и NA-сэмплов есть в XSL файле с метаданными)

[kirroid]

И долго пытался понять, что за номенклатура такая

На номенклатуру можно "забить". Там снипы - вот что важно и интересно. По снипам можно самостоятельно номенклатуру нарисовать )

Прошу прощения за тупой вопрос, но как из их данных снипы/новели выковыривать?

[Nimissin]

Я не понимаю, в номенклатуре какой инстанции и какого года определены гаплогуппы типа N3a3a или I3? 

Продолжают развивать номенклатуру YCC 2002

[Nimissin]

Интересует вопрос, насколько топология NJ-деревьев (полученные в программе BEAST по элайнментам этих сиквенсов) соответствует истинному мутационному дереву? Сейчас у меня нет времени проверять, но возможно кто-то глянет (гаплогруппы GS- и NA-сэмплов есть в XSL файле с метаданными)

Ветвь М2019 гаплогруппы N1c1 (у авторов обозначена как N3a2) отражена правильно. В составе ветви 3 якута, эвен и ливанец (!).