АвторТема: дДНК ямной культуры  (Прочитано 149294 раз)

0 Пользователей и 1 Гость просматривают эту тему.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1305 : 19 Март 2015, 19:20:16 »
я говорю о том, что, может быть, было  обратное, видимо весьма незначительное в генетическом плане, влияние популяций Центральной Европы на окские группы.
Я тоже с ним не спорю )) Просто тут мне видится еще какая-то другая связь.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1306 : 21 Март 2015, 19:34:12 »
Свел накопившиеся данные в статью
Цитировать
Палеоевропейцы из работы Haak et al, 2015 в свете анализа на IBD-сегменты
Обновил и дополнил заметку

Оффлайн I2a1a

  • ...
  • Сообщений: 10415
  • Страна: ee
  • Рейтинг +758/-8
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1307 : 22 Март 2015, 22:11:23 »
https://plot.ly/~vadimverenich/15/two-first-principal-components/


Как уже отмечалось выше, я закончил первый этап проекта (фазировку и импутацию снипов в сэмплах из набора популяций в статье Lazaridis et al. 2014). Для проверки полезности полученного набора объединенного набора снипов, я соединил его с 112 образцами человеческих палеогеномов из новой статьи Haak et al. 2015. Полученный таким образом набор я проанализировал методом выделения главных компонент, первые две из которых я впоследствии использовал для построения графика главных компонент. Как мне кажется, получилось красиво и правдоподобно. Методу - жить!







« Последнее редактирование: 22 Март 2015, 22:17:39 от I2a1a »

Оффлайн пенелопаАвтор темы

  • Главный модератор
  • *****
  • Сообщений: 6242
  • Страна: ru
  • Рейтинг +2485/-13
  • мтДНК: H1b
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1308 : 29 Март 2015, 09:56:10 »
Цитировать
This dissertation presents the first genetic study of prehistoric populations in the Pontic-Caspian steppe from the Upper Thracian Plain to the Volga. Mitochondrial hypervariable region I and parts of the coding region were analysed in 65 Eneolithic and Bronze Age individuals using multiplex PCR and 454 sequencing. Additionally genotypes from up to 20 putatively naturally selected autosomal SNPs and a sex-specific locus were obtained. Published ancient DNA data from West Eurasia and modern DNA sequences were consulted for comparison. The results support the inference that early Neolithic farmers from Southeast Europe were involved in establishing pastoralism in the steppes by demic diffusion. The consistently low FST values between the Yamnaya Culture of the steppe and a succession of Neolithic cultures in Central Europe suggest frequent contacts. The Catacomb Culture, successor of the Yamnaya Culture, is characterised by a high incidence of haplogroup U4, which is common in North and East European hunter/gatherer populations. Low FSTs between the prehistoric steppe populations and modern European populations indicate genetic continuity. This is supported by nuclear genotype frequencies. According to current knowledge the modern European gene pool can be explained by three roots: indigenous Mesolithic hunter-gatherers, early farmers from the Near East, and an ancient North Eurasian component of Upper Palaeolithic origin. The third ancestry component might have been introduced into the late Neolithic European genome by the North Pontic population.
http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2015/3975/pdf/doc.pdf

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1310 : 29 Март 2015, 23:40:07 »
http://ubm.opus.hbz-nrw.de/volltexte/2015/3975/pdf/doc.pdf
Ух, оно на немецком :D
угу, неужели все-таки удалось прочитать работу немецких ученых на немецком же языке.
Вот мой пересказ, в самых общих чертах, двух подглав из раздела Обсуждение:
Роль причерноморско-каспийских степей в европейском неолите (стр. 199)
Медный и Бронзовые века в восточноевропейской степи (стр. 213)

На основании исследования мт-гаплогрупп, делается вывод о генетической изолированности земель северного Причерноморья времен неолита-бронзового века от западносибирских популяций (отсутствие в степи среднеазиатской мт-гг C, при ее спорадическом присутствии севернее) и их европейском происхождении. Гаплогруппный пул степняков обнаруживает как гг, характерные HG, так и «неолитические линии» (до 35% от исследованных), что опровергает «культурную диффузию» и позволяет говорить о возможном подтверждении теории о смешении групп степных охотников собирателей и представителей круга неолитических культур (LBK-Старцево), которые и принесли скотоводство в Причерноморье.  Альтернативная версия: неолитические мт были привнесены в степь потомками LBK, которая сама являлась местом появления скотоводов, что подходит  под генетическую и археологическую картины.

Интересно, что в то время как ямники не показывают значительных генетических расстояний (0,02807) от LBK – свидетельство о все более сильном (и, вероятно, постоянном) смешении земледельцев и степняков, у катакомбников обнаруживаются значения в 0.5-0.8
Также обнаруживается связь между ямной и культурой воронковидных кубков, однако непонятно, являются ли негативные значения ген.дистанций доказательством прямых генетических контактов или параллельных изменений в Центральной Европе и Причерноморье, т.к. TBK представляют собой мезолитический субстрат + вклад земледельцев LBK.

Допускается связь между ямной и шнуровой культурами, где первая выступила инициатором второй.
Что касается катакомбников,  говорится об их появлении на основе ямной культуры, однако при  влиянии других групп, возможно с территории восточной Балтики (редкие мт-гг U4) – культура ямночной керамики, при посредничестве Фатьяновской, имеющей связь как с первой так и с катакомбной. Редкие U4 могли, однако, остаться и со времен HG. Что же до ген.расстояний, то не обнаруживается каких-либо заметных отклонений от ямных групп, но только от тех, что западнее Днепра, от «восточных» ямников катакомбники отличаются достаточно сильно - вероятно ямные группы севернее Азовского моря не являются их прародителями. Разницы между западными катакомбниками (Днепр) и восточными (Нижний Дон, Донец) не наблюдается.

Указывается на генетический континуум по мт-гг (кроме U4) и «нуклеотидам» между доисторическим населением степи времен меди-бронзы и современными восточными европейцами (246 образцов из Болгарии, Украины и Западной России), то же самое относится и к популяциям Центральной и Северной Европы (образцы из Германии, Польши и Литвы), что подтверждает «степной компонент», как последний недостающий (3ий), на ряду с мезолитом и неолитом, для объяснения современного генетического пула этих регионов.
Несмотря на ген.изолированность степного неолита-бронзы от Центральной Азии, для мезолита такая связь обнаруживается: сравнительно малые расстояния между днепро-донецкой (треть сэмплов с мт C, причем «сибирские элементы» находят даже у болгарских образцов медного века – «типично азиатский» аллель ABCC11, который, однако, встречается и у современных европейцев) и западно-сибирскими культурами. Эта же связь продолжается в период средней бронзы – между срубной и андроновской культурами, причем более молодые группы андроновской культуры тяготеют к европейским – кластеризуются с центральноевропейскими земледельцами и, в особенности, с ямниками, а более древние обнаруживают преобладание азиатских линий (A и C)

Не находит подтверждения идея о привнесении в степь обряда курганных погребений извне. Скорее всего, он разрабатывается самими степняками, на что указывает генетический континуум степных популяций меди-бронзы. Если какие-то влияния и были, то происходили они с Запада, вместе со продолжающимся адмиксом с земледельцами. Была проведена попытка географического группирования образцов ямной культуры: группы вокруг Днепра характеризуются отсутствием линий мт-гг U, но наличием H, T1, I (две последние появляются в Европе только со среднего неолита); группы вокруг Азовского моря (с границей по Днепру) обнаруживают значительное повышение ген.расстояний от западных групп, кроме прочего, это может объясняться ролью Днепра, как некой культурной и генетической границы, которая, хоть и была преодолена в бронзе, оставила следы в мт-пуле; не обнаруживается значительных расстояний между ямниками, представителями полтавкинской культуры и ранними катакомбниками из Калмыкии. Стоит заметить, что для внутреннего структурирования ямников пока недостаточно материала и уникальное положение «азовской группы» может объясняться по разному, например на основании, постулируемого Энтони, разделения запад-восток (в его интерпретации с границей по Дону).


Оффлайн Fire

  • 100% child of stardust
  • Сообщений: 9626
  • Страна: gr
  • Рейтинг +893/-132
  • Y-dna G2a1a1a1a1a1b1 Z7947
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1311 : 30 Март 2015, 00:13:50 »
Вывод статьи тоесть что потомки LBK научили Ямников скотоводству
вполне возможно ведь скотоводство в Центральной Европе было равнше чем в Степи

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1312 : 30 Март 2015, 06:42:18 »
Вот картинка по степным мито (самарских ямников тут нет. Зато все полтавкинцы из-под Самары):

По-моему, с учетом размеров выборок тут у всех одно и то же  :)

Оффлайн Стрелец

  • Сообщений: 1140
  • Страна: am
  • Рейтинг +51/-92
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1313 : 30 Март 2015, 08:23:29 »
На основании исследования мт-гаплогрупп, делается вывод о генетической изолированности земель северного Причерноморья времен неолита-бронзового века от западносибирских популяций (отсутствие в степи среднеазиатской мт-гг C, при ее спорадическом присутствии севернее) и их европейском происхождении. Гаплогруппный пул степняков обнаруживает как гг, характерные HG, так и «неолитические линии» (до 35% от исследованных), что опровергает «культурную диффузию» и позволяет говорить о возможном подтверждении теории о смешении групп степных охотников собирателей и представителей круга неолитических культур (LBK-Старцево), которые и принесли скотоводство в Причерноморье.  Альтернативная версия: неолитические мт были привнесены в степь потомками LBK, которая сама являлась местом появления скотоводов, что подходит  под генетическую и археологическую картины.
Не находит подтверждения идея о привнесении в степь обряда курганных погребений извне. Скорее всего, он разрабатывается самими степняками, на что указывает генетический континуум степных популяций меди-бронзы. Если какие-то влияния и были, то происходили они с Запада, вместе со продолжающимся адмиксом с земледельцами. Была проведена попытка географического группирования образцов ямной культуры: группы вокруг Днепра характеризуются отсутствием линий мт-гг U, но наличием H, T1, I (две последние появляются в Европе только со среднего неолита); группы вокруг Азовского моря (с границей по Днепру) обнаруживают значительное повышение ген.расстояний от западных групп, кроме прочего, это может объясняться ролью Днепра, как некой культурной и генетической границы, которая, хоть и была преодолена в бронзе, оставила следы в мт-пуле; не обнаруживается значительных расстояний между ямниками, представителями полтавкинской культуры и ранними катакомбниками из Калмыкии. Стоит заметить, что для внутреннего структурирования ямников пока недостаточно материала и уникальное положение «азовской группы» может объясняться по разному, например на основании, постулируемого Энтони, разделения запад-восток (в его интерпретации с границей по Дону).

Честно,мне стало от отмеченного предложения очень и очень смешно.
Евроцентристы жгут напалмом.
Сначало ближневосточный  компонент  у ямников некоторые авторы типо поляко  очень хотели выводить из амазонок лишь бы не от мужских переселенцев r1b z2103 из курганных ближневосточных культур ,а вот теперь и амазонки исконные европейки.
никак иначе как с юмором ко всему этому уже относится нельзя.
Нордический фашизм не лечится.

« Последнее редактирование: 30 Март 2015, 08:38:05 от Стрелец »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1314 : 30 Март 2015, 08:48:16 »
Вот картинка по степным мито (самарских ямников тут нет. Зато все полтавкинцы из-под Самары):

По-моему, с учетом размеров выборок тут у всех одно и то же  :)

Если же включить сюда и самарских ямников, то получится следующее:
http://biorxiv.org/content/early/2015/02/10/013433.full-text.pdf+html
стр. 38-39
Цитировать
Mitochondrial genome analysis
Wolfgang Haak*, Swapan Mallick, Guido Brandt and Bastien Llamas
[...]
Briefly:
1. Hunter-gatherers carry predominantly U-haplotypes.
2. Early farmers predominantly carry haplotypes T2, K, HV, H, V, X and N1a.
3. Middle Neolithic farmers exhibit a similar mitochondrial profile as early farmers and
show an increase in the frequency of U-haplotypes, providing mitochondrial DNA
based confirmation of the resurgence of hunter-gatherer lineages that is also
documented from our autosomal data.
4. Late Neolithic individuals mark a second major turnover, highlighted by the
appearance of I, T1, and increase of U2, U4, U5a, H and W haplotypes.
Для наглядности, PCA на основе обобщенных данных процитированной в сообщении выше Wilde et al. (2014) и последней работы по ямникам:

Цитировать
We performed principal component analysis (PCA) based on frequencies from the 22 most
common West Eurasia mitochondrial haplogroups (Table S2.2; Figure S2.1). The results
show that Bronze Age Kurgan samples from the steppe (BAK) and Siberia (BAS) as well as
the Catacomb culture (CAT) are linked to the hunter-gatherer samples from eastern Europe
(HGE) and northern Europe (PWC)
, and separated from central European early and Middle
Neolithic samples by the first PC (20%).
The Late Copper Age/Early Bronze Age Yamnaya fall closest to the central European Late
Neolithic Corded Ware (CWC) and Bell Beaker groups (BBC), and in particular to samples
from the early Bronze Age Unetice culture (UC). This supports a genetic contribution of
eastern groups to central Europe during the Late Neolithic ~4,500 BCE, consistent with the
autosomal SNP data.
These results indicate that the Late Neolithic migration into central
Europe was not entirely male in origin.

Относительно поздненеолитических мт-гаплогрупп (взято с wiki- и eupedia - там еще карты красивые):
Цитировать
Haplogroup T is a widespread haplogroup throughout Western and Central Eurasia with varying degrees of prevalence and certainly might have been present in other groups from the surrounding areas. T is found in approximately 10% of native Europeans.[1][2] It is also common among modern day Iranians. Based on a sample of over 400 modern day Iranians (Kivisild and Metspalu 2003), the T haplogroup represents roughly 8.3% of the population (about 1 out of 12 individuals), with the more specific T1 subtype constituting roughly half of those. Furthermore, the specific subtype T1 tends to be found further east and is common in Central Asian and modern Turkic populations (Lalueza-Fox 2004), who inhabit much of the same territory as the ancient Saka, Sarmatian, Andronovo, and other putative Iranian peoples of the 2nd and 1st millennia BC. Lalueza-Fox et al. (2004) also found several T and T1 sequences in ancient burials, including kurgans, in the Kazakh steppe between the 14th-10th centuries BC, as well as later into the 1st millennia BC. These coincide with the latter part of the Andronovo period and the Saka period in the region.[3]
The geographic distribution within subclade T2 varies greatly with the ratio of subhaplogroup T2e to T2b reported to vary 40-fold across examined populations from a low in Britain and Ireland, to a high in Saudi Arabia (Bedford 2012). Within subhaplogroup T2e, a very rare motif is identified among Sephardic Jews of Turkey and Bulgaria and suspected conversos from the New World (Bedford 2012). Found in Svan population from Caucasus(Georgia) T* 10,4% and T1 4,2%. T1a1a1 is particularly common in countries with high levels of Y-haplogroup R1a, such as Central and Northeast Europe, but also everywhere in Central Asia and deep into North Asia, as far east as Mongolia.
Цитировать
Haplogroup T1 is not found among the Saami, the Jews, or the Avars of the Caucasus, and is extremely rare in Jordan, Morocco, northern Spain, Bosnia and Croatia. The highest frequencies of mtDNA T1 are observed among the Udmurts (15%) of the Volga-Ural region of Russia, followed by Romania (6%) and the southern Balkans (Bulgaria, Macedonia, Albania, all 4.5%), the northern Fertile Crescent (Lebanon, Iraq, eastern Turkey, all around 5.5%), the South Caucasus (Armenia, Georgia, Azerbaijan, 4.5% to 5.5%), then Austria and the Czech Republic (3.5%).

Цитировать
It is noteworthy that, with the exception of its northern neighbor Azerbaijan, Iran is the only population in which haplogroup I exhibits polymorphic levels. Also, a contour plot based on the regional phylogeographic distribution of the I haplogroup exhibits frequency clines consistent with an Iranian cradle...

Haplogroup I is present across West Asia, Central Asia, and at trace frequencies in South Asia. Its highest frequency is perhaps in northern Iran (9.7%). Terreros 2011 notes that it also has high diversity there and reiterates past studies that have suggested that this may be its place of origin. Found in Svan population from Georgia(Caucasus) I* 4.2%.[citation needed]
Цитировать
Haplogroup I is a fairly rare haplogroup, being found in average in 2% of Europeans and under 1% of Near Easterners. Slightly more elevated concentrations are found in Daghestan, notably among the Dargins (6.5%), Chechens (6%) and Kumyks (5.5%), as well as in isolated parts of Europe such as Mordovia (6%), Latvia (4.5%), Lithuania (3%), Finland (4%), Brittany (3%), Great Britain (4%), Ireland (3%) and Iceland (4%), but also Serbia (3.5%), Croatia (3%), Bosnia-Herzegovina (3%) and parts of Italy. Haplogroup I is absent from Lapland, the Basque country and the Maghreb, three regions that share high levels of mt-haplogroups U5 and HV0/V.

Цитировать
Haplogroup W appears in Europe, West and South Asia.[3] It is everywhere found as minority clade, with the highest concentration being in Northern Pakistan.[4] A related unnamed N* clade is found among Aboriginal Australians.[5] Found in the Svan population of the Caucasus (Georgia) W* 8,3%.[citation needed]
Цитировать
Haplogroup W is particularly common in the eastern half of Europe, in the North Caucasus, in Central Asia, in Iran and in the north-west of the Indian subcontinent. In Europe, the maximum frequencies of W are observed in Finland (9.5%), Hungary (5%), Latvia (4%), Macedonia (4%) and Belarus (3.5%, but over 5% if we exclude the south). Haplogroup W is also well represented among some ethnicities of the North Caucasus, such as the Karachay-Balkars (8%), Avars (8%), Svans (8%) and Adyghe-Kabardin (5%).

In Asia, haplogroup W is most common among the northern Pakistani (8%), Tajiks (6%), northwest Indians (5%) and Iranians (3.5%), but is also found around 1.5% among the Uzbeks, Turkmens and Kazakhs, and at trace frequencies (< 0.5%) among many North Asian ethnic groups (Tuva, Yakuts, Buryats, Mongolians, Koreans, Japanese).

In India, haplogroup W is considerably more common among the upper castes and among Indo-European speakers according to Metspalu et al. (2004)

В общем, повышенные значения этих мт сегодня встречаются или в европейских/кавказских изолятах или в Иране/Центральной Азии, вплоть до Северо-Западной Индии.
« Последнее редактирование: 30 Март 2015, 09:02:29 от FenriR »

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1315 : 30 Март 2015, 20:09:28 »
Кстати, добавил самарцев на картинку. Выходит, типичные ямники, по крайней мере, по митоДНК?

Митогруппы взял из файла supplementary:
H6a1b
W3a1a
H2b
U5a1a1
U5a1a1
T2c1a2
W6c
H13a1a1
K1b2a
U4a1


Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1316 : 30 Март 2015, 20:18:28 »
Кстати, добавил самарцев на картинку. Выходит, типичные ямники, по крайней мере, по митоДНК?
видимо, да. Может быть, чуть ближе к Средней Азии за счет mt W, как и более ранние степные образцы из энеолита или близкие географически, но более поздние полтавкинские. Ну и судя по результатам из Wilde et al. 2014, у ямников западнее Днепра отсутствовали U-линии.

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1317 : 30 Март 2015, 20:33:49 »
Ну и судя по результатам из Wilde et al. 2014, у ямников западнее Днепра отсутствовали U-линии.
Да нет, вроде большинство U на западном берегу как раз.
Эх, картинкоспамить так картинкоспамить ;D Нанес ямные мито из таблицы на карту для удобства. Хотя почему многие образцы оказались на Балканах?
« Последнее редактирование: 30 Март 2015, 20:45:11 от Srkz »

Оффлайн FenriR

  • Сообщений: 2005
  • Страна: 00
  • Рейтинг +527/-2
  • Y-ДНК: N1c1-L1025
  • мтДНК: K1a
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1318 : 30 Март 2015, 20:45:25 »
Ну и судя по результатам из Wilde et al. 2014, у ямников западнее Днепра отсутствовали U-линии.
Да нет, вроде большинство U на западном берегу как раз.
надо было мне как в предыдущем посту написать "вокруг Днепра")
Цитировать
In den entlang des Dnjepr gelegenen Fundplätzen (Einheiten 5, 6, 7 in Abbildung 10.1) treten im Gegensatz zu den anderen Jamnaja Fundorten keine U-Linien, sondern lediglich Typen der Haplogruppen H, T1 und I auf, von denen die beiden letzteren in Europa bisher erst ab dem mittleren Neolithikum nachgewiesen sind.
Стр. 233-234 пдф-документа
А так да, сильно западнее Днепра - U

Оффлайн Srkz

  • Сообщений: 7070
  • Страна: ru
  • Рейтинг +3837/-3
  • Y-ДНК: N-L1025 Y64023
  • мтДНК: U4a1e-pre T16093C T16311T
Re: дДНК ямной культуры
« Ответ #1319 : 30 Март 2015, 20:54:26 »
надо было мне как в предыдущем посту написать "вокруг Днепра")
Стр. 233-234 пдф-документа
А так да, сильно западнее Днепра - U
Скорее большинство H сконцентрировались в одном месте (случайность?)

 

© 2007 Молекулярная Генеалогия (МолГен)

Внимание! Все сообщения отражают только мнения их авторов.
Все права на материалы принадлежат их авторам (владельцам) и сетевым изданиям, с которых они взяты.