АвторТема: Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density...  (Прочитано 1793 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6485
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2714/-13
  • мтДНК: H1b
Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density in Diploid Genomes

Mark Lipson, Po-Ru Loh, Sriram Sankararaman, Nick Patterson, Bonnie Berger, David Reich.

Abstract

The human mutation rate is an essential parameter for studying the evolution of our species, interpreting present-day genetic variation, and understanding the incidence of genetic disease. Nevertheless, our current estimates of the rate are uncertain. Classical methods based on sequence divergence have yielded significantly larger values than more recent approaches based on counting de novo mutations in family pedigrees. Here, we propose a new method that uses the fine-scale human recombination map to calibrate the rate of accumulation of mutations. By comparing local heterozygosity levels in diploid genomes to the genetic distance scale over which these levels change, we are able to estimate a long-term mutation rate averaged over hundreds or thousands of generations. We infer a rate of 1.65 +/- 0.10 x 10^(-8) mutations per base per generation, which falls in between phylogenetic and pedigree-based estimates, and we suggest possible mechanisms to reconcile our estimate with previous studies. Our results support intermediate-age divergences among human populations and between humans and other great apes.

http://biorxiv.org/content/early/2015/02/20/015560
http://biorxiv.org/content/biorxiv/early/2015/02/20/015560.full.pdf

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density...
« Ответ #1 : 24 Февраль 2015, 12:18:23 »
Прежние исследования по данным полногеномного секвенирования аутосом устанавливали скорость мутаций около 1.2 х 10^(-8) на сайт на одно поколение. Такая скорость противоречит скорости мутаций в Y-хромосоме 2.6 х 10^(-8). Лед тронулся только в середине прошлого года, когда стали осторожно говорить о недооценке скорости мутаций в аутосомах. Наконец, стали появляться работы, которые обосновывают скорости, совместимые со скоростью мутаций в Y-хромосоме.
Для параметра альфа = 4 (отношение скорости мутаций в гаметах отца к скорости мутаций в гамете матери), скорости мутаций в аутосомных хромосомах 1.65 х 10^(-8) получаем оценку скорости мутаций в Y-хромосоме:

1.65 х 10^(-8) х 4/5 х 2 = 2.64 х 10^(-8) на сайт на поколение.

Оффлайн Шад

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6334
  • Страна: ru
  • Рейтинг +1330/-4
  • Ex oriente lux
  • Y-ДНК: Q-Y2750
  • мтДНК: J1c2z
Re: Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density...
« Ответ #2 : 24 Февраль 2015, 12:55:49 »
Диенек возмущается.

Цитировать
Mutation rate again (Lipson et al. 2015)
This estimate is in-between 1.2 and 2.5x10-8, the two most quoted values for this parameter. It seems like such an important number that I'm wondering if it would be possible to brute force estimate it. Maybe people who have whole genomes of parents-offspring should get together and do the mother of all meta-analyses to pin down this number.

From the paper:
Цитировать
For example, a recent method for estimating population split times from coalescent rates placed the median split of African from non-African populations at 60–80 ky and the split of Native Americans from East Asians at ∼ 20 ky, both assuming a per-generation mutation rate of 1.25 × 10−8 and an average generation interval of 30 years [28]. [...] Using our inferred rate also makes the dates more recent, but only by a factor of about 1.3 rather than 2, i.e., ∼ 46–61 and 15 ky (with some associated uncertainty both from the model and from our estimated rate), neither of which contradicts external evidence.

The first of these estimated splits overlaps the dates of estimated Neandertal admixture by the Ust' Ishim and Kostenki papers. For a variety of reasons that I've repeated ad nauseam, I think that the split of Africans from non-Africans first happened about 100ka with Out-of-Africa-into-Arabia. But, if there was back-migration into Africa, maybe this can be brought down. The 15ky value for the East Asian/Native America split seems too young: it's as late as could plausibly maintained for the colonization of the Americas, but the split of the two must have happened some time before that (because the ancestors of Native Americans and East Asians would have split long before a group of them made the crossing into the Americas).
http://dienekes.blogspot.ru/2015/02/mutation-rate-again-lipson-et-al-2015.html

Оффлайн VVR

  • ...
  • Сообщений: 2456
  • Страна: ua
  • Рейтинг +618/-0
  • Y-ДНК: o.R1a1a1b1a2a1a1a1e~-YP569,YP1260+;м.R1a1a1b1a1a1a2~-L260,YP1337+
  • мтДНК: K1c1h
Re: Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density...
« Ответ #3 : 25 Февраль 2015, 00:58:32 »
Прежние исследования по данным полногеномного секвенирования аутосом устанавливали скорость мутаций около 1.2 х 10^(-8) на сайт на одно поколение. Такая скорость противоречит скорости мутаций в Y-хромосоме 2.6 х 10^(-8). Лед тронулся только в середине прошлого года, когда стали осторожно говорить о недооценке скорости мутаций в аутосомах. Наконец, стали появляться работы, которые обосновывают скорости, совместимые со скоростью мутаций в Y-хромосоме.
Для параметра альфа = 4 (отношение скорости мутаций в гаметах отца к скорости мутаций в гамете матери), скорости мутаций в аутосомных хромосомах 1.65 х 10^(-8) получаем оценку скорости мутаций в Y-хромосоме:

1.65 х 10^(-8) х 4/5 х 2 = 2.64 х 10^(-8) на сайт на поколение.
Логично, что скорости должны быть близки.
Есть вопросы.
Если альфа=4, то почему умножаем на 4/5?
Ранее считали, если не ошибаюсь, скорость Y = 1,7. Откуда 2,6?

Оффлайн Nimissin

  • Сообщений: 2400
  • Рейтинг +759/-0
  • Y-ДНК: N-M178 L839+ P298+ M2019+ M2118+ M1991+ M1988+
  • мтДНК: C4b12a
Re: Calibrating the Human Mutation Rate via Ancestral Recombination Density...
« Ответ #4 : 25 Февраль 2015, 01:28:35 »
Прежние исследования по данным полногеномного секвенирования аутосом устанавливали скорость мутаций около 1.2 х 10^(-8) на сайт на одно поколение. Такая скорость противоречит скорости мутаций в Y-хромосоме 2.6 х 10^(-8). Лед тронулся только в середине прошлого года, когда стали осторожно говорить о недооценке скорости мутаций в аутосомах. Наконец, стали появляться работы, которые обосновывают скорости, совместимые со скоростью мутаций в Y-хромосоме.
Для параметра альфа = 4 (отношение скорости мутаций в гаметах отца к скорости мутаций в гамете матери), скорости мутаций в аутосомных хромосомах 1.65 х 10^(-8) получаем оценку скорости мутаций в Y-хромосоме:

1.65 х 10^(-8) х 4/5 х 2 = 2.64 х 10^(-8) на сайт на поколение.
Логично, что скорости должны быть близки.
Есть вопросы.
Если альфа=4, то почему умножаем на 4/5?
Ранее считали, если не ошибаюсь, скорость Y = 1,7. Откуда 2,6?
Поскольку альфа - это по определению отношение скорости отцовских мутаций к материнским, то вклад отца в скорость мутаций в аутосомах составляет альфа/(альфа+1), матери - 1/(альфа+1).
Наиболее часто использовавшаяся ранее скорость однонуклеотидных мутаций в Y-хромосоме - 3 х 10^(-8). Из работы Xue et al (2009). Скоро выйдет наша статья по калибровке однонуклеотидных мутаций Y-хромосомы. В расчете на одно поколение скорость мутаций 2.58 х 10^(-8).

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.